中国人2型糖尿病的基因分型和定位

D13S263,D13S156,D13S173,D13S175,D13S217
D2S367,D2S125,D2S338,D2S396,D2S206,D2S117,D2S142,D2S126,D2S139,D2S325, D2S337, D2S319,D2S151,D2S285,D2S162,D2S326
万方数据
file:///E|/qk/jpxb/jpxb99/jpxb9904/990401.htm（第 2／5 页）2010-3-23 1:00:08
【Abstract】 Objective To make genotyping for Chinese type 2 diabetes mellitus(NIDDM) pedigreed genome DNA and localizing the loci related genes with NIDDM. Methods 358 pairs of fluorescent labeled microsatellite primers which are distributed on number 1～22 and X chromosomes were used in multiple PCR.The PCR products were separated by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). Then,scanning of PAGE map and collection of scanning information were completed using GenescanTM 3.0 software.Finally,Genotypes were analyzed by GenotypeTM 2.1 software. Results Total 193 microsatellite markers can be used to make accurately genotyping and total 41495 genotypes were shown among 35 Chinese NIDDM pedigrees.Through multi－point linkage analysis and affected sib－pair analysis,the loci related genes with NIDDM were preliminarily localized on number 1,10,12,18,and 20 chromosomes. Conclusion Genotyping and localization of the loci related genes with Chinese NIDDM can be obtained by using the genome－wide scanning technique. 【Key words】 Non－insulin dependent diabetes mellitus; Genome－wide scanning technique; Genotyping; Gene－localization
Fra Baidu bibliotek
染色体 chromosome
微卫星位点 microsatellite sites
1 号染色体 chromosome 1
2 号染色体 chromosome 2
D1S249,D1S235,D1S196,D1S206,D1S502,D1S207,D1S424,D1S413,D1S214,D1S498， D1S218， D1S425，D1S216，D1S209，D1S238，D1S252
结果和讨论
全基因组扫描结果表明：在35个家系中共有193个微卫星标志能准确地进行基因分型，共获得41 495个基因型(表1)。每一位点以单独的Excel表格形式显示(表2)。
表1 全基因组扫描所得微卫星位点 Table 1 Microsatellite sites obtained by the genome-wide scanning
D5S424,D5S419,D5S406,D5S407,D5S408,D5S421,D5S418,D5S630,D5S471,D5S416
6 号染色体 chromosome 6
D6S289,D6S426,D6S305,D6S422,D6S264,D6S276,D6S287,D6S257,D6S462,D6S470
GENOTYPING AND LOCALIZATION OF GENES ASSOCIATED 2 TYPE DIABETES AMONG CHINESE
Zhao Jinying, Wang Heng*, Zuo Jin, Li Yuxiu*, Sun Qi*, Huang Wei**, Chen Zhu**, Cai Youyu***, Fang FudeΔ
7 号染色体 chromosome 7
D7S484,D7S513,D7S519,D7S493,D7S517,D7S550,D7S510,D7S657,D7S516
8 号染色体 chromosome 8
D8S258,D8S514,D8S504,D8S260,D8S556,D8S272,D8S277,D8S283,D8S550
解剖学报990401
解剖学报
ACTA ANATOMICA SINICA 1999年 第30卷 第4期 Vol.30 No.4 1999
中国人2型糖尿病的基因分型和定位*
赵进英 王姮 左瑾 李玉秀 孙琦 黄薇 陈竺 蔡有余 方福德
【摘要】 目的 对中国人2型糖尿病即非胰岛素依赖型糖尿病(NIDDM)家系基因组DNA进行基 因分型及基因定位。 方法 采用分布于1～22号染色体及X染色体上的358对荧光标记的微卫星引 物，进行多重PCR，PCR扩增产物用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分离，然后进行电泳图谱及信息收 集。应用GenescanTM3.0软件和GenotypeTM2.1软件进行基因分型和基因定位。 结果 在35个家系中 共有193个微卫星标志能准确进行基因分型。共得41 495个基因型。经过多点连锁分析和患病同胞对 分析，初步确定在1，10，12，18，20号染色体上存在NIDDM相关基因位点。 结论 用全基因组 扫描技术可以对中国人2型糖尿病相关基因位点进行基因分型和基因定位。 【关键词】 2型糖尿病 全基因组扫描 基因分型 基因定位
D11S134,D11S135,D11S898,D11901,SD11S922,D11S934,D11S935,D11S968
12 号染色体 chromosome 12
D12S326,D12S336,D12S345,D12S351,D12S368,D12S78,D12S79,D12S83
13 号染色体 chromosome 13
解剖学报990401
3 号染色体 chromosome 3
D3S1285,D3S1266,D3S1289,D3S1279,D3S1267,D3S1566
4 号染色体 chromosome 4
D4S403,D4S424,D4S1575,D4S428,D4S1534,D4S392
5 号染色体 chromosome 5
(The National Laboratory of Medical Molecular Biology,Institute of Basic Medical Sciences,CAMS,PUMC, Beijing 100005;
* Union Hospital,CAMS,PUMC;** Rui Jin Hospital,Second Medical University of Shanghai; ***Institute of experimental Animal Science,CAMS)
9 号染色体 chromosome 9
D9S273,D9S61,D9S288,D9S157,D9S167
10 号染色体 chromosome 10
D10S189,D10S197,D10S212,D10S217,D10S537,D10S548,D10S587,D10S591,D10S597
11 号染色体 chromosome 11
2型糖尿病是一种多基因复杂疾病，由于受遗传和环境因素的影响，具有很强的异质性，使其基 因定位变得复杂和困难，我国在这一领域的工作尚属空白。本文报告对我国NIDDM家系进行基因分 型和基因定位的初步结果。
材料和方法
万方数据
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解剖学报990401
1. NIDDM家系样本的采集 依据以下标准，在北京协和医院内分泌科糖尿病数据资料库中选择合适的家系：(1)具有2代或2 代以上能提供遗传信息的家系，每代至少有1个NIDDM患者；(2)不合并高血压、冠心病等重要脏器 疾病；(3)尽量采集父母一方患病而另一方正常的家系，以减少由双系遗传(bilineal inheritance)产生的 背景噪声对分析结果的影响。除了临床上正在接受治疗的患者外，家系中的所有成员均须行口服葡 萄糖耐量(oral glucose tolerance test,OGTT)实验。即抽取空腹及口服75g葡萄糖(5min内喝完)后30min、 60min、120min及180min的静脉血，以观察血糖浓度的动态变化。糠尿病的诊断按照WHO于1985年 颁发的标准进行。即：空腹血葡萄糖浓度≥7.8mmol/L或餐后2h血糖≥11.1mmol/L者为糖尿病。 OGTT的判断标准为：服糖后2h血葡萄糖浓度＜7.8mmol/L为正常，≥11.1mmol/L为糖尿病，在7.8～ 11.1mmol/L之间为糖耐量低减(impaired glucose tolerance,IGT)。 2. 基因组DNA提取 基因组DNA提取采用酚/氯仿抽提法。每10ml静脉血约可获得DNA250～500μg。所得DNA经酶 切后用0.8%琼脂糖凝胶电泳鉴定，确认无RNA污染，DNA分子量完整。A260/A280比值均在1.8～
1.9。 3. NIDDM家系微卫星标志的基因分型 3.1 荧光标记引物：美国PE公司产品。共358对(linkage mapping set version 1)。平均杂合度在0.65 以上。分布于1～22号染色体及X染色体。按照引物特性及扩增片段的大小，将358对引物分成28组。 在每对引物的正义链末端(5′端)标记荧光染料，如6－FAM、HEX或TET。通过激光扫描，三者分别 显示蓝、黄或绿色。 3.2 多重PCR(multiple PCR)反应：在96孔微量反应板中进行。PCR反应时，根据引物多少、颜 色、产物长度等将每组引物分1次或2、3次扩增。基因组DNA50ng，Taq聚合酶0.25U，Mg2+浓度 3.0mmol/L,总反应体积5μl。在PCR反应时加入抗Taq酶抗体，以保证Taq酶在一定温度下起作用，减 少非特异性反应。用touch－down PCR优化最佳反应条件(退火温度)。 3.3 聚丙烯酰胺凝胶电脉(PAGE)：将稀释后的PCR产物与含有甲酰胺的(Genescan－500TAMRA (荧光扫描呈红色)内部分子量标准按一定比例混合，94℃变性3min，在ABI373或ABI 377自动测序仪 6%的PAGE中电泳2～4h。应用377收集软件进行电泳图像扫描及信息收集。不同荧光标记的PCR产物 或同种荧光标记，但扩增片段相差50bp以上的PCR产物可以混合在同一个泳道上进行电泳。一块胶 可以同时分析6～14个微卫星标记。 3.4 基因型分析：应用GenescanTM 3.0软件分析收集到的信息。之后，再应用GenotypeTM(2.1)软件 分析每个家系成员在某一微卫星标记位点的基因型。所有数据通过数字表格的形式显示并贮于Excel 系统中。