医疗机构税收优惠政策分类
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医疗机构税收优惠政策增值税
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税201636号）附件3营业税改征增值税试点过渡政策的规定
一、下列项目免征增值税
……
（七）医疗机构提供的医疗服务。
《财政部国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）一、关于非营利性医疗机构的税收政策
（一）对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。不按照国家规定价格取得的医疗服务收入不得享受这项政策。
（三）对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。
企业所得税
《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定：“企业的下列收入为免税收入：
……
（四）符合条件的非营利组织的收入。”
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十五条企业所得税法第二十六条第（四）项所称符合条件的非营利组织的收入，不包括非营利组织从事营利性活动取得的收入，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
《财政部国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）一、关于非营利性医疗机构的税收政策
（二）对非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。非营利性医疗机构将取得的非医疗服务收入，直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。
房产税、土地使用税、车船使用税
《财政部税务总局关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》（财税地字[1986]第008号）第十条、关于企业办的各类学校，医院，托儿所，幼儿园自用的房产，可否免征房产税。
企业办的各类学校，医院，托儿所，幼儿园自用的房产，可以比照由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的房产，免征房产税。
《财政部国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）一、关于非营利性医疗机构的税收政策
……
（五）对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
二、关于营利性医疗机构的税收政策
（一）对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：对其取得的医疗服务收入免征营业税；对其自产自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。3年免税期满后恢复征税。
耕地占用税
《中华人民共和国耕地占用税暂行条例》第八条下列情形免征耕地占用税：……
（二）学校、幼儿园、养老院、医院占用耕地。