生物医学研究院仪器培训——电喷雾质谱ESIMS
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• 可以做GO、KEGG、PANTHER的富集分析
• http://kobas.cbi.pku.edu.cn/
• P.S.：只想画GO富集图的话，下面的网站也不错 • http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/
6
质谱是（通用）检测器 电喷雾是一种电离方法，是液相→气相的 媒介
7
Ion（离子）
• 正负性：Cation（正离子）、anion（负离子）
• 价态：(M+H)+是1价正离子、(M-H)-是1价负离子
• 碱性物质易生成正离子、酸性物质易生成负离子、中性物质难生成离子
• 质（m）荷（z）比：分子量1000的物质得到一个质子生成的1价 正离子的m/z=1001
• 同位素峰（簇）：包含同位素质谱信号的所有质谱信号
8
同位素峰（分子量越大同位素峰越“高”）
9Байду номын сангаас
分子量
• 肌红蛋白 Myoglobin from horse heart • P68082 (MYG_HORSE) • Length:154 • Mass:17,083 • Monoisotopic m/z：17073
10
分辨率和准确度
C100 +H: C100 H1 p(gss, s/p:40) Chrg 1R: 20000 Res...
生物医学研究院仪器培训
电喷雾质谱ESIMS
1
LC-ESIMSer in IBS
• 姚鋆 • 晏国全
• 13917673948 • yanguoquan@fudan.edu.cn
• 张磊
• 18621292180 • threebigrock@163.com
• 赵欢欢
2
ESIMS
• MS是Mass Spectrometer（质谱仪）的简称。质谱仪是测量离子的 mass to charge ratio（质量电荷比，简写作m/z）的仪器。一般来 说，质谱仪包括生成离子、操纵离子部分和检测离子部分。
m/z
m/z
12
ESI:wings of molecular elephant
13
ESI（这是纳升电喷雾nanoelectrospray）
喷针 喷雾 质谱
14
泰勒锥
15
CRM
16
两种普遍接受的ESI机理
带电残基 CRM
离子蒸发 IEM
17
ESI的特点
• 直接溶液分析
• 多电荷、多种电荷状态共存
LTQ
LTQ
Orbitrap
Q Exactive
Fusion
4
IBS的LCESIMSSCIEX
4600
5600
6500
4000
5
有用的网站
• 质谱MS初级知识
• https://masspec.scripps.edu/mshistory/whatisms_toc.php • http://www.ionsource.com/
193.13
1105.68
194.14
195.14
18191110022..6452
1111901102100.83629..06.140 11101210.198301.25.66 111081391..01415.9002.6811031.12041.1510923.17809.210105.1010129.742 1105.1518190.2215.7945
C 45 H 85 N 18 O 14 +H: C 45 H 86 N 18 O 14 p (gss, s /p:40) Chrg 1
5500
R: 20000 Res .Pwr . @FWHM NL:
4400 • p.p.m. == 1 / 1,000,000
30 •
== 0.001 / 1,000
189.112102.67
1102.67465 1118092..1625363574
90 90
H3K4修饰
80
Kac
80 • R = (m/z) / F.W.H.M.
189R.15=9752110002.0690292 Kme3
NL: 1.91E4
C 45 H 85 N 18 O 14 *1.00 +
C 46RH 8=99N0180O0103 *1.00 +H: p (gss,
s /p:40) Chrg 1 R: 20000 Res .Pwr . @FWHM NL:
7700
1102.65654 1102.69293
ARTKacQTARK
ARTKme3QTARK
•6600准确度
1103.68
1.91E4
• MS也是Mass Spectrometry质谱分析法的缩写
• ESI是electrospray ionization（电喷雾离子化）的简称，是一种生 成离子的方式。
• ESIMS是将被分析物用ESI的方式生成离子（并加以操作）后用MS 检测m/z的仪器，也就是使用ESI离子源的MS仪器。
3
IBS的LCESIMSThermoFisher
• 1分00 辨率
90
R12=012.001 000
80• R = (m/z) / F.W.H.M.
70
• 准60 确度
50
40• p.p.m. == 1 / 1,000,000
30•
== 0.001 / 1,000
20
• 10 p.p.m. == 0.01 / 1,000
10
• F.W0 .H.M.：120F0.u90ll Width12H00a.9l5f Maxim1i2u01m.00
m/z
1201.05
1201.10
1201.15
11
分辨率和准确度
C485HH1685NN2O183O*11.40*01.+00C9+HC2406NH28O92N*18.0O01+3H*1:.0p0(g+sHs,: sp/p(g:4s0s), sC/hpr:g4.0....
• 分辨率 100
100
1.91E4
C 46 H 89 N 18 O 13 +H: C 46 H 90 N 18 O 13 p (gss, s /p:40) Chrg 1
20
10 • 10 p.p.m. =1=900.1.601 / 1,000
191.13 0
192.13
1104.6R8: 20000 Res .Pwr . @FWHM
• (M+H)+、(M+2H)2+、(M+3H)3+、(M+4H)4+。。。 • 多种电荷状态常常共存 • 甚至还会有多种加合状态共存
• (M+2H)2+、(M+H+Na)2+、(M+H+NH4)2+。。。
• http://kobas.cbi.pku.edu.cn/
• P.S.：只想画GO富集图的话，下面的网站也不错 • http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/
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质谱是（通用）检测器 电喷雾是一种电离方法，是液相→气相的 媒介
7
Ion（离子）
• 正负性：Cation（正离子）、anion（负离子）
• 价态：(M+H)+是1价正离子、(M-H)-是1价负离子
• 碱性物质易生成正离子、酸性物质易生成负离子、中性物质难生成离子
• 质（m）荷（z）比：分子量1000的物质得到一个质子生成的1价 正离子的m/z=1001
• 同位素峰（簇）：包含同位素质谱信号的所有质谱信号
8
同位素峰（分子量越大同位素峰越“高”）
9Байду номын сангаас
分子量
• 肌红蛋白 Myoglobin from horse heart • P68082 (MYG_HORSE) • Length:154 • Mass:17,083 • Monoisotopic m/z：17073
10
分辨率和准确度
C100 +H: C100 H1 p(gss, s/p:40) Chrg 1R: 20000 Res...
生物医学研究院仪器培训
电喷雾质谱ESIMS
1
LC-ESIMSer in IBS
• 姚鋆 • 晏国全
• 13917673948 • yanguoquan@fudan.edu.cn
• 张磊
• 18621292180 • threebigrock@163.com
• 赵欢欢
2
ESIMS
• MS是Mass Spectrometer（质谱仪）的简称。质谱仪是测量离子的 mass to charge ratio（质量电荷比，简写作m/z）的仪器。一般来 说，质谱仪包括生成离子、操纵离子部分和检测离子部分。
m/z
m/z
12
ESI:wings of molecular elephant
13
ESI（这是纳升电喷雾nanoelectrospray）
喷针 喷雾 质谱
14
泰勒锥
15
CRM
16
两种普遍接受的ESI机理
带电残基 CRM
离子蒸发 IEM
17
ESI的特点
• 直接溶液分析
• 多电荷、多种电荷状态共存
LTQ
LTQ
Orbitrap
Q Exactive
Fusion
4
IBS的LCESIMSSCIEX
4600
5600
6500
4000
5
有用的网站
• 质谱MS初级知识
• https://masspec.scripps.edu/mshistory/whatisms_toc.php • http://www.ionsource.com/
193.13
1105.68
194.14
195.14
18191110022..6452
1111901102100.83629..06.140 11101210.198301.25.66 111081391..01415.9002.6811031.12041.1510923.17809.210105.1010129.742 1105.1518190.2215.7945
C 45 H 85 N 18 O 14 +H: C 45 H 86 N 18 O 14 p (gss, s /p:40) Chrg 1
5500
R: 20000 Res .Pwr . @FWHM NL:
4400 • p.p.m. == 1 / 1,000,000
30 •
== 0.001 / 1,000
189.112102.67
1102.67465 1118092..1625363574
90 90
H3K4修饰
80
Kac
80 • R = (m/z) / F.W.H.M.
189R.15=9752110002.0690292 Kme3
NL: 1.91E4
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s /p:40) Chrg 1 R: 20000 Res .Pwr . @FWHM NL:
7700
1102.65654 1102.69293
ARTKacQTARK
ARTKme3QTARK
•6600准确度
1103.68
1.91E4
• MS也是Mass Spectrometry质谱分析法的缩写
• ESI是electrospray ionization（电喷雾离子化）的简称，是一种生 成离子的方式。
• ESIMS是将被分析物用ESI的方式生成离子（并加以操作）后用MS 检测m/z的仪器，也就是使用ESI离子源的MS仪器。
3
IBS的LCESIMSThermoFisher
• 1分00 辨率
90
R12=012.001 000
80• R = (m/z) / F.W.H.M.
70
• 准60 确度
50
40• p.p.m. == 1 / 1,000,000
30•
== 0.001 / 1,000
20
• 10 p.p.m. == 0.01 / 1,000
10
• F.W0 .H.M.：120F0.u90ll Width12H00a.9l5f Maxim1i2u01m.00
m/z
1201.05
1201.10
1201.15
11
分辨率和准确度
C485HH1685NN2O183O*11.40*01.+00C9+HC2406NH28O92N*18.0O01+3H*1:.0p0(g+sHs,: sp/p(g:4s0s), sC/hpr:g4.0....
• 分辨率 100
100
1.91E4
C 46 H 89 N 18 O 13 +H: C 46 H 90 N 18 O 13 p (gss, s /p:40) Chrg 1
20
10 • 10 p.p.m. =1=900.1.601 / 1,000
191.13 0
192.13
1104.6R8: 20000 Res .Pwr . @FWHM
• (M+H)+、(M+2H)2+、(M+3H)3+、(M+4H)4+。。。 • 多种电荷状态常常共存 • 甚至还会有多种加合状态共存
• (M+2H)2+、(M+H+Na)2+、(M+H+NH4)2+。。。