摘要--转录组

“寒淫”轻重强度致病及转归的转录组与代谢组整合研究

白斑病毒感染凡纳滨对虾的高通量转录组测序及分析

珍稀濒危药用植物台湾金线莲菌根差异表达的转录组研究

白桦雄花早期发育转录组分析及重要基因功能鉴定

柑橘不同抗性品种被黄龙病菌侵染后体内转录组变化的比较分析

鸡生长轴全转录组SNP关联分析及调控生长的作用机制研究

基于转录组测序筛选马铃薯块茎休眠与发芽相关基因及功能鉴定

基于转录组数据的芒属植物分子标记挖掘及分子图谱构建

基于转录组学的茶树冷驯化诱导抗寒性的分子机制研究

利用转录组测序挖掘甘蓝菌核病抗病相关基因

苜蓿共生结瘤体系响应重金属铜胁迫的转录组研究

坛紫菜应答高温胁迫分子机制的转录组学分析及相关候选基因克隆

摘要的编号:

30873212

项目名称:

“寒淫”轻重强度致病及转归的转录组与代谢组整合研究

项目类型:

面上项目

在前期转录组研究搭建的技术平台上，寒证-基因组研究结果发现三羧酸循环（TCA Cycle）通路及相关基因显著表达，这与本课题合作单位之一（上海交大）得到的冷应激的代谢谱特征（TCA Circle通路异常）一致。提示若两个"组学"整合，可优势互补，在寒邪的研究上出现新突破。本计划设计冷暴露模拟"寒淫"强度，将大鼠分为6组，其中4个冷冻组分别置于2℃、-10℃、-20℃、-25℃冷库中，每天6-8小时；中药组-25℃冷库加每日麻黄附子细辛汤灌胃，各组均连续4-6周。研究从宏观至微观分三个层次：①行为、耳络、舌象等寒热纲领性量表评价；②寒淫作用随时间、强度动态的转录谱及代谢谱的信息特征；③温热药的转录谱、代谢谱网络修复作用。本研究以基因芯片和代谢组学互补技术，整合二者信息，重点定位于TCA代谢通路和与之相匹配基因(SDHC、DLD、IDH3B等)为组学交叉点，深化寒淫致病病因病机的科学内涵。

白斑病毒感染凡纳滨对虾的高通量转录组测序及分析

转录组即特定组织或细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和，Roche 454高通量测序技术一次运行可以获得上百万个读长片段，平均读长400bp以上，为转录组的测定与定量提供了快速简便的新方法。抗病毒研究的策略之一是抑制宿主细胞中与病毒入侵或复制密切相关的蛋白功能，或者提高宿主细胞中抗病毒相关的免疫蛋白的表达。本项目拟利用Roche 454高通量测序技术，对白斑病毒感染及对照的凡纳滨对虾样品进行转录组测序，研究病毒感染及对照的凡纳滨对虾的mRNA表达谱差异，寻找病毒感染对虾差异表达基因，为筛选对虾抗病毒药物的分子靶标或研制对虾免疫增强药物提供依据，并可望发现一批凡纳滨对虾新基因，这对于我国积极参与国际上对虾基因知识产权的争夺有积极作用，转录组测序数据可供国内相关单位共享，对于加快我国的凡纳滨对虾病害防治和分子遗传育种研究进展有重要意义。

珍稀濒危药用植物台湾金线莲菌根差异表达的转录组研究

兰科菌根属于一种典型的共生体系，对兰科植物的生长繁育和系统进化是必须的。兰科菌根共生分子机制目前仍不清楚，制约了兰科植物资源的合理开发、利用与保护。课题组前期围绕珍稀濒危兰科药用植物台湾金线莲（Anoectochilus formosanus）与瘤菌根菌属真菌AR-18形成的菌根共生体，从细胞学、组织学、生长代谢及生理生化等方面开展了大量研究工作。在此基础上，本项目拟以该菌根共生体为材料，通过数字表达谱分析，以454 GS FLX测序获得的未接种根全转录组数据为参比，明确菌根共生差异基因表达特征和网络；采用定量PCR和RNA原位杂交分析目标基因在菌根形成过程中的时空表达特征和作用位点，为揭示兰科菌根共生分子机制奠定基础，进而为兰科药用植物资源可持续发展提供理论指导

白桦雄花早期发育转录组分析及重要基因功能鉴定

负责人：刘雪梅参与人：刘雪梅, 宋福南, 戴超, 邢磊, 刘瀛, 张妍, 孙丰宾, 官民晓

金额：23万申请时间：2011 学科代码：树木生长发育(C160501) 项目批准号：31100449 申请单位：东北林业大学研究类型：基础研究

摘要

白桦（Betula platyphylla Suk.）与模式树种杨树（雌雄异株）不同，为雌雄同株，是研究单性花发育机制的理想材料。其雌雄花特异着生于枝条的不同部位，雌雄花均为轮次不全的不完全花，同年生的雌雄花存在严重的花期不遇现象，且雄花发育中途暂停，进行越冬休眠。本项目以白桦早期发育阶段的正常雄花和雄花突变体为试材，利用RNA sequencing技术分析白桦雄花早期发育的转录组及差异表达基因，并通过拟南芥突变体和转基因拟南芥方法对

重要的基因进行功能分析。本项目将初步阐明白桦雄花早期发育中的基因调控网络及代谢途径，这将从分子水平上了解白桦雄花早期发育机制，对植物单性雄花发育的分子机理和生物化学研究有着非常重要的科学意义。

柑橘不同抗性品种被黄龙病菌侵染后体内转录组变化的比较分析

负责人：蒋军喜参与人：蒋军喜, 刘冰, 谢科峰, 刘乔丽, 周泽科, 龙珑

金额：56万申请时间：2011 学科代码：植物细菌病害(C140103) 项目批准号：31160358 申请单位：江西农业大学研究类型：基础研究

关键词：柑橘黄龙病；亚洲韧皮部杆菌；基因芯片；转录组；抗病性差异

柑橘黄龙病是世界柑橘生产上最具毁灭性的病害，也是我国包括江西柑橘产区在内的最重要的病害之一。近年来,国内外对柑橘黄龙病进行了大量的病原检测鉴定和遗传变异性研究，但涉及黄龙病发生机理的研究很少。在项目前期开展柑橘不同品种田间调查和室内抗性鉴定而获得高抗、中抗和高感品种的基础上，本申请拟采用目前基因表达研究中广泛使用和具有独特优势的高通量基因芯片表达技术，开展不同抗性柑橘品种被黄龙病菌侵染后体内转录组变化的比较分析，通过比较分析，将发现与特定抗感反应相连的、其转录水平发生显著变化的基因，这些基因将被定义为决定各自抗感表型的抗病或感病基因。本项目的完成将从转录水平上为不同抗性柑橘品种对黄龙病的抗性差异提出一个合理的解释，同时，对阐明柑橘抗黄龙病的分子机制，指导柑橘黄龙病抗性的合理利用和品种抗性的遗传改良具有重要的理论意义和实践价值。

鸡生长轴全转录组SNP关联分析及调控生长的作用机制研究

负责人：聂庆华参与人：聂庆华, 张细权, 梁少东, 许继国, 张成广, 胡永胜, 张伟, 何小梅金额：60万申请时间：2011 学科代码：家禽遗传育种学(C170103) 项目批准号：31172200 申请单位：华南农业大学研究类型：基础研究

摘要：众所周知，神经内分泌生长轴在调控家鸡生长过程中发挥着重要作用。本项目在前期工作基础上，对生长轴重要组织开展RNA测序和全转录组SNP关联研究：首先选取生长性能差异明显的隐性白洛克肉鸡和清远麻鸡分别构建两尾样本的RNA池，对下丘脑、垂体、肝脏和肌肉等生长轴重要组织开展RNA测序研究（miRNA测序和转录组测序），结合RNA 测序常规分析重点筛查表达差异的miRNA、基因和转录组SNP，并通过定制SNP芯片对具备详细生长记录的参考家系群体和商业群体开展全转录组SNP关联研究，最后利用RNAi、荧光报告载体等对以上结果开展功能验证试验。本项目旨在鉴定显著影响家鸡生长的miRNA、新基因（转录本）及转录组SNP，阐明它们之间的互作网络关系及调控生长的作用机制，以最终揭示家鸡生长性状的遗传基础和分子调控作用通路，本项目对家鸡生长性能的遗传改良乃至肉鸡产业优质高效可持续发展有积极意义。