解牛顿运动方程。运动方程的积分不用考虑计算速度

3.2. 其它系综下的 MD 算法
➢ 正则系综 (constant NVT) Thermostats: isokinetics, Berendsen, Andersen, Nosé-Hoover
➢ 等压-等温系综 (constant NPT)
热耦（Thermostat or Heat Bath)
Isokinetics thermostat: 每一步对速度进行修正，得到需要的温度。
3. 分子动力学 (Molecular Dynamics，MD) 算法
3.1. 基本的 MD 算法 (微正则系综，constant NVE）
➢ 把原子看作经典质点，解牛顿运动方程。 ➢ 运动方程的积分：不用考虑计算速度，关键是精度和长时间稳定性。常用的 有 velocity Verlet 算法，Leap Frog 算法，predictor-corrector 算法等等。 ➢ 常用的 MD 软件：DL_POLY, LAMMPS, GROMACS, NAMD, AMBER, CHARMM 等等。
3
1
2 NkBT 2
i
mi vi2
vscale i
vi ,
T T0
Berendsen thermostat：
1
1
t
Tห้องสมุดไป่ตู้
T
T0
2 1
Andersen thermostat: 每一步从温度为T的Maxwell-Boltzmann分布中随机产 生一个速度赋予被选中的粒子。
Nosé-Hoover thermostat: 增加额外的自由度，在扩展的微正则系综内实现 实际体系的正则系综。