应用微卫星标记分析

湖南农业大学

毕业论文

应用微卫星标记分析

湘西黄牛与其他黄牛品种的亲缘关系

****：**

年级专业：2009级动物医学

指导教师及职称：

学院：继续教育学院

湖南·长沙

提交日期：

湖南农业大学成人高等教育本科生毕业论文

诚信声明

本人郑重声明：所呈交的本科毕业论文是本人在指导老师的指导下，进行研究工作所取得的成果，成果不存在知识产权争议。除文中已经注明引用的内容外，本论文不含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体在文中均作了明确的说明并表示了谢意。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。

毕业论文作者签名：

年月日

目录

摘要 (1)

关键词 (1)

一、前言 (1)

二、材料与方法 (2)

（一）材料 (2)

（二）方法....................................................................................2-3 三、结果 (4)

（一）牛样本DNA的聚丙烯酰胺凝胶电泳 (4)

（二）湘西黄牛各杂交牛的遗传多样性分析 (4)

（三）遗传距离分析 (4)

四、分析与讨论 (5)

（一）湘西黄牛各杂交牛的特有等位基因和缺失的等位基因 (5)

（二）杂合度、期望杂合度、观测杂合度和多态信息含量 (6)

参考文献 (6)

致谢词 (6)

应用微卫星标记分析

湘西黄牛与其他黄牛品种的亲缘关系

学生：陈东

指导老师：

（湖南农业大学动物医学院，长沙 410128）

摘要：为了分析湘西黄牛与国内外其他品种的亲缘关系，本研究利用8个微卫星标记对湘西黄牛进行了遗传多样性分析。结果发现湘西黄牛等位基因丰富，在57-72个之间；平均多态信息含量在0.8547～0.9024之间，为高度多态性；平均杂合度在0.8867～0.9248之间；各杂交牛之间都存在一些特有等位基因和缺失等位基因；通过Nei’s聚类分析，其与引进种公牛的遗传距离较大，与国内4个优良肉牛品种相比，可以单独聚为一类。

关键词：湘西黄牛；微卫星；亲缘关系；遗传距离

一、前言

进入20世纪70年代以来，随着DNA重组技术的产生以及分子生物学、分子遗传学等学科的迅猛发展，人类已经能够从分子水平上对遗传物质 DNA的结构进行更直接、更精确的研究，并建立了一系列的分子遗传标记 ( Molecular Genetic Markers )技术。由于微卫星 DNA标记具有多态性高，呈共显性遗传，能准确判别等位基因，遍布于整个基因组且分布均匀等特点，在畜禽遗传育种工作中被广泛应用于构建基因图谱[1-4]，制作DNA指纹图谱[5-7]，定位功能基因和数量性状座位(QTL)[8]，进行血缘鉴定和血缘控制[9-10]，遗传多样性评估等研究。汤青萍等[11]利用微卫星标记对中国部分地方鸡种的遗传多样性进行了分析、Reed等利用微卫星座位对家鸡和火鸡的遗传结构进行了对比分析[12]、牛荣等利用35个微卫星座位对版纳小耳猪近交系进行了遗传分析[13]、张亚平等对大熊猫微卫星DNA的筛选及应用进行了研究[14]。湘西黄牛是湖南省地方家畜优良品种，为了能更有效地对地方品种开展合理保护、开发和利用，本研究采用微卫星 DNA标记对湘西黄牛与国内外的8个其他黄牛品种的遗传多样性进行研究，以期为相关工作提供必要的遗传学依据。

二、材料与方法

（一）材料

1.实验材料

采集湘西黄牛的杂一代牛作为实验样本，采样地点分别在永顺县（152头）和新晃

县（245头）两个地方，其中利本杂104头，西本杂88头，安本杂127头，夏本杂78头。湘西黄牛DNA样品来自于湖南省畜牧研究所库存，利木赞、西门塔尔、安格斯以及夏洛来牛样品来自于湖南省畜牧研究所种公牛站提供的冻精。鲁西牛、秦川牛、晋南牛、南阳牛和延边牛DNA样品及数据来自西北农林科技大学。

2.试剂

全血基因组提取试剂盒购自上海生工；DNA回收试剂盒、PCR试剂购自天为时代；引物合成为上海英骏生物技术有限公司。

3.仪器

梯度PCR仪（Eppendorf）、琼脂糖凝胶电泳系统（六一仪器厂）、聚丙烯酰胺凝胶电泳系统（六一仪器厂）、凝胶成像系统(TANON)、低温高速离心机（Eppendorf）、常规试剂均为分析纯等级。

（二）方法

1.微卫星座位的选择

通过Genebank[http:/genome/cattle/cattle.html]选择与黄牛日增重及部分经济性状相关的、多态性丰富的微卫星标记对样品DNA进行扩增，合成的微卫星引物序列见表1。

表1 微卫星引物座位、引物序列、退火温度及登录号

Table1 Microsatellite loci,primer sequences,anneal temperature and genebank accession 座位正向引物反向引物退火温度登录号

IDVGA44 IDVGA27 IDVGA-2 IDVGA-46 IDVGA-11 ETH3 ETH225 BM1824 TGGTCAGTCACAGAGAAGCACAG

TGGTCAGTCACAGAGAAGCACAG

GTAGACAAGGAAGCCGCTGAGG

AAATCCTTTCAAGTATGTTTTCA

CCTTCTGGCAACCACCTATTTG

GAACCTGCCTCTCCTGCATTGG

GATCACCTTGCCACTATTTCCT

GAGCAAGGTGTTTTTCCAATC

GAAAGCCTGGACTCATGGAATA

GAAAGCCTGGTACTCATGGAATA

GAGAAAAGCCAAGAGCCAGACC

ACTCACTCCAGTATTCTTGTCTG

CCACCTAAGTGTCTCCTGATGGA

ACTCTGCCTGTGGCCAAGTAGG

ACATGACAGCCAGCTGCTACT

CATTCTCCAACTGCTTCCTTG

63

60

56

57

58

61

60

56

X85095

X85046

Z27071

X85062

Z27077

Z22744

Z14043

G18394

2.样本DNA的提取

选择湘西黄牛与国外引进纯种公牛杂交所产生的F1代牛作样品，从牛颈静脉或耳静脉采血，采集血液样品用ACD抗凝（ACD:血液＝6:1），用全血基因组提取试剂盒提取样本总DNA，DNA于－20℃下保存备用。