微卫星DNA

微卫星DNA在种下分化及近缘种的鉴定中的应用

农业昆虫与害虫防治姚远M071105

摘要：微卫星DNA标记作为一种多态性和稳定性高、重复性好、呈共显性的分子遗传标记技术，目前已被广泛应用于昆虫学的研究中。本文介绍了微卫星DNA标记的基本原理和特点，并综述了近年来该技术在昆虫种群遗传结构及分化、近缘种的鉴定、遗传图谱的构建、基因定位以及系统发生等领域中的应用。

关键词: 微卫星DNA标记；多态性；分化；种群

早在1974 年，Skinger在蟹的DNA 中发现了一类短串联重复序列TAGG。随后人们在人、动物和酵母的基因组中都发现了大量的简单重复序列，因为其比小卫星(10~25bp)短，每个重复单位仅1~6bp，重复数10~20次，是头尾相连的串联重复序列，故称微卫星(microsatellite)，又称为简单序列重复DNA(Simple Sequence Repeat，SSR)。重复类型有两种单核苷酸如A/T、C/G；四种二核苷酸重复AT/TA、AC/TG、AG/TC、CG/GC 以及三、四核苷酸重复类型等，但研究发现较多的为AC/TG，约占57%，其它类型较少。而且根据微卫星核心序列排列方式的不同，可分为完全(perfect)，不完全(imperfect)和复合型(compound)微卫星。

20世纪七八十年代以来，伴随着分子生物学的飞速发展，出现了多种多样的DNA分子标记[1]。目前常用的DNA分子标记技术有限制性片段长度多态性( restriction fragment length polymorphism，RFLP) 、数量可变的串联重复序列(variable number of tandem repeat，VNTR) 、随机扩增多态性DNA ( random amp lified polymorphic DNA，RAPD) 、扩增片段长度多态性( amp lified fragment length polymorphism，AFLP) 、微卫星标记(microsatellite marker) 、简单重复序列间扩增( inter-simple sequence repeat，ISSR)和单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphysm，SNP) 。微卫星标记与其他分子标记相比，具有多态性和杂合度高、稳定性和重复性好、在不同种群中分布广、呈孟德尔共显性遗传等优点[2]，正日益受到昆虫学家们的重视，在昆虫学研究中扮演着日益重要的角色。

1微卫星DNA的结构和功能

微卫星DNA也称简单重复序列，由Miesfeld et al[3]于1981年首先从人类基因文库中发现。其核心结构是由2 - 10个核苷酸为重复单位串联组成的长达几十个核苷酸的序列，它在真核生物的基因组中广泛存在，并且具有较高的多态性[4]。按照重复结构的不同，微卫星DNA 可分为3种基本类型[5 ] : (1)完全重复型，如(CA) n; (2)不完全重复型，如(CA) n. CCA. (CA)m;

(3)复合型，如(CA) n ( TG)m。微卫星DNA在真核生物基因组中的分布比较均匀，平均每10 kb DNA序列中出现1个微卫星序列[5-6]。同时，微卫星DNA既可存在于基因组的非编码区中，也可存在于基因组的编码区中[ 20-22 ]。其具体功能还不是完全清楚，目前一般认为它可能参与基因调控、影响基因的转录和翻译等过程，从而影响蛋白质的编码和功能，它的积累最终会导致表型的改变[7] 。此外，微卫星DNA还有可能参与染色体折叠，维持染色体结构，参与端粒和着丝粒形成，并且在细胞周期调控和错配修复等方面起到一定的作用[8]。而对于

其来源，目前认为微卫星丰富的多态性的产生可能与DNA重组过程中的不等价交换有关，也可能与DNA复制过程中的“滑链错配”( slipped-strand mispairing)有关[9] 。从进化角度看，物种间重复序列并不是以前一些人所认为的“垃圾”序列，其差异是自然选择的结果，在生物进化过程中起着重要的调节作用。进化层次越高的生物，重复序列占总DNA的比重越大。如重复序列占噬菌体基因组的10% ，细菌基因组的20% ，酵母基因组的30% ，线虫基因组的60% ，在人的基因组中这一指数则高达90%[9-10]。

2微卫星标记技术概况

微卫星(Microsatellites) ，又称简单序列重复(Simple sequence repeats ，SSRs) 、短串联重复( Short tandem repeats ，STRs) 、简单序列长度多态性(Simple sequence length polymorphism ，SSLP) ，是指以少数几个核苷酸(一般为1～6个) 为重复单位组成的简单的串联重复序列，由于重复的次数不同以及重复的程度不一致而造成这些序列的多态性。微卫星上不同长度的等位基因按简单的孟德尔方式遗传。由于微卫星具有高度多态性、在基因组中含量丰富且分布均匀等优点，这一技术很快便发展为一种分子标记，并在自然种群的许多研究中得到了广泛应用。

2.1微卫星标记的基本原理

SSR标记由核心序列和两翼的保守序列组成，根据两侧保守的DNA 序列设计出互补的特定寡核苷酸引物，然后对基因组DNA 进行PCR 扩增，利用琼脂糖凝胶电泳或高分辨率的聚丙烯酰胺凝胶电泳对PCR扩增产物进行分离，从而检测出DNA 的多态性，即检测出了不同个体在每个微卫星座位上的差别[31 - 32]。

2.2引物的筛选

根据微卫星两侧翼的保守序列可设计出一段互补序列的寡聚核苷酸引物。以往的方法是先构建DNA文库，然后筛选出重复性好、具有多态性的微卫星位点，但这种方法工作量大，成本高，目前只用于模式生物的研究[11]。近年来，随着基因组计划的开展和大规模测序工作的进行，互联网上一些公共数据库(如GenBank、EMBL)中的DNA序列和EST序列越来越多，可以方便地查找到相关的目标序列来设计相应SSR引物，也可根据已发表的文献上相关物种的已知引物来设计目标引物[ 16，34 - 35 ]。

2.3 微卫星的PCR扩增

进行SSR分析时，首先从生物样本中提取基因组DNA，并保证其具备一定的浓度和纯度。在随后的PCR扩增程序中，需针对不同引物和不同物种基因组DNA来优化扩增条件，即通过预实验对体系中各成分浓度、退火温度、循环次数和时间等反应参数进行调整优化，以获得清晰、重复性好的谱带。PCR产物可通过琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测。

2.4微卫星标记的特点

微卫星标记具有以下特点。(1)微卫星DNA在真核生物中广泛存在。(2)通常呈孟德尔式遗传，具有很好的稳定性、多态性和杂合度，并且等位基因间呈共显性遗传特点[3 – 4，8，10 - 12]。(3)DNA用量少，并且可以利用非损伤取样，如从唾液、毛发、排泄物、珍贵标本以