生物信息学-蛋白质分析

蛋白质二维凝胶电泳数据库
• WORLD-2DPAGE • Phoretix links
• • • • • • •
信号传导及蛋白质-蛋白质相互作 用相关数据库
DIP INTERACT ProNet KEGG CANSITE SPAD CSNDB等
• DNA和蛋白质相互作用数据库：DPInteract • 蛋白质翻译后修饰相关数据库： O-GlycBase、PhosphoBase、RES等
二、功能注释
Uniprot中一个蛋白质的例子
http://www.uniprot.org/uniprot/P10962
三、序列特征
Uniprot中一个蛋白质的例子
http://www.uniprot.org/uniprot/P10962
四、蛋白质结构域组成和蛋白质家族
Uniprot中一个蛋白质的例子
分类分布、分级和功能域结构，以及家族
成员，包括功能、结构、传导通路、功能
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注释标准体系（ontology）和家族分类。
利用这些信息可以获得蛋白质的准确功能 或预测的功能和该蛋白质所属家族成员共 有的其他特征。
• 4. iProLINK-蛋白质文献、信息和知识整合数据库 iProLINK（http://pir.georgetown.edu/iprolink/）提供
有关注释内容的文献、蛋白质名称词典和其他有助于文献
挖掘的人文语言处理技术开发的信息、数据库校正、蛋白 质名称标记和功能注释标准体系（ontology）。使用
iProLINK可以获得描述蛋白质记录的文本文献资源，在
UniProtKB记录（生物词典）中加入蛋白质或基因命名的 图谱，获得用于开发文本挖掘算法的注释数据集、挖掘蛋
常用的蛋白质序列数据库
• PIR • MIPS • Swiss-Prot
蛋白质功能、结构域和蛋白质家族 有关的数据库
• PROSITE • InterPro • Pfam
• ProDom
• SMART 等
蛋白质三维结构相关数据库
• • • • • • • • • • PDB BioMagResBank SWISS-MODEL Repository ModBase CATH SCOP ReLiBase TOPS SWISS-3DIMAGE BioImage等
大的蛋白质域家族集合，每个家族是用多序列比
对和隐马模型（HMMs）分析结果的代表。
Uniprot中一个蛋白质的例子
http://www.uniprot.org/uniprot/P10962
一、基本信息
Uniprot中一个蛋白质的例子
http://www.uniprot.org/uniprot/P10962
通路、相互作用、家族分类、基因和基因组、功能
注释标准体系（ontology）、文献和分类学信息。
使用iProClass还可以检索ID图谱、蛋白质词典和相
关序列。
• 3. PIRSF-蛋白质家族分类系统 PIRSF
（http://pir.georgetown.edu/pirsf/）分类
系统概要论述家族的特征，如家族名称、
• 2. iProClass-蛋白质知识整合数据库 iProClass
（http://pir.georgetown.edu/iproclass/）提供来
自90多个生物学数据库的大量整合数据，包括蛋白 ID图谱服务、UniProtKB编注蛋白质摘要描述和筛 选UnParc数据库的蛋白质序列。使用iProClass可 以检索最新的蛋白质综合信息，包括：功能、转导
蛋白质序列数据库
• 随着分子生物学的发展，人们获得了越来越多关 于蛋白质序列、结构和功能的信息。世界各国的 生物学家和计算机科学家合作利用这些信息构建 了蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据库、 蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据库）、信号 传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库、DNA 和蛋白质相互作用数据库等蛋白质相关数据库。
PIR信息库资源
PIR主要数据库：
• • • • 1. UniProt-通用蛋白质资源库 2. iProClass-蛋白质知识整合数据库 3. PIRSF-蛋白质家族分类系统 4. iProLINK-蛋白质文献、信息和知识整合 数据库
• 1.UniProt-通用蛋白质资源库 UniProt （http://www.uniprot.org/）是存储和链接其他 蛋白质数据库的资源库，并且是蛋白质序列和具 有综合功能注释目录的中心资源库。使用 UniprotKB可以检索准确、可靠的蛋白综合信息。 使用UniRef可以减少冗余，加速序列相似性搜索。 使用UniParc可以检索存档序列和它们来源的数 据库。
Pfam
• 蛋白质一般是由一个或多个功能区域组成，这些 功能区域通常称作域（domain）。在不同的蛋白 质中不同的域以不同的组合出现，导致在自然界 发现多种多样组成成分的蛋白质。识别出现在蛋
白质中的域可以了解蛋白质的功能。
• Pfam数据库（http://pfam.sanger.ac.uk/）是一个
PIR数据库
• 蛋白质信息库（PIR） （http://pir.georgetown.edu/pirwww/）是一个支 持基因组学、蛋白质组学和系统生物学检索和科 学研究的综合公共生物信息学资源。
• PIR是由美国国家生物医学基金会（NBRF）于 1984年建立，帮助研究者确认和解释蛋白序列信 息的数据库。 • PIR免费为科学界提供包括蛋白序列数据库 （PSD）在内的蛋白数据库和分析工具。
http://www.uniprot.org/uniprot/P10962
五、其他特征：结构、参与的蛋白质互作
系统，可以提供细菌、真菌和植物基因组比较分析服务。在
该站点提供基因组分析工具、数据库检索系统、表达分析、 蛋白相互作用等网络服务。
其他重要的蛋白质序列数据库
• PRINTS • Pfam
PRINTS
• PRINTS （http://www.bioinf.manchester.ac.uk/dbbrowser/PRI NTS/index.php）是蛋白基序指纹图综合数据库，每个指 纹图都是使用数据扫描程序ADSP或VISTAS序列分析软 件包反复优化后定义的。数据库中有两种类型指纹图，根 据指纹图的复杂性分为简单和复合指纹图：简单指纹图基 本上是单一的基序，而复合指纹图包含多个基序。
白质磷酸化（RLIMS-P）文献和获得蛋白质功能注释标准
体系（ontology）（PRO）信息。
二、MIPS数据库
• 慕尼黑蛋白质序列信息中心（MIPS） （http://www.helmholtz-muenchen.de/en/mips），它的 重点工作是基因组生物信息学，特别注重基因组信息系统分 析，包括应用生物信息学方法注释基因组、表达分析和蛋白 质组学方面研究。MIPS支持和维护一系列基因组数据库以及