NCBI分子数据库介绍

NCBI分子数据库介绍

信息来源：中国生命科学论坛更新时间：2003-10-12 2:33:00

核酸序列(nucleotides)

· Entrez核酸 - 用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。

· RefSeq - NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs 和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。

· dbEST - 表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE

实验的cDNA序列。

· dbGSS -基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。

· dbSTS -序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。

· dbSNP - 单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。

完整的基因组

· 参见 Genome 和 Maps 部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。

· UniGene - 被整理成簇的EST和全长 mRNA 序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以 cluster 形式在 Unigene 网页下载，完整的数据可以从FTP站点 repository/UniGene 目录下下载。

1.奶牛 UniGene

2.人类 UniGene

3.小鼠 UniGene

4.大鼠 UniGene

5.斑马鱼 UniGene

· BLAST- 将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面 Tools/Sequence 相似搜索部分）

蛋白序列(proteins)

· Entrez蛋白 -用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。

· RefSeq - NCBI数据库的参考序列。Curated, 非冗余集合包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。

· FTPGenPept- 下载"genpept.fsa.Z"文件，这个文件包含了从GenBank/EMBL/DDBJ记录中翻译过来的FASTA 格式的氨基酸序列，这些记录都有一到两个CDS特性的描述。

· Conserved Domain Database (CDD) - 蛋白质经常包含若干模块或域，每个有不同的进化源及功能。

CD-Search 服务可用来标记保存域中的蛋白质序列。

完整的基因组

· 参见 Genome 和 Maps 部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。

· Entrez基因组 - 提供了一个编码区的概要和各种物种的分类表（TaxTable）。编码区概要列出了在基因组中所有的的蛋白，并提供链接到FASTA文件和BLAST。分类表总结了蛋白BLAST分析的结果，建议他们的可能功能，并用颜色编码的图来显示物种同其它物种之间的关系（参见下面'Genomes和Maps,'部分Entrez基因组的一般描述）

· FTP基因组蛋白 - 从ftp站点的genbank/genomes目录下下载各种物种的FASTA格式的氨基酸序列*.faa 和蛋白表文件*.ptt。参见readme文件。蛋白表也可以在Entrez基因组中看到。

· PROW - Web上的蛋白资源，关于大约200种人类的CD细胞表面分子的简短官方向导。互相检索，为每个CD抗原提供大约20中标准信息的分类（生化功能，配体，等等）

· BLAST- 将你的序列同蛋白库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面 Tools/Sequence 相似搜索部分）

结构(structures)

· 结构主页 - 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。

· MMDB：分子模型数据库 - 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brookhaven蛋白数据库（PDB）三维结构的一部分，排除了那些理论模型。MMDB重新组织和验证了这些信息，从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。数据的说明书包括生物多聚体的空间结构，这个分子在化学上是如何组织的，以及联系两者的一套指针。利用将化学，序列，和结构信息整合在一起，MMDB计划成为基于结构的同源模型化和蛋白结构预测的资源服务。MMDB的记录以ASN.1格式存储，可以用Cn3D, Rasmol, 或 Kinemage来显示。另外，数据库中类似的结构已经被用VAST确认，新的结构可以用VASTsearch来同数据库进行比较。

· Cn3D - "See in 3-D"，一个用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具，它允许观察3-D结构和序列-结构或结构-结构同源比较。Cn3D用起来就象你浏览器上的一个帮助工具。