基于量子遗传算法的蛋白质折叠结构预测

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测结果．
关键词：生物信息学；白质折叠；蛋量子遗传算法；局部搜索；优化
中图分类号：Ｐ９文献标识码：文章编号：０６７４（０００－９－６Ｔ３Ａ１０ —０３２１）１０２００
Ａｅｈｄｆｒｐｅｉｔｎｒｔｉｏｄｎｇｂｓｄｏｍｔｏｏｒｄｃｉｇｐｏｅｎｆｌｉａｅｎ
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第３１卷第１期
２１００年１月
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基于量子遗传算法的蛋白质折叠结构预测
Ｋｅｗｏｄｂｏｎｏａｉｓ；ｐｏｅｎｆｌｎｙｒｓ：ｉｉｆｒｔｃｍｒｔｉｏｄｉｇ；ｑａｔｍｅｅｉｌｏｉｍ；ｌｃｌｓａｃｕｎｕｇｎｔａｇｒｔｃｈｏａｅｒｈ；ｏｔｍｉａｉｎｐｉｚｔｏ
孙鹏源自文库飞，健沛一张
（．尔滨工程大学计算机科学与技术学院，１哈黑龙江哈尔滨１００；．尔滨师范大学计算机科学与技术学院，５０１２哈黑龙江哈
尔滨１０８５００）
摘
要：为提高蛋白质折叠结构的预测精度，出了一种融合改进量子遗传算法及局部搜索策略的蛋白质折叠结构预测提
ｅｃｎｅｈｏｏ，ｒｉＮｒｌｎｖｒｉ，ａｂｎ１０８，ｈｎ）ｎｅａｄＴｃｎｌｇＨａｎｏｉｅｔＨｒｉ５００ＣｉａｙｂｍａＵｓｙ
ＡｂｔａｔＩｒｅｏｉｃｅｓｈｃｕａｙｏｒｄｉｔｎｆｐｏｅｎｆｌｉｇ，ａｐｅｉｔｖｔａｅｙｕｉｇａｍｐｏｅｓｒｃ：ｎｏｄｒｔｎｒａｅｔｅａｃｒｃｆｐｅｃｉｓｏｒｔｉｏｄｎｏｒｄｃｉｅｓｒｔｇｓｎｎｉｒｖｄ
方法．该方法在传统的量子遗传算法算法基础上引入动态调整量子门旋转角步长机制以及量子变异操作，从而提高算法的优化性能．局部搜索策略按照一定规则对量子遗传算法的优化结果进行局部结构变换，这种结构变换只需通过移动较
少的节点就可以实现，能够有效提高算法的优化效率．计算机仿真实验表明，该算法能够获得较优的蛋白质折叠结构预
ｔｅａｇｅｏｈｕａｔｍａｅａｄｑｎｕｍｕａｉｎｏｅａｏｓｗｅｅｉｔｏｕｅｈｎｌｆｔｅｑｎｕｇｔｎｕａｔｍｔｔｐｒｔｒｒｎｒｄｃｄ，ｔｒｆｒｉｈｐｒｏｍａｃｐｔ－ｏｈｅｅｏｅｈｇｅｒｎｅｏｉｆｍｉｚｔｎｗａｃｉｖｄ．Ｌｏａｔｕｔａｒｎｆｒｔｏｓｃｒｉｄｏｔｉｈｏａｅｒｈ；ｔｓｗａｓｄｏｕｅｏａｉｓａｈｅｅｏｃｌｓｒｃｕｒｌｔａｓｏｍａｉｎｗａａｒｅｕｎｔｅｌｃｌｓａｃｈｉｓｂａｅｎｒｌｓｆｒｏｔｍｉｉｅｕｔｒｍｈｕａｔｍｅｔｃａｇｒｔｍ．Ｂｅａｓｈｓｔｔｒｌｔａｓｏａｉｎｃｎｂｅｅｖｄｂｙｐｉｚｎｇｒｓｌｓｆｏｔｅｑｎｕｇｎｅｉｌｏｉｈｃｕｅｔｉｓｒｕａｒｎｆｒｔｏａｄｒｅｕｃｍｉｍｏｉｇｏｌｅｖｒｉｅｖｎｎｙａｆｗｅｔｃｓ，ｔｅｅｃｅｃｆｏｔｚｔｏｎｃｅｓｄ．Ｓｍｕａｉｎｒｓｌｓｓｏｄｔｅｍｅｈｄｅｆｃｉｅｈｆｉｎｙｏｐｉａｉｎｉｒａｅｉｍｉｉｌｔｏｅｕｔｈｗｅｈｔｏｆｅｔ — ｖｌｍｐｏｅｈｅｐｅｉｔｖｃｕａｙｏｒｔｉｏｄｎｎｃｍｐａｓｎｗｉｔｒｍｅｈｄ．ｙｉｒｖｓｔｒｄｃｉｅａｃｒｃｆｐｏｅｎｆｌｉｇｉｏｉｒｏｔｏｈｅｔｏｓｈ