基因组测序流程介绍
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每PCR一轮，扩增两倍 1-2-4-8-16…
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第二部分：测序流程
•
1。什么是测序？
确定一条染色体片断上的碱基顺序。 Sanger法：
在PCR时加入荧光标记的复制终止剂，比如 ddA,ddT,ddC,ddG（相应于4种碱基）
ddX的两个作用：
可以当作正常碱基参与复制 一旦链入DNA中，其后就不能再继续连接
字符串比对：两个字符串的距离 拼接问题 蛋白质结构预测：如何从一维预测三维结构
？
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基因组测序流程介绍
2020年7月6日星期一
第一部分：基础知识
•
1。细胞的结构（真核和原核）
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2。细胞核中的染色体
•
3。染色体＝DNA＋相关蛋白质
•
4。DNA的双螺旋结构
•
5。碱基互补：A/T C/G
•
6。DNA复制
•
7。什么是基因组？
任何一条染色体上都带有许多基因，一 条高等生物的染色体上可能带有成千上 万个基因，一个细胞中的全部基因序列 及其间隔序列统称为genomes（基因组 ）。
•Low Base •Quality
•Single •Stranded •Region
•Sequence •Gap
•Consensus
•Mis-Assembly •(Inverted)
•
拼接错误：Repeat的存在
•
我们能干什么？
测序之前全是生物学问题。 测序之后就全形式化是计算机问题。 天然的形式化：ATCG 核心问题：
因为整个基因组太长（上M),而每次只能 测得一个500的小片断(read)
问题：如何根据read恢复原始顺序？ 类比：10本圣经，都从随机点起始剪成
500个字母左右的小纸条，问：给你这么 一堆小纸条，你能读出圣经来吗？ 转成图论问题：Hamilton和Euler路径 但是都会拼错！
•
Shotgun法序列拼接
翻译：每3个碱基翻译成一个氨基酸。
•
10。DNA上的基因
•
11。什么是电泳？
在凝胶一端小槽中放入荧光标记的DNA 片断，两端加电压，短DNA片断跑得快 ，长DNA片断跑得慢。
测序时需要区分长度只差一个碱基的片 断
•
12。什么是PCR?
DNA体外扩增方法的一种，能够将很少 的试样（比如只有罪犯的一滴血），扩 增成完全相同的无数拷贝。
序的小片断 转化培养：小片断和载体结合，植入细菌中进
行扩增。 提质粒：从细菌中提取出繁殖好的质粒 电泳检测：检测质量的好坏 测序：上测序仪测序
•
全自动的测序仪器：MegaBace
•
•DNA来自百度文库体
•切成 小段 •小段和载体结合 •结合后进行测序
•
Shotgun测序（2）——
•
还没有完！拼接！！！
电泳 谁终止，碱基就是谁 此方法获1974年的Nobel奖
•
•电泳，看谁跑得 快
Sanger第一步：加入复制终止剂
•荧光检测探头
•
Sanger第二步：荧光检测
•
Shotgun测序
DNA的提取和纯化 载体预备：和DNA片断结合，从而能够在细菌
中扩增。 DNA片段的制备：将DNA用超声波切成能够测
•
8。什么是基因？
DNA上具有特定功能的一个片断，负责 一种特定性状的表达。一般来讲，一个 基因只编码一个蛋白质。
•
9。DNA RNA与蛋白质
DNA:两条互补链。由ATCG四个字母（碱 基）形成的字符串。
RNA:单链结构。由AUCG四个字母（碱基 ）形成的字符串。
蛋白质:一条或多条肽链。每个肽链是由 20种氨基酸形成的长链，即20个字母（ 氨基酸）形成的字符串。
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第二部分：测序流程
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1。什么是测序？
确定一条染色体片断上的碱基顺序。 Sanger法：
在PCR时加入荧光标记的复制终止剂，比如 ddA,ddT,ddC,ddG（相应于4种碱基）
ddX的两个作用：
可以当作正常碱基参与复制 一旦链入DNA中，其后就不能再继续连接
字符串比对：两个字符串的距离 拼接问题 蛋白质结构预测：如何从一维预测三维结构
？
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基因组测序流程介绍
2020年7月6日星期一
第一部分：基础知识
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1。细胞的结构（真核和原核）
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2。细胞核中的染色体
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3。染色体＝DNA＋相关蛋白质
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4。DNA的双螺旋结构
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5。碱基互补：A/T C/G
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6。DNA复制
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7。什么是基因组？
任何一条染色体上都带有许多基因，一 条高等生物的染色体上可能带有成千上 万个基因，一个细胞中的全部基因序列 及其间隔序列统称为genomes（基因组 ）。
•Low Base •Quality
•Single •Stranded •Region
•Sequence •Gap
•Consensus
•Mis-Assembly •(Inverted)
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拼接错误：Repeat的存在
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我们能干什么？
测序之前全是生物学问题。 测序之后就全形式化是计算机问题。 天然的形式化：ATCG 核心问题：
因为整个基因组太长（上M),而每次只能 测得一个500的小片断(read)
问题：如何根据read恢复原始顺序？ 类比：10本圣经，都从随机点起始剪成
500个字母左右的小纸条，问：给你这么 一堆小纸条，你能读出圣经来吗？ 转成图论问题：Hamilton和Euler路径 但是都会拼错！
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Shotgun法序列拼接
翻译：每3个碱基翻译成一个氨基酸。
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10。DNA上的基因
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11。什么是电泳？
在凝胶一端小槽中放入荧光标记的DNA 片断，两端加电压，短DNA片断跑得快 ，长DNA片断跑得慢。
测序时需要区分长度只差一个碱基的片 断
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12。什么是PCR?
DNA体外扩增方法的一种，能够将很少 的试样（比如只有罪犯的一滴血），扩 增成完全相同的无数拷贝。
序的小片断 转化培养：小片断和载体结合，植入细菌中进
行扩增。 提质粒：从细菌中提取出繁殖好的质粒 电泳检测：检测质量的好坏 测序：上测序仪测序
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全自动的测序仪器：MegaBace
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•DNA来自百度文库体
•切成 小段 •小段和载体结合 •结合后进行测序
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Shotgun测序（2）——
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还没有完！拼接！！！
电泳 谁终止，碱基就是谁 此方法获1974年的Nobel奖
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•电泳，看谁跑得 快
Sanger第一步：加入复制终止剂
•荧光检测探头
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Sanger第二步：荧光检测
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Shotgun测序
DNA的提取和纯化 载体预备：和DNA片断结合，从而能够在细菌
中扩增。 DNA片段的制备：将DNA用超声波切成能够测
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8。什么是基因？
DNA上具有特定功能的一个片断，负责 一种特定性状的表达。一般来讲，一个 基因只编码一个蛋白质。
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9。DNA RNA与蛋白质
DNA:两条互补链。由ATCG四个字母（碱 基）形成的字符串。
RNA:单链结构。由AUCG四个字母（碱基 ）形成的字符串。
蛋白质:一条或多条肽链。每个肽链是由 20种氨基酸形成的长链，即20个字母（ 氨基酸）形成的字符串。