磷脂脂肪酸(PLFA)微生物鉴定系统课件
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2. Sherlock利用样品的前处理过程和气相色谱分析(Gas Chromatography)去产生定性及定量脂肪酸再现性成份 描述.
3. 从未知的微生物中萃取出脂肪酸而后自动化的被定量 且利用Sherlock的软件来鉴定检测出脂肪酸的成份.
6
脂肪酸鉴定与传统微生物鉴定比较的优势：
操作过程
消耗品 人为判断
利用Dendrogram和2-D Plot分析菌种之间的亲源性关系 。
2. 厌氧菌库（Anaerobe Library）
3. 酵母库（Yeast Libarary）
4. 脱氧核糖核酸库 (DNA Libraries) 来源于任意测序仪的细菌的16S rRNA基因或真菌/酵母菌的28S rRNA的测序 结果可以直接拷贝到Sherlock DNA 软件，它利用系统发生树对序列进行识别 分析和鉴定。
该软件可以操控Agilent公司的6850、7890型气相色谱，通 过对气相色谱获得的短链脂肪酸的种类和含量的图谱进行 比对，从而快速准确地对微生物种类进行鉴定。
3
生物标记物 Biomarker
• 不饱和脂肪酸
• 蛋白质
• 核酸
• 类脂
• 磷脂
• 多糖 • etc.
生物标记物在不同细菌中的分布 谱不同鉴定细菌
厌氧菌 酵母菌
800 species 300 species
BHIBLA plate-grown PYG broth-grown
Sabouraud Dextrose Agar, 28 C for 24 hrs.
Bioterrorism
6 major bacterial agents of bioterrorism
12
Sherlock® microbe methods and libraries
耗氧菌( 环境中) 900 species
TSBA as st. culture media in 28 C for 24 hrs.
耗氧菌(临床 中) 600 species
Blood agar, 35 C for 24 hrs.
standards, glassware, and culture media)
26
目录
产品原理及介绍 配置介绍 产品优势 应用领域
27
...over Biochemical Tests
• 脂肪酸成分在细菌中结构、含量十分稳定 • 样品需求量少 • 脂肪酸分析基于种的数据库，定性判断准确。 • 实验周期短，获取结果快。 • 成本低，0.80 USD/样本 • 库容量大 • the strain level versus the species level
用量大,价格贵,不易保存
鉴定过程无需人为判断
容易误判
7
操作流程
细菌培养
皂化、甲基化
萃取
气相分析
鉴定报告 8
目录
产品原理及介绍 配置介绍 产品优势 应用领域
9
MIS系统构成
Agilent Technologies gas chromatographs(GC)
MIDI microbial databases
——细胞脂肪酸图谱鉴定
Sherlock ® MIS为美国MIDI公司依据自20世纪60年代以来对微生 物细胞脂肪酸的研究经验，开发的一套根据微生物中特定短链脂 肪酸（C9-C20）的种类和含量进行鉴定和分析的软件。
权威
分获美国CDC、国土安全局和FDA认证
独一无二
➢ 唯一脂肪酸微生物鉴定系统产品 ➢ 唯一采用ion Software only） LGS是一个终端开放的研究软件包，完全由用户自定义创建 用户可以为自己的特殊菌株或物种创建新的数据库，如通过 脂肪酸分析鉴定的鱼库，通过碳水化合物分析鉴定的昆虫库。
15
GC谱图
22
Report
24
Result Summaries
脂肪酸鉴定方法
传统方法
将菌分为嗜氧，厌氧及酵母在 对应培养条件下培养一定时间 （24-48h），通过2小时的脂肪到结果。操作 简单。
普通试剂，易保存
需先将菌分为革兰氏阳性及 阴性，并判断球、杆菌，在分 型培养后，需多耗一天时间进 行培养来得到菌的碳源利用率。 操作复杂
15 closely related organisms
Combine w. Clinical Aerobe library
Powerful tool for confirming bioterrorism attack!
13
MIS 软件选择
汽化管和标准品
1. 菌种鉴定系统主机软件
包含：Sherlock 6.1 Software菌种鉴定系统软件，Standard/ Rapid Aerobe Library 6.1噬氧菌库/快速噬氧菌库。 Analysis (Dendrogram & 2-D Plot)
全自动微生物鉴定系统 Sherlock® Microbial Identification Systems
台湾冷泉港生物科技股份有限公司 胡栋 2010.4
1
目录
产产品品原原理理介介绍绍 配置介绍 产品优势 应用领域
2
Sherlock® Microbial Identification System 全自动微生物鉴定系统
25
Instrument Throughput
short preparation autosampler
Single Tower: 45 samples Dual Tower: 90 samples $ 1. 0 per sample (inc. reagents, gases, calibration
MIDI pattern recognition software
10
GC 硬件选择
6890
6850
目前6890升级为7890。
11
微生物菌种库
噬氧菌 厌氧菌 酵母
大于1500种菌种，其中450种来自临床 大于800种菌种 300种，放线菌库亦包含其内。
迄今为止微生物鉴定系统中最大的菌库 并细分为超过100,000个株型，一步直接鉴定到株型，这是传统方法做不到的
4
生物标记物—脂肪酸
➢ 细菌细胞内有300多种脂肪酸成分 ➢ 细菌脂肪酸成分相对稳定
➢ Plasmid loss or gain, mutations have no effect on fatty acid composition
细菌脂肪酸易于提取，定性和定量
5
操作方法
1. MIS主要用来分析及鉴定在人工培养基中纯化培养的微 生物.
3. 从未知的微生物中萃取出脂肪酸而后自动化的被定量 且利用Sherlock的软件来鉴定检测出脂肪酸的成份.
6
脂肪酸鉴定与传统微生物鉴定比较的优势：
操作过程
消耗品 人为判断
利用Dendrogram和2-D Plot分析菌种之间的亲源性关系 。
2. 厌氧菌库（Anaerobe Library）
3. 酵母库（Yeast Libarary）
4. 脱氧核糖核酸库 (DNA Libraries) 来源于任意测序仪的细菌的16S rRNA基因或真菌/酵母菌的28S rRNA的测序 结果可以直接拷贝到Sherlock DNA 软件，它利用系统发生树对序列进行识别 分析和鉴定。
该软件可以操控Agilent公司的6850、7890型气相色谱，通 过对气相色谱获得的短链脂肪酸的种类和含量的图谱进行 比对，从而快速准确地对微生物种类进行鉴定。
3
生物标记物 Biomarker
• 不饱和脂肪酸
• 蛋白质
• 核酸
• 类脂
• 磷脂
• 多糖 • etc.
生物标记物在不同细菌中的分布 谱不同鉴定细菌
厌氧菌 酵母菌
800 species 300 species
BHIBLA plate-grown PYG broth-grown
Sabouraud Dextrose Agar, 28 C for 24 hrs.
Bioterrorism
6 major bacterial agents of bioterrorism
12
Sherlock® microbe methods and libraries
耗氧菌( 环境中) 900 species
TSBA as st. culture media in 28 C for 24 hrs.
耗氧菌(临床 中) 600 species
Blood agar, 35 C for 24 hrs.
standards, glassware, and culture media)
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目录
产品原理及介绍 配置介绍 产品优势 应用领域
27
...over Biochemical Tests
• 脂肪酸成分在细菌中结构、含量十分稳定 • 样品需求量少 • 脂肪酸分析基于种的数据库，定性判断准确。 • 实验周期短，获取结果快。 • 成本低，0.80 USD/样本 • 库容量大 • the strain level versus the species level
用量大,价格贵,不易保存
鉴定过程无需人为判断
容易误判
7
操作流程
细菌培养
皂化、甲基化
萃取
气相分析
鉴定报告 8
目录
产品原理及介绍 配置介绍 产品优势 应用领域
9
MIS系统构成
Agilent Technologies gas chromatographs(GC)
MIDI microbial databases
——细胞脂肪酸图谱鉴定
Sherlock ® MIS为美国MIDI公司依据自20世纪60年代以来对微生 物细胞脂肪酸的研究经验，开发的一套根据微生物中特定短链脂 肪酸（C9-C20）的种类和含量进行鉴定和分析的软件。
权威
分获美国CDC、国土安全局和FDA认证
独一无二
➢ 唯一脂肪酸微生物鉴定系统产品 ➢ 唯一采用ion Software only） LGS是一个终端开放的研究软件包，完全由用户自定义创建 用户可以为自己的特殊菌株或物种创建新的数据库，如通过 脂肪酸分析鉴定的鱼库，通过碳水化合物分析鉴定的昆虫库。
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GC谱图
22
Report
24
Result Summaries
脂肪酸鉴定方法
传统方法
将菌分为嗜氧，厌氧及酵母在 对应培养条件下培养一定时间 （24-48h），通过2小时的脂肪到结果。操作 简单。
普通试剂，易保存
需先将菌分为革兰氏阳性及 阴性，并判断球、杆菌，在分 型培养后，需多耗一天时间进 行培养来得到菌的碳源利用率。 操作复杂
15 closely related organisms
Combine w. Clinical Aerobe library
Powerful tool for confirming bioterrorism attack!
13
MIS 软件选择
汽化管和标准品
1. 菌种鉴定系统主机软件
包含：Sherlock 6.1 Software菌种鉴定系统软件，Standard/ Rapid Aerobe Library 6.1噬氧菌库/快速噬氧菌库。 Analysis (Dendrogram & 2-D Plot)
全自动微生物鉴定系统 Sherlock® Microbial Identification Systems
台湾冷泉港生物科技股份有限公司 胡栋 2010.4
1
目录
产产品品原原理理介介绍绍 配置介绍 产品优势 应用领域
2
Sherlock® Microbial Identification System 全自动微生物鉴定系统
25
Instrument Throughput
short preparation autosampler
Single Tower: 45 samples Dual Tower: 90 samples $ 1. 0 per sample (inc. reagents, gases, calibration
MIDI pattern recognition software
10
GC 硬件选择
6890
6850
目前6890升级为7890。
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微生物菌种库
噬氧菌 厌氧菌 酵母
大于1500种菌种，其中450种来自临床 大于800种菌种 300种，放线菌库亦包含其内。
迄今为止微生物鉴定系统中最大的菌库 并细分为超过100,000个株型，一步直接鉴定到株型，这是传统方法做不到的
4
生物标记物—脂肪酸
➢ 细菌细胞内有300多种脂肪酸成分 ➢ 细菌脂肪酸成分相对稳定
➢ Plasmid loss or gain, mutations have no effect on fatty acid composition
细菌脂肪酸易于提取，定性和定量
5
操作方法
1. MIS主要用来分析及鉴定在人工培养基中纯化培养的微 生物.