可视化软件介绍及使用情况

∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗Fra bibliotek库文件 用于分析大型网络（2亿4千万点和13亿边） 编译环境：Windows, Mac, Linux 条件：安装Graphviz or NodeXL 具有大量分析图和网络的功能 输入输出格式多样
Gephi
∗ 基于JVM的复杂网络分析软件 ∗ 可用于探索性数据分析、链接分析、社交网络分析、 生物网络分析 ∗ 包含制表、绘图、图上的数据处理 ∗ 支持DOT语言，graphml和GML格式 ∗ 分离方式多样，染色效果较好 ∗ 操作界面比较繁琐
Graphviz
∗ ∗ ∗ ∗
基于DOT语言的绘图工具 命令行，跨平台，方便调用 多种布局算法 多种格式输出
Cytoscape
∗ ∗ ∗ ∗
JAVA 环境：Linux, Windows, and Mac OS X 通过结点名称直接搜索结点信息 用于处理生物学信息
Igraph
∗ ∗ ∗ ∗ ∗
建立和操纵无向图、有向图的开源C程序库 提供了R语言和Python语言的接口 包含经典图论的算法及网络分析算法 把连通图缩成子图 建立3D模型
NetworkX
∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗
创建和操纵复杂网络的Python包 文档清晰易读，程序结构组织得较好 建立随机图和增长图的规模 扩展连通、度、图的直/半径、图的中心以及中间路径 支持中大型图的处理（1千万点和1亿边） 支持2D和3D绘图 仅能在Python语言中使用 执行效率较低
Snap
目前所使用的软件——NodeXL
∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗
基于Excel的模板 操作直观，不需考虑编写代码和处理GUI事件 功能丰富，具有灵活的定制性 支持多输入格式 提供高度的可编程性 查找群和相关边 动态过滤顶点和边
网络资源
我们的工作
可视化软件介绍及使用情况
目前市面上的常用可视化软件
∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗ ∗
Pajek Graphviz Cytoscape Igraph Networkx Snap Gephi Nodexl
Pajek
∗ 支持上千至数百万结点的大型网络结点分析和可视 化操作 ∗ 支持多种网络结构 ∗ 分解网络 ∗ 执行大型网络有效算法 ∗ 在网络中搜索类 ∗ 获取同一类的结点，反映结点关系（局域视角） ∗ 收缩结点，显示类之间的关系（全局视角）