生物信息学DNA与蛋白质序列分析PPT课件
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
如何通过生物信息学方法确定TSS? 首先截取包括ATG之前3000bp和基因的序列采用以下两 种方法
1)软件预测,如Softberry; 2)搜索EST数据库;
分析的目的:
2)首先找到ATG前面约3000: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.
A. Blastn B.Blastp C.tblastn, D.tblastx,
B. E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt
Question 2:
什么是HMM？ 如何进行基因结构的预测？ Promoter的位置在哪里? 什么是TSS, 为什么要预测TSS?预测TSS有哪些方
法?
第2节 Blast的应用
主要的blast程序
程序名 查询序列 数据库
搜索方法
Blastn
核酸
核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中 的序列
Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据 库中的序列
Blastx
核酸
蛋白质 核酸序列翻译成蛋白质序列后和 蛋白质数据库中的序列逐一搜 索。
Tblastn 蛋白质
TSS开始10bp的序列.(提示：首先搜索基因组数据 库，获得包括该基因第一个外显子之前3000bp和 该基因的基因组序列；然后进行预测：方法1：搜 索dbEST数据库；方法2：用softberry的 FGENESH进行预测TSS；) (3) 根据（2）的结果请列出该基因的启动子序列; (4) 根据（2）的结果请画出该基因的基因结构图 （包括外显子和内含子的排列和长度）;
写在最后
经常不断地学习,你就什么都知道。你知道得越多,你就越有力量 Study Constantly, And You Will Know Everything. The More
You Know, The More Powerful You Will Be
结束语
感谢聆听
不足之处请大家批评指导
2)首先截取ATG之前3000bp序列
以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.
方法一: 用softberry预测.
方法二: 用Fruitfly网站的promoter预测程序预测.
练习:
(1) 查找序列:AY900120 (2) 请用两种方法分析该基因可能的TSS? 给出从
cDNA
用softberry预测基因结构
一个例子: 用softberry预测基因结构
2)启动子序列分析:
什么是启动子? 启动子序列，一般在TSS之前2000bp， 了解哪个位点是TSS，哪个是起始ATG?
promoter
TATA TSS ATG
2)启动子序列分析:
所以，我们必须得到TSS的位置.
Please Criticize And Guide The Shortcomings
讲师：XXXXXX XX年XX月XX日
第3节 序列功能分析的内容
序列组成/分子量/等电点---初级分析 酶切位点分析(载体构建) 基因结构分析/启动子序列分析
Part 1. 初级序列分析
序列的组成/分子量/等电点分析
点击“BioXM version 2.6 ” 点击“运行”进行安装
序列组成分析
序列组成分析
序列组成分析
A/G/C/T的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？）
生物信息学 Bioinformatics
第四章 DNA与蛋白质序列分析
第一节 序列比对 第二节 Blast应用 第三节 序列功能分析
Question1:
1. 我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概250bp， 我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以 及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据 库？
核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核 酸序列翻译后的蛋白质序列逐 一比对。
TBlastx 核酸
核酸
核酸序列翻译成蛋白质序列，再 和核酸数据库中的核酸序列翻 译成的蛋白质序列逐一进行比 对。
具体步骤
1.登陆blast主页
2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果
蛋白分子量和等电点
蛋白分子量和等电点
蛋白分子量和等电点
蛋白质分子量/等电点预测 online Compute pI/MW
Part2. 酶切位点分析
只要进行基因工程Βιβλιοθήκη Baidu用必须用到各种限制性内切酶
如 GGATCC BamHI
Part 3. 基因结构分析/启动子序列分析
Genomic DNA 1）基因结构分析:
1)软件预测,如Softberry; 2)搜索EST数据库;
分析的目的:
2)首先找到ATG前面约3000: 如何通过生物信息学方法确定TSS? 以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.
A. Blastn B.Blastp C.tblastn, D.tblastx,
B. E. blastx F. nr G. EST H. nr/nt
Question 2:
什么是HMM？ 如何进行基因结构的预测？ Promoter的位置在哪里? 什么是TSS, 为什么要预测TSS?预测TSS有哪些方
法?
第2节 Blast的应用
主要的blast程序
程序名 查询序列 数据库
搜索方法
Blastn
核酸
核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中 的序列
Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据 库中的序列
Blastx
核酸
蛋白质 核酸序列翻译成蛋白质序列后和 蛋白质数据库中的序列逐一搜 索。
Tblastn 蛋白质
TSS开始10bp的序列.(提示：首先搜索基因组数据 库，获得包括该基因第一个外显子之前3000bp和 该基因的基因组序列；然后进行预测：方法1：搜 索dbEST数据库；方法2：用softberry的 FGENESH进行预测TSS；) (3) 根据（2）的结果请列出该基因的启动子序列; (4) 根据（2）的结果请画出该基因的基因结构图 （包括外显子和内含子的排列和长度）;
写在最后
经常不断地学习,你就什么都知道。你知道得越多,你就越有力量 Study Constantly, And You Will Know Everything. The More
You Know, The More Powerful You Will Be
结束语
感谢聆听
不足之处请大家批评指导
2)首先截取ATG之前3000bp序列
以AF486280为例. 首先要找到包含AF486280的基因组序列.
方法一: 用softberry预测.
方法二: 用Fruitfly网站的promoter预测程序预测.
练习:
(1) 查找序列:AY900120 (2) 请用两种方法分析该基因可能的TSS? 给出从
cDNA
用softberry预测基因结构
一个例子: 用softberry预测基因结构
2)启动子序列分析:
什么是启动子? 启动子序列，一般在TSS之前2000bp， 了解哪个位点是TSS，哪个是起始ATG?
promoter
TATA TSS ATG
2)启动子序列分析:
所以，我们必须得到TSS的位置.
Please Criticize And Guide The Shortcomings
讲师：XXXXXX XX年XX月XX日
第3节 序列功能分析的内容
序列组成/分子量/等电点---初级分析 酶切位点分析(载体构建) 基因结构分析/启动子序列分析
Part 1. 初级序列分析
序列的组成/分子量/等电点分析
点击“BioXM version 2.6 ” 点击“运行”进行安装
序列组成分析
序列组成分析
序列组成分析
A/G/C/T的组成，尤其是G+C含量的预测（进化？探针设计？）
生物信息学 Bioinformatics
第四章 DNA与蛋白质序列分析
第一节 序列比对 第二节 Blast应用 第三节 序列功能分析
Question1:
1. 我刚刚分离一个水稻基因片段序列，大概250bp， 我想初步分析一下它是什么基因，编码什么产物以 及是否已经被别人克隆，应该采用什么工具和数据 库？
核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核 酸序列翻译后的蛋白质序列逐 一比对。
TBlastx 核酸
核酸
核酸序列翻译成蛋白质序列，再 和核酸数据库中的核酸序列翻 译成的蛋白质序列逐一进行比 对。
具体步骤
1.登陆blast主页
2.根据数据类型，选择合适的程序 3.填写表单信息 4.提交任务 5.查看和分析结果
蛋白分子量和等电点
蛋白分子量和等电点
蛋白分子量和等电点
蛋白质分子量/等电点预测 online Compute pI/MW
Part2. 酶切位点分析
只要进行基因工程Βιβλιοθήκη Baidu用必须用到各种限制性内切酶
如 GGATCC BamHI
Part 3. 基因结构分析/启动子序列分析
Genomic DNA 1）基因结构分析: