常见系统发育软件使用

Xie Lei BJFU

1 Paup MP流程: Mac

准备nex文件(interleave和noninterleave均可) →存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute →log file →cstatus →tstatus →hsearch →define outgroup →roottrees →savetrees →describetrees →contree(save to file) →save pict→bootstrap(save tree file) →print bootstrap tree→save pict. →stop log.

PC版操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。

2 Paup ML 流程：Mac

准备nex文件(interleave和noninterleave均可) → 存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→从modeltest软件中打开paupblock运算检测模型→生成score file→打开modeltest中的bin读取score数据→生成结果文档→存档并打开此文档→AIC→将begin paup的运算模块贴至原nex数据文件后面→重新将其拖入paup运行→选择ML运算模式→hsearch→打印树图→save pict. →bootstrap.

PC版操作，可将附录5批处理文件内容粘贴至nex文件后面，execute即可。

3 Garli运算ML流程：

准备nex文件(interleave) → 存入新建文件夹→拖入paup或用paup打开→execute→输出noninterleave文档（若直接是noninterleave上述过程省略，又如果是PC机paup，无菜单操作，可在paup命令行中输入附录1*的命令回车即可生成noninterleave数据）。

使用noninterleave文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）→新建文件夹存入→按照流程2进行modeltest→在苹果机上打开

Garli→导入数据→把model定好→run(切记此处不要激bootstrap选项)

将上次运算数据拷贝至一新建文件夹→导入苹果版Garli→激活bootstrap选项→定好model→run

所有结果用paup软件打开→save pict→打开bootstrap树→做50% majority rule contree→save pict.

注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。

数据格式：和算PAUP一样的nexus格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题：

1 一定要noninterleave的数据，否则软件无法运算

2 [ ]虽然在mrbayes和paup中不成问题但是在garli中有影响，里面内容在算之前全部删除为好。

3 taxon名称中可以有下划线但是不得有空格，逗号句点等，否则无法运行。

Mac版

GUI的菜单界面，只要有上述正确的nexus格式的数据文件即可运算。

PC版

Nex format plus a command file

每次使用时拷贝一个软件的文件夹，将此文件夹重新命名（尽量清楚易查询）。将正确的数据文件拷贝到此文件夹下（与garli运行程序在同一目录下）。编辑命令文档（名称是garli），进行参数设置。完成后双击garli运行程序图标即可运算。

4 Bayes 流程

Noninterleave 文件→贴运算程序到文件后面（见附录）→将其拷贝至MrBayes 文件夹下→打开运行程序→execute 文件名.扩展名→运算结束后用paup运行源文件→从.t文件中取树→burnin→做50% majority rule contree→save pict.

5 r8s流程

按照流程2进行modeltest→按照流程2进行ML运算→运算结束print tree→检查这棵带枝长的树是否有分支长度为0的分支→如果有在restore和delete taxa中将这些类群去除→存储带枝长的树到file(nex格式) →将树的taxa名称更换为实际类群名称→将树文件贴至运算模版（见附录）→首先进行第一步cross validate→得到smooth值→替换smooth值再算一遍即可。

注：r8s:

该软件与BEAST不同，是对已存在的树进行操作，校订分子钟。算法为PL法。

先选择模型算出一个ML树（要带枝长），注意如果要用这个树算r8s要保证该树各个分支清晰，有较高的分辨率，没有0枝长分枝和polytomy。

在这个树的tre的nexus文件上面编辑各种命令，然后输入r8s进行运算。

一定要固定root，ingroup最好有一个以上的constraints.

运算两次，第一次为cross-validation得出smooth value，第二次再设置这个值算出最终结果。

6 BEAST流程

Noninterleave 文档→ BEAUTI打开→ 定义节点→基本设置→化石点标定→生成xml文档→BEAST打开运算→运算完成→Tacer打开log文件→TreeAnnotator 打开树文件→生成out文件→Figtree打开out文件。

7 DIVA

在数据文件中确定树形，标注分布区，然后运算

1 open DIVA

2 proc ;

3 optimize;

Batch: optimize maxareas=8 weight= bound=200 hold=10000;

8 Haplotype network简明流程：

1、NETWORK

用DNASP软件打开fas或者nex文件→ 另存为Roehl File Format文件（rdf 格式）→ 用NETWORK打开→ 进行编辑（更改名称、连续的gap合并、添加删除序列等）后保存→ 选择Median Joining进行calculate network → 在新出现的窗口中导入rdf文件（也可以在这一步直接导入noninterleave的nex 文件而省去以上步骤，但是不能重新编辑）→ 设置参数后进行计算，生成out 格式的输出文件→ 选择draw network，在新窗口中导入out文件→ 按照提示就可以生成network图，保存fdi文件或可另存为bmp或者pdf文件。

2、TCS

准备noninterleave的nex或者phy文件→ 导入TCS → 设置Parsimony Limit 或Fix connection Limit，并定义gap后点击run → 运行完成后就会自动生成network图，编辑后保存GML文件或可另存为postscript 或者PICT文件。

9．推荐使用：

Mega 5.全能系统发育分析软件，从序列校对到系统发育分析、分子钟、性状演化、居群分析全能做。

Mesquite 也很全能，但是主要还是做性状演化分析。McClade是其收费版。TNT是原来的Hennig86，做系统发育分析。

PAST十分强大的统计软件，居群分析，分类学的morphometric分析很好。

S-DIVA川大开发的带统计功能的地理分析软件。

建议访问：附录1.最大简约法分析批处理文件

1.

begin PAUP;

log file=;

set autoclose=yes;

set maxtrees=100 increase=auto;

hsearch start=stepwise addseq=random nreps=1000 savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes nchuck=200