细菌分类鉴定方法的研究进展

细菌分类鉴定方法的研究进展

目录

细菌分类鉴定方法的研究进展 (2)

摘要 (2)

ABSTRATC (3)

1、引言 (4)

1.1细菌分类鉴定 (4)

1.1.1 细菌常规鉴定方法 (4)

1.1.2细菌的数值分类和自动化鉴定 (4)

1.1.3化学分类鉴定法 (4)

1.1.4分子遗传学分类鉴定法 (4)

1.2细菌分类鉴定方法的前景 (5)

细菌的鉴定方法的介绍与总结 (5)

1、细菌常规鉴定方法 (5)

1. 1 免疫诊断技术 (5)

1. 1. 1 凝集试验 (5)

1. 1. 2 免疫酶技术 (5)

1.1. 3 免疫荧光技术 (5)

1. 1. 4 放射免疫测定技术 (6)

1. 1. 5 免疫胶体金标记技术 (6)

1. 2 蛋白质图谱分析 (6)

2、细菌的数值分类和自动化鉴定 (6)

3、化学分类鉴定法 (7)

3.1 磷脂脂肪酸分析技术（PLFA）[6] (7)

3．2 高效液相色谱（HPLC）[7] (7)

3.3 气相色谱（GC）[7] (7)

4、分子遗传学分类鉴定法 (7)

4. 1 细菌染色体DNA G+ C mol %含量测定 (7)

4. 2 核酸杂交技术 (7)

4. 3 限制性核酸内切酶分析法 (7)

4. 4 质粒图谱分析法 (7)

4. 5 脉冲场凝胶电泳分析法 (8)

4. 6 PCR技术 (8)

4. 7 16SrRNA 序列和16S～23SrRNA 间区序列分析法 (8)

4. 8 微生物全基因组测序 (8)

6、参考文献 (9)

细菌分类鉴定方法的研究进展

摘要

细菌分类鉴定方法包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类,分成4个水平:细菌形态和生理生化水平、细胞组分水平、蛋白质水平和核酸水平。表型鉴定法是对前3个水平的鉴定,包括常规鉴定法、数值分类鉴定法和化学分类鉴定法。分子遗传学鉴定法[1]是核酸水平的鉴定,对细菌染色体或质粒DNA 进行分析,核酸杂交、PCR 技术、16SrRNA 和16 ～23SrRNA 序列分析、全基因组测序等,此类方法使细菌种属定位和亲源关系判别由表型特征深化为基因型鉴定。本文主要来介绍各种分类方法以及每种方法的优缺点。

关键词：细菌分类鉴定表型鉴定分子遗传学鉴定

Bacterial classification and identification of the

research progress

ABSTRATC

Bacterial classification and identification method two categories, including the the phenotype identification method and molecular genetic identification method is divided into four levels: the bacterial morphological and physiological and biochemical level, the level of cellular components, protein level and the nucleotide level. The phenotypic identification law is the identification of the first three levels, including conventional identification method, numerical classification and identification and chemical classification identification method. Identification of molecular genetics method [1] is the identification of the nucleic acid level, analysis of the bacterial chromosome or plasmid DNA, nucleic acid hybridization, PCR, 16SrRNA and the 16 ~ 23SrRNA sequence analysis of whole-genome sequencing, such positioning method bacterial species and phylogenetic discrimination by the deepening of the phenotypic characteristics of genotyping. This paper is mainly to introduce the various classification methods as well as the advantages and disadvantages of each method.

Key word ：Bacterial classification and identification

Phenotypic identification Molecular genetic identification

1、引言

1.1细菌分类鉴定

1.1.1 细菌常规鉴定方法

细菌常规鉴定法是细菌形态和生理生化水平及蛋白质水平的鉴定,前者是最经典、最常用的分类鉴定指标,也是现代化分类鉴定的依据,后者包括免疫诊断技术、蛋

白质图谱分析和氨基酸序列分析等。

1.1.2 细菌的数值分类和自动化鉴定

目前应用较多的自动化鉴定系统主要有:Vitek - AMS(Automated Microbic System) [2]、Biolog、MicroScan 、Entero2tube 、MIDI、Sensititte 、Autosceptor 、Crystal 等鉴定系统。

数值分类法是近20 年来发展起来的细菌分类理论,它应用大量已知菌对相关生化试验反应出现的频率得出数据进行分析,优化组合数10 项生理生化指标集合成套试剂,根据相似系数大小判断细菌种属间的亲源性。自动化微生物鉴定系统即采用数值分类原理。微生物数值分类鉴定集数学、电子、信息及自动分析技术于一体,具有系统化、标准化、微量化和简易化等优点,采用商品化的鉴定测试卡,将未知菌鉴定到属、种、亚种或生物型,可不同来源的临床标本进行针对性鉴定,所得结果以数字方式表达,与数据库数据(手册或软件) 对比得出鉴定结果。

1.1.3 化学分类鉴定法

20 世纪50 年代中期由Cummins 和Harris 建立起来的化学分类鉴定法[3]主要通过细菌细胞壁化学成分即氨基酸和糖的分析进行分类鉴定,属的分类主要测定各种氨基酸组分,种的鉴定主要是对糖的分析。另外,还有全细胞水解液糖型分析、脂肪酸分析、磷酸类脂成分分析、枝菌酸分析、醌类分析和光合色素成分分析等,常使用红外光谱、气相色谱、高效液相色谱和质谱等新技术。

1.1.4 分子遗传学分类鉴定法