NETCDF 软件库使用指南

NETCDF 软件库使用指南

2009年4月

中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心

联系人：高晋芳

E-mail：jfgao@

目录

NETCDF 软件库使用指南 (1)

1. NETCDF介绍 (3)

2. NETCDF的安装 (3)

安装目录

2.1 (3)

2.2 (3)

安装过程

3. NETCDF使用方法 (4)

1. NETCDF介绍

NetCDF是基于数组存取的接口库，它定义了一种与机器平台无关的格式，用来表示科学计算的数据格式。同时还定义了这种格式的存取和其他各种数据的操作，它是由Unidata Program Center in Boulder, Colorado开发的免费软件，多用于WRF等大型软件中。NETCDF目前最新的版本是4.0.1。

2. NETCDF的安装

2.1 安装目录

集群部分

/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/NETCDF/netcdf-4.0.1/

胖节点

/home_soft/soft/ia64/apps/OpenSoft/NETCDF/netcdf-4.0.1/

2.2 安装过程

1.下载最新安装软件包netcdf.tar.gz。

(地址/software/netcdf/ )

2.将netcdf.tar.gz上传至安装目录下，执行“tar xzfv netcdf.tar.gz”解

压缩包。

3.查看./README文件，以寻找合适的编译器、设置编译选项，进行

编译库等。

4.安装步骤（示例）：

1)修改configure中的prefix选项为“安装目录”/install（最终

的安装结果均在此文件夹中）

2)执行“./configure”生成Makefile文件

3)修改Makefile中的编译器选项，包括：CC/CPP/C++/F77/FC/

CXX/CXXCPP，修改Makefile中的编译选项，包括：

CPPFLAGS/CFLAGS/FCFLAGS等选项，同时在CPPFLAGS

中加入-Df2cFortran（WRF2GRADS编译中用到）。

◆在“集群部分”安装建议CC/C++/CXX使用

/home_soft/soft/x86_64/mpi/impi/ 3.2.0.011/bin64/mpiicc编译

器；FC/F77使用 /home_soft/soft/x86_64/mpi/impi/3.2.0.011/

bin64/mpiifort编译器。特别地，可以在编译选项中加入

-I/home_soft/soft/x86_64/mpi/impi/3.2.0.011/include64以及

-L/home_soft/soft/x86_64/mpi/ impi/3.2.0.011/lib64。

◆在“胖节点”安装建议CC/C++/CXX使用

/opt/intel/cc/10.1.008/bin/icc编译器；FC/F77使用

/opt/intel/fc/10.1.008/bin/ifort编译器。特别地，可以在编译选

项中加入-lmpi选项，以执行MPI并行编译。

4)在Fortran/cfortran.h中“error cfortran.h:”处重新定义#define

pgiFortran、#define f2cFortran

5)注释掉ncfortran.h文件中“#define nf_open nf_open_”等相

关语句

6)执行“make install”，进行最后的安装。该步操作会在

netcdf-4.0.1目录下建立“bin”、“include”、“lib”、“share”

四个子目录。至此，netcdf就可以被其它软件程序成功地调

用了。

3. NETCDF使用方法

集群部分

使用时，只需要在相关编译选项中加入install目录下的include以及lib路径。如：-I/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/NETCDF/netcdf-4.0.1/install/include以及-L/home_soft/soft/x86_64/apps/OpenSoft/NETCDF/netcdf-4.0.1/install/lib。

胖节点

类似集群部分，使用时在相关编译选项中加入install目录下的include以及lib路径。如：-I/home_soft/soft/ia64/apps/OpenSoft/NETCDF/netcdf-4.0.1/install/ include以及-L/home_soft/soft/ia64/apps/OpenSoft/NETCDF/netcdf-4.0.1/install/lib。

参考资料

1./software/netcdf/

2./software/netcdf/guide_toc.html