微生物的分类
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目前，有关细菌鉴定的系统应用得较多的国外的鉴定系 统，主要有法国的API；美国的Biolog；Enterotube等。
(1)、API（Analytic Products Inc）鉴定系统
由法国生物-梅里埃集团（bio-Merieux）生产，设计了不 同的项目与底物组合，ATB是将API鉴定电脑化，该系统有 许多种类各有相应的数据库，可鉴定出不同数目的细菌， 鉴定后可根据鉴定的可信度（％id）作出评价： ％id ≥99.9 “最佳的鉴定” excellent ％id 99.0～99.8 “很好的鉴定” very good ％id 90.0～98.9 “好的鉴定” good ％id 80.0～89.9 “可接受的鉴定” acceptable ％id 79.9以下 “低分辨率” low discrimination
不同的微生物往往有自己不同的重点鉴定指标。如：在鉴 定形态特征较丰富、细胞体积较大的真菌等微生物时，常以 形态特征为主要指标；在鉴定放线菌和酵母菌时，往往形态 特征与生理特征兼用；而在鉴定形态特征较单调的细菌时， 须使用较多的生理、生化和遗传等指标；在鉴定属于非细胞 生物类的病毒时，除使用电子显微镜和各种生化、免疫等技 术外，还要使用致病性等一些独特的指标和方法。
第二节 微生物在自然界的地位
一、三域学说及其发展 细菌域 古生菌域 真核生物域 细菌、古生菌与真核生物若干重要特征的比较
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
一、《伯杰氏手册》简介 1923年美国出版了一部原核生物分类体系的权威著作，名
为 《 伯 杰 氏 鉴 定 细 菌 学 手 册 》 ( Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology) ，此部著作一直再版至今已出版了 11个版本，编写人员由最初的美国学者D.Bergey等人进一步国 际化和扩大化。
（2）、“Enterotube”系统
由美国的Roche公司生产 又称肠管系统，适合于肠道细 菌的鉴定。
（3）、Biolog细菌鉴定系统
由美国安普科技中心（ATC US）生产，可鉴定1千多种微生 物。
二、微生物分类鉴定中的现代方法
1、rRNA测序 是一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的寡核苷酸序列同源 性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法。 rRNA测序的优点：
高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内的其他物种有着明 显差异的一大群菌株的总称。在微生物中，一个种只能用该 种内的一个典型菌株当作它的具体代表，此菌株维该种的模 式种。
微生物种的学名表示方法有双名法和三名法 1、双名法 属名＋种名加词＋（首次定名人）＋现名定名人＋现名定名 年份
大肠埃希氏菌 Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919
1980年代初起，该手册组织了国际上20余国的300多位专 家，合作编写了4卷本的新手册，书名改为《伯杰氏系统细菌 学手册》(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)，此书是 目前国际上最为流行的实用版本。
第三节 微生物分类鉴定的方法
一、微生物分类鉴定中的经典方法 1、微生物分类鉴定的工作步骤 （1）获得该微生物的纯培养物 （2）测定一系列必要的鉴定指标 （3）查找权威性的菌种鉴定手册
API系统已为国内外微生物学家所公认，并为许多实验室 普遍选用，适用于API系统鉴定的细菌有700多种，由于具 有自动、快速、高效的特点，可广泛应用于医药、临床、 兽医、食品、水质测定、环境保护、药物生产、发酵、生 物工程、动植物检疫、 生态学和土壤学等 研究，特别适合于 快速、大量的菌株 鉴定。
（1） 它们普遍存在于一切细胞内，不论是原核生物和真核生物，因此可 比较它们在进化中的相互关系； （2）它们的生理功能既重要又恒定； （3）在细胞中的含量较高、较易提取； （4）编码rRNA 的基因十分稳定； （5）rRNA的某些核苷酸序列非常保守，虽经30余亿年的进化历程仍能保 持其原初状态； （6）相对分子质量适中。 尤其是16S rRNA和18S rRNA不但核苷酸数 适中，而且信息量大、易于分析，故成了理想的研究材料。
2、三名法 属名＋种名加词＋符号subsp或var＋亚种或变种的加词
苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis (subsp) galleria
三、种以下的分类单元
1、亚种：是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明显 而稳定的特征外，其余鉴定Leabharlann Baidu征都与模式种相同的种。 2、菌株：它表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒 粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。因此微生物的 每一不同来源的纯培养物均可称为某菌种的一个菌株。 如：E.coli K12 、 E.coli O-157:H7等
2、经典的鉴定指标
经典鉴 定指标
形态 个体：细胞、大小、排列、运动性、特殊构造和染色反应等 群体：菌落形态，在半固体或液体培养基中的生长状态 营养要求：能源、碳源、氮源、生长因子等 酶：产酶种类和反应特性等
生理、生化反应 代谢产物：种类、产量、颜色和显色反应等 对药物的敏感性
生态特性：生长温度、与氧、pH、渗透压的关系，
宿主种类，与宿主关系等
生活史，有性生殖情况 血清学反应 对噬菌体的敏感性 其他
3、国内外常见的自动快速鉴定系统
由于致人、畜疾病和植物病害的微生物种类的不断增加， 以及经济的发展，人们对食品、日化、环境等行业微生物要 求的不断提高，传统的用单个试验来鉴定微生物不仅工作量 十分浩大，而且对技术熟练度的要求也很高，因此，出现了 以数值分类为基础的鉴定系统，使细菌鉴定简易化、微量化 和快速化。
第十一章 微生物的分类
现代的微生物分类学，已从原有的按微生物 表型进行分类的经典分类学发展到按它们的亲缘 关系和进化规律进行分类的微生物系统学阶段。 分类学的具体任务是分类、鉴定和命名。
第一节 微生物的分类单元
一、种以上的分类单元 界、门、纲、目、科、属、种
二、种的概念及命名 微生物的种是一个基本分类单元，它是一大群表型特征
(1)、API（Analytic Products Inc）鉴定系统
由法国生物-梅里埃集团（bio-Merieux）生产，设计了不 同的项目与底物组合，ATB是将API鉴定电脑化，该系统有 许多种类各有相应的数据库，可鉴定出不同数目的细菌， 鉴定后可根据鉴定的可信度（％id）作出评价： ％id ≥99.9 “最佳的鉴定” excellent ％id 99.0～99.8 “很好的鉴定” very good ％id 90.0～98.9 “好的鉴定” good ％id 80.0～89.9 “可接受的鉴定” acceptable ％id 79.9以下 “低分辨率” low discrimination
不同的微生物往往有自己不同的重点鉴定指标。如：在鉴 定形态特征较丰富、细胞体积较大的真菌等微生物时，常以 形态特征为主要指标；在鉴定放线菌和酵母菌时，往往形态 特征与生理特征兼用；而在鉴定形态特征较单调的细菌时， 须使用较多的生理、生化和遗传等指标；在鉴定属于非细胞 生物类的病毒时，除使用电子显微镜和各种生化、免疫等技 术外，还要使用致病性等一些独特的指标和方法。
第二节 微生物在自然界的地位
一、三域学说及其发展 细菌域 古生菌域 真核生物域 细菌、古生菌与真核生物若干重要特征的比较
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
一、《伯杰氏手册》简介 1923年美国出版了一部原核生物分类体系的权威著作，名
为 《 伯 杰 氏 鉴 定 细 菌 学 手 册 》 ( Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology) ，此部著作一直再版至今已出版了 11个版本，编写人员由最初的美国学者D.Bergey等人进一步国 际化和扩大化。
（2）、“Enterotube”系统
由美国的Roche公司生产 又称肠管系统，适合于肠道细 菌的鉴定。
（3）、Biolog细菌鉴定系统
由美国安普科技中心（ATC US）生产，可鉴定1千多种微生 物。
二、微生物分类鉴定中的现代方法
1、rRNA测序 是一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的寡核苷酸序列同源 性程度，以确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的方法。 rRNA测序的优点：
高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内的其他物种有着明 显差异的一大群菌株的总称。在微生物中，一个种只能用该 种内的一个典型菌株当作它的具体代表，此菌株维该种的模 式种。
微生物种的学名表示方法有双名法和三名法 1、双名法 属名＋种名加词＋（首次定名人）＋现名定名人＋现名定名 年份
大肠埃希氏菌 Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919
1980年代初起，该手册组织了国际上20余国的300多位专 家，合作编写了4卷本的新手册，书名改为《伯杰氏系统细菌 学手册》(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)，此书是 目前国际上最为流行的实用版本。
第三节 微生物分类鉴定的方法
一、微生物分类鉴定中的经典方法 1、微生物分类鉴定的工作步骤 （1）获得该微生物的纯培养物 （2）测定一系列必要的鉴定指标 （3）查找权威性的菌种鉴定手册
API系统已为国内外微生物学家所公认，并为许多实验室 普遍选用，适用于API系统鉴定的细菌有700多种，由于具 有自动、快速、高效的特点，可广泛应用于医药、临床、 兽医、食品、水质测定、环境保护、药物生产、发酵、生 物工程、动植物检疫、 生态学和土壤学等 研究，特别适合于 快速、大量的菌株 鉴定。
（1） 它们普遍存在于一切细胞内，不论是原核生物和真核生物，因此可 比较它们在进化中的相互关系； （2）它们的生理功能既重要又恒定； （3）在细胞中的含量较高、较易提取； （4）编码rRNA 的基因十分稳定； （5）rRNA的某些核苷酸序列非常保守，虽经30余亿年的进化历程仍能保 持其原初状态； （6）相对分子质量适中。 尤其是16S rRNA和18S rRNA不但核苷酸数 适中，而且信息量大、易于分析，故成了理想的研究材料。
2、三名法 属名＋种名加词＋符号subsp或var＋亚种或变种的加词
苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis (subsp) galleria
三、种以下的分类单元
1、亚种：是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明显 而稳定的特征外，其余鉴定Leabharlann Baidu征都与模式种相同的种。 2、菌株：它表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒 粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。因此微生物的 每一不同来源的纯培养物均可称为某菌种的一个菌株。 如：E.coli K12 、 E.coli O-157:H7等
2、经典的鉴定指标
经典鉴 定指标
形态 个体：细胞、大小、排列、运动性、特殊构造和染色反应等 群体：菌落形态，在半固体或液体培养基中的生长状态 营养要求：能源、碳源、氮源、生长因子等 酶：产酶种类和反应特性等
生理、生化反应 代谢产物：种类、产量、颜色和显色反应等 对药物的敏感性
生态特性：生长温度、与氧、pH、渗透压的关系，
宿主种类，与宿主关系等
生活史，有性生殖情况 血清学反应 对噬菌体的敏感性 其他
3、国内外常见的自动快速鉴定系统
由于致人、畜疾病和植物病害的微生物种类的不断增加， 以及经济的发展，人们对食品、日化、环境等行业微生物要 求的不断提高，传统的用单个试验来鉴定微生物不仅工作量 十分浩大，而且对技术熟练度的要求也很高，因此，出现了 以数值分类为基础的鉴定系统，使细菌鉴定简易化、微量化 和快速化。
第十一章 微生物的分类
现代的微生物分类学，已从原有的按微生物 表型进行分类的经典分类学发展到按它们的亲缘 关系和进化规律进行分类的微生物系统学阶段。 分类学的具体任务是分类、鉴定和命名。
第一节 微生物的分类单元
一、种以上的分类单元 界、门、纲、目、科、属、种
二、种的概念及命名 微生物的种是一个基本分类单元，它是一大群表型特征