microRNA在结肠癌组织的表达及其临床意义
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肠癌的发展有着密切的联系,并且其可以作为一个有效的肿瘤标志物以进行结肠癌的早期预测和
诊断。
【关键词】miRNA;结肠癌;肿瘤标志物
h咖n∞Ion Det剃on of Ini啪RNAs duster overexpr酷sion in
t啪ori群n髑is yU Z‰-加‘,
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miR—lOb、miR—16、miR.17-3p、miR-17-5 p、miR一18a、llliR—
19a、miR_20a、miR-21、miR以、miR-25、miR-27a、miR-
3l、miR一34a、miR.92、miR-93、miR一103、miR一106a、miR— 106b、miR—107、miR.126宰、miR一128a、miR—128b、miR一 132、miR一141、miR-142.3p、miR一142-5p、miR一146b、miR一 148a、miR.155、miR一18la、miR—181b、miR—188、miR- 189、miR一196a、miR—199a、miR.199b、miR.200a、miR一 200b、miR一200c、miR-203、miR-205、miR-2lO、miR-219、
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N:远端正常结肠组织;T:结肠癌组织
图2 Nonhem blot检测miR-21在发生结肠癌时的变化
肠癌时表达量上升的pre—miRNA,即结肠癌组织(T)中 的量/远端正常结肠组织(N)中的量>1.5的pre哪iR— NA。实验结果证明了pre.miRNA与成熟体111iRNA的 表达水平确实一致,这也更加充分地证明了所检测的 在发生结肠癌时上调或下调的那部分miRNA其变化 趋势准确无误。
s锄ples.ResIdts Amon只more than 200 rniRNAs exaIllined,132 miRN舳were found to be expre8sed in colon c蚰cer and no册81 adjacent ti8sue s蛐ples,and alist of 95 miRNAs w鹊8ig却ific肌dy altered.Amor培
用。结果检测6对结肠癌及其远端正常结肠的手术标本中miRNA的表达情况发现在结肠癌组
织/远端正常结肠组织中存在132种miRNA,并且有95种miRNA在结肠癌发生过程中表达量发生
了显著的变化(变化倍数大于1.5),其中有48种表达增加应用PAM分析方法对9对结肠癌组织/
远端正常结肠组织进行了定性判断,发现预测结果与病理切片诊断结果一致。结论miRNA与结
mese miRNA8,48 miRNAs were up—regulated(fold chr唔e>1.5).1he accuracy of the real一time qRT· PCR assav results was veri6ed bv Northem Blotting assay蚰d a the瑚ostable reverse trar培criptase baBed
近年来,研究结果显示microRNA在细胞生长和 发育过程中发挥重要作用,包括调控发育,分化,凋亡 和增殖等。microRNA是真核生物中一类长度约为22 个核苷酸的参与基因转录后水平调控的非编码小分子 RNA,位于基因组非编码区,在进化上高度保守…。 成熟的micmRNA是由较长的可折叠形成发夹结构的 前体转录物经过Dicer酶加工而来¨引。
throu只hput real.time quantitative RT.PCR method desi鼬ed to detect mature miRNA sequences w髓adap— ted to screen mif矾A expression pattems in 6 pai璐of matched colon c肌cer蚰d no肋al adjacem tis8ue
5.统计学分析方法:所有结果均以均数±标准差 (牙±s)表示,数据用Student—t检验进行比较分析及 PAM分析‘51。
结果
1.成熟体miRNA的RT-PCR:我们首先随机选取 了部分miRNA进行RT—PCR,扩增循环分别是40个和 28个,PCR产物进行电泳后EB染色,紫外下观察并拍 照,凝胶电泳图如下(图1)。图中u6 RNA分子是一 种100 nt大小的管家基因,作为内参。从结果看40个 循环时远端正常结肠组织(N)和结肠癌组织(T)中各 个miRNA的PCR均到达平台期,无法比较miRNA表 达量的多少,但可以看出PCR产物单一,此实验方法 扩增miRNA结果很理想。我们用同样的实验方法探 知,在远端正常结肠组织/结肠癌组织中表达的miR一
眦口,以日出p如以.孔口n矗n 300060,Chjn8
劬丌俗加蒯i,lg口眦br:Z黝ⅣG现en一佃
【Abst均ct】 objec6ve To study the abe珊mt expression 0f lniRNAs impHcated in colon c锄cer and partially uncover the causative role8 of these miRNAs in colon car;cinogenesi8.M:ethods A higll-
miR_22l、miR一222、miR.223 miR.224。所有结果均以元 ±s用柱状图表示,数据用student t—t检验进行比较分 析,表示8P<O.05,表示oP<0.ol。
3.Northem blot:根据定量PCR实验结果,我们随 机挑选了miR-21,做Northem blot实验,证明IIliR-21 在发生结肠癌时上调(图2)。研究结果与RT-PCR的 结果一致。
N:远端正常结肠组织;T:结肠癌组织;A:发生结肠 癌时下降的miRNA;B:发生结肠癌时上升的miRNA 图l 定量PCR检测发生结肠癌时IniRNA的变化情况
2.成熟体miRNA的定量PCR:定量PCR结果数 据处理方法为△△cT法,cT为反应达到域值时的循环 数,则每个miRNA相对于标准内参的表达量可以用方 程公式2一△CT表示,其中△CT=CT miRNA—CT U6。 从定量PcR的结果可知:在发生结肠癌时表达量上升 的miRNA,也就是结肠癌组织(T)中的量/远端正常结 肠组织(N)中的量>1.5的miRNA有48种:miR—lOa、
万方数据
·895·
143设计其反向互补序列作为Nortll哪blot的探针(由
hwitrogen公司合成)。 3.rniRNA成熟体的逆转录·聚合酶链反应(RB
PCR):根据Chen等M o所述,取1峭总RNA进行逆转 录反应,反应步骤为16℃孵育15 rnin,42℃反应l h,85 ℃孵育5 lTlin,得到的cDNA置于一20℃保存。取1一 cDNA,20一体系进行PCR。PCR的反应条件是:95℃ 10 IIlin-+95℃15 s,60℃l Illin,40循环。取PCR产物 lO一在3%琼脂糖凝胶上电泳,并染色拍照。
4.IIliRNA成熟体及其前体的定量PCR:miRNA成 熟体的定量PcR技术的实验原理及实验步骤同RT— PCR一样,在PCR的时加入荧光染料EVA GREEN。 仪器使用的是ABI 7300荧光定量PcR仪,PcR的反 应条件是:95℃10 min一95℃15 s,60℃1 min,40 循环。№nhem blot配含尿素的15%变性聚丙烯酰胺 凝胶,电泳缓冲液为0.5×TBE;取30斗g总RNA样品 与等体积的甲酰胺loading bu虢r混合,95℃保温2 min,冰上骤冷,上样,150 V电泳直至溴酚蓝移到胶底 部,切下溴酚蓝和二甲苯青之间的部分;半干转膜仪中 将滤纸、尼龙膜与胶按顺序铺好,300 mA转膜l h;转膜 结束后将膜置于2×SSc漂洗,吸干,之后紫外交联; 将膜放到杂交管中,加预杂交液,杂交炉中37℃反应 30 min;弃预杂交液,加入杂交液及标记好的探针,37 ℃旋转杂交过夜;杂交结束后,反复洗几次膜,吸干,磷 屏扫描。探针的标记方法为:混合1“110 pmoL/斗l探 针,2仙110×T4PNK Buffer,2灿l T4PNK(T4多核苷酸 激酶),5灿l RNase.free水以及10斗l比活度为 5000 c∥mmol比浓度为lO斗C∥“l的[r一32P]A1P,37℃ 反应45 min,然后65℃保温15 lllin使酶失活。内参设 为5 s rRNA条带。
s锄ples Ili出 cancer
blinded to their clillical annot砒ioIls.concIlIsioⅡTaken to窘ether,tlle present smdy
lights a great potential of application of miRNA profiling in cancer diagn∞i8. 【Key wor凼】 IIliRNA: Colon carcino眦:’rumor m盯ker
4.miRNA前体的定量PCR:一般情况下,miRNA 前体(pre-miRNA)的表达水平与成熟体miRNA的表 达水平是一致的,也就是说,有高的成熟体miRNA,必 然对应高的pre—miRNA,所以,我们随机选择了部分 miRNA对其前体进行了定量PcR。图3为在发生结
万方数据
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45
N:远端正常结肠组织;T:结肠癌组织上升的pm一面RNA 图3 定量PcR检测发生结肠癌时p咒-miRNA的变化情况
·894·
·实验研究·
microRNA在结肠癌组织的表达及其 临床意义
于振涛蔡星 尚晓滨殷媛张燕张辰宇
【摘要】 目的探讨结肠癌组织与对应正常结肠组织miRNA表达特征及其在结肠癌的诊断
中的意义。方法通过定量聚合酶链反应(qRT.PCR)法检测了6对结肠癌及其远端正常结肠的手
术标本中200种miRNA的表达情况,并应用PAM分析法探讨“RNA在预测结肠癌病变中的作
标本在研钵中充分研碎,用嘣zol提取总RNA。紫外
分光光度计检测纯度,测总RNA的A:蚴。为1.8—
2.O。
2.引物及探针的合成:根据Chen等H1所述成熟 体miRNA的茎环PcR法设计近200种miRNA的PcR 引物(由Invitrogen公司合成)。根据Schmingen等[5】 所述miRNA前体的PCR法挑选部分pre—miRNA设计 其PCR引物(由SBs公司合成)。选取lniR-2l,nliR.
real.time qRT—PCR晒say.The potential biomarker utibty 0f miRNA profiling w鹪revealed by PAM analy-
sis,which applied a modest number of dysregulated llliRNAs硒Pmmising出agnostic biomarke瑙for c010n
基金项目:国家自然科学基金资助项目(30772484) 作者单位:300060天津医科大学附属肿瘤医院食管肿瘤科(于振 涛、尚晓滨);南京大学生命科学院医药生物技术国家重点实验室(-蔡 星、殷媛、张燕、张辰宇) 通讯作者:张辰宇
材料和方法
1.标本与RNA提取:收集天津市肿瘤医院2004 年至2007年之间手术切除的15例结肠癌组织标本和 与之对应的远端切端正常结肠组织标本。所有标本都 是液氮冻存,临床病理资料齐全。低温环境下把上述
NA共有132种。此外,当循环数合适IniRNA正好处 于指数增长期时,如28个循环时,也可以直接通过 RT—PcR的方法观察到miRNA在远端正常结肠组织 (N)和结肠癌组织(T)中的表达有差异,在发生癌症 时miR_20与miR一14l呈上升趋势,miR-1258、miR—145 和miR—195呈下降趋势。