分子对接步骤(详细)

软件安装：
将D软件中pymol-1.5.0.3.win32-py2.7文件夹中的文件按序号安装，安装3_mgltools_win32_1.5.6_Setup.exe文件时如出错，则直接点开U盘中的mgltools_win32_1.5.6_Setup.exe安装，一直安装到5.
安装后将pymol27 解压后复制到C盘将原有的pymol27文件替换
新建一个文件夹存储要做分子对接的“E盘科研，实验方法，分子对接饶燊强，P2X4 and 青藤碱”这个不行,因为文件名要在英文输入状态，不能有空格，不能有中文，而且要区分大小写E/dock/P2X4_s inomenine
在C盘打开Program files （x86），打开The Scripps Research Institute文件夹，打开Autodock，打开4.2.6 将autogrid4.exe，autodock4.exe和The Scripps Research Institute文件夹中Vina中的vina.exe这三个文件同时复制到新建的存储文件夹中“E盘科研，实验方法，分子对接饶燊强，P2X4 and 青藤碱”
1 用pymol打开E/dock/P2X4_sinomenine中的P2X4.pdb文件
Display sequence
找到ATP和其他天然配体分子（绿色的）
去水加氢后直接将4DW1.pdb命名为P2X4.pdb
保存为P2X4.pdb
2打开软件autodock tools ,打开受体文件处理过的文件P2X4.pdb 受体
计算吉布斯能：菜单栏Edit ——Charges ——Compute Gasteiger
转换文件格式：ADT4.2 菜单Grid——Macromolecule——Choose——P2X4
选择p2x4 后，弹出一个提醒框
点击确认，跳出一个文件保存框，把文件保存到工作文件夹（注意：在这里在命名后加上”.pdbqt”）就是P2X4.pdbqt
配体
ADT4.2 Ligand ——Input ——Open 在跳出的选择框中的文件格式选择pdb,选择qingtengjian.pdb
保存配体的坐标文件：Ligand ——Output ——Save as qingtengjian.pdbqt
三、开始对接：
半柔性对接
ADT 4.2——Grid ——grid box——调整方框大小——记录红线标注的参数（后面要用到）Spacing 要调到1.000A
在工作文件夹里新建一个文本文件vina_P2X4_qingtengjian.txt
打开文本文件输入以下（数值是上图红色圈出来的）
receptor =P2X4.pdbqt
ligand = qingtengjian.pdbqt
center_x = -5.873
center_y = -9.98
center_z = 60.646
size_x = 60
size_y = 58 s
ize_z = 104
energy_range = 4
out = P2X4_qingtengjian.pdbqt
log =log_P2X4_qingtengjian.txt 保存
对接
1.windows+R
2.、打开工作目录，比如我所建的目录地址是D:\fenziduijie，首先需要把路径跳转到D 盘，输入”D:”后回车；然后是打开D 盘中的子文件夹fenziduijie，输入cd fenziduijie，回车；再打开子文件夹P2X4，输入cd P2X4，回车
最后打开vina.exe 文件,vina.exe。

（“cd ”命令意思是转到指定路径，cd 后一般跟相对路径。

）
3、接下来你只需要输入vina --config vina_P2X4_qingtengjian.txt命令后，回车，就直接等待结果
看第一行，大于6 ，说明亲和力还可以，越大亲和力越好。

分子对接后的图用Pymol打开工作文件夹里的P2X4_qingtengjian.pdbqt文件
对接完成后，用Pymol打开工作文件夹里的p2y14_schisandrinC.pdbqt文件
再打开p2y14.pdb文件然后save molecular按shift 两个都选中
保存为p2y14_schisandrinC.pdbqt_p2y14.pdb
然后关闭Pymol 重新打开文件p2y14_schisandrinC.pdbqt_p2y14.pdb
点击all ——preset——ligands
黄色虚线就是氢键
点Display – Sequence
再点Display – Sequence Mode – Residues 能够看到有A链，或者B链
然后调整视图点击与氢键相连的氨基酸向右拉动上面的方块找到氨基酸的名称和位置
在氨基酸上右键show – sticks 可以让氨基酸线条变粗
找到口袋：A – preset – ligand sites – solid surface。