DPARSF视频笔记

ReHo: Regional Homogeneity (局部一致性)
关注的是：哪些区域的ReHo显著高于全脑均值。

加全脑mask，若选Default则使用的是epi预置的mask，概率50%；若自定义mask，需要关心是不是61*73*61，若不是则需要对mask重采样。

使用DPARSF计算：
选Mask; 选多少体素计算ReHo；选上smReHo表示算完ReHo后做平滑；
ALFF（低频振幅）
fALFF(低频振幅比例)
脑室的能量低频、高频都比较高，而PCC只有低频较高，所以fALFF表示低频除以整个频段的能量，可以起到对脑室的抑制作用。

然而fALFF敏感性、可重复性都不如ALFF
步骤：（REST）加数据、选mask、选频段
（DPARSF）选mask，勾选ALFF/FALFF，选频段
Regress out nuisance covariates（不懂……）
(去除协变量：先提取，再去除)
REST:utility-extract covariates-roi-predefined_roi
功能连接
Voxel-wise:先定义一个体素，看跟其他区域的相关系数
ROI-wise：定义两个感兴趣区，看二者的相关系数
利用REST计算：
voxelwise-选择ROI（Spherical ROI或Predefined ROI）
例子：球形-XYZ坐标-半径-view ROI（检查定义的ROI）
用SPM的预处理步骤
1、转换格式：DICOM->NIFTI
利用DICOMimport按钮
2、SliceTiming: 时间校正，消除每层之间采集时刻不同而造成的误差
层数：可通过display来看，其中的z坐标即层数
层序：根据是否是隔层扫描自定
参考层：选择位于采集时序中间的层
（增加前缀：a）
3、头动校正：采用时间校正后的文件
增加前缀：r
（其他值：如不确定，可使用默认值）
Quality: Quality versus speed trade-off
Smoothing(FWHM): 常用8mm或5mm（默认值）
Num Passes: For fMRI, usually registered to the first image.
生成一个rp打头的txt文件，前三列表示xyz方向平动个，后三列表示三方向转动（弧度制）
输入命令行：
b=load(‘rp_af3T004022-0004-00001-000001-01’) (生成的txt的文件名);读取矩阵
c=max(abs(b));
c(4:6)=c(4:6)*180/pi;%(弧度转换为角度)
以上命令行可以看到每个方向平动、转动的最大值
4、配准：Coregister-Estimate
目的：把结构像和功能像相结合，提高分辨率：由于功能像和结构像是转动、平动的线性关系，将旋转矩阵存储到结构像中，可以实现配准
Reference Image: 用空间矫正后的mean文件（img）
Source Image: 用结构像(img)
5、图像分割（Segment）
把大脑的原始图像分成灰质、白质和脑脊液，再去跟功能像配准
data-解剖像
cleanup-light clean
Affine Regularisation——视频作者推荐用European Brains，理由是其比较可信，Asian模板原始数据较少
6、Normalise标准化——将所有大脑放到一个标准空间
两种方法，
推荐用第二种：利用结构像分割后的信息进行空间标准化
1）配准：将结构像变换到功能像
2）对其进行分割得到灰质、白质和脑脊液，得到标准化用的矩阵（在解剖像中的.hdr文件，可以发现其修改时间已经改变，是在coregister时候已经改过了）3）利用那个矩阵进行标准化（具体不是很懂……）
步骤：
Normalise——write
subject: new subject
parameter: 结构像中的sn.mat的文件（另一个inv.sn.mat是表示如何从标准空间往功能空间配准）
Images to write：结构像中的“ms-”文件
Bounding box 改大：-90 -126 -72 90 90 108
Voxel size：用[3 3 3]（因实验而定）
重复上述过程，将images to write 改成r开头的新生成的文件，其他参数不变
增加前缀“w-“
7、平滑smooth
将刚刚生成的标准化功能像进行smooth（w开头的文件），FWHM根据实验要求自行选择。

增加前缀”s-“
预处理完成
First level 参数估计（Within the subject）
First level
1)选择目录（结构即可）
2)Units for design ：
事件：scans
Block: Seconds（在视频中，该实验为事件相关，采用scan方式）
Interscan interval: TR
下面两个参数除非TR很长的时候才变
Data&Design
scan: 选择平滑后的数据（s开头）
condition：
multiple condition:自己写的一个txt文档，以mat形式导入即可。

文档中包括：
duration, names, onsets.(尚待详细学习……)设置好，运行。

生成了一个SPM.mat文件
Factorial design:
因素个数-自变量个数；因素-命名；level-选择的个数
点ESTIMATE，选择刚刚生成的SPM.mat文件
点Result，选择SPM.mat，出来一些F检验和t检验的结果；查看时，不使用
mask, threshold:0.05;&extent threshold. 在右下角display的overlays里面选择
slice看平面的激活图，选择结构的wms打头的文件；选择section可以看立体
的，同样选择wms打头的文件；还可以选render,更立体，但模板在工具箱里，
需要到Matlab20xx\toolbox\spm8\rend文件夹里，三个可以都试一下。