SNP检测方法(讲课版)1
生物样本的单核苷酸多态性(SNP)位点检测--高通量飞行时间质谱法(MALDI-TOF MS)
生物样本的单核苷酸多态性（SNP）位点检测--高通量飞行时间质谱法（MALDI-TOF MS）1 适用范围本标准为检验实验室进行药物靶点基因的检测提供技术指导。
本标准适用的样本包括：全血标本、石蜡包埋组织、干血片、口腔拭子、唾液等。
2 规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的，凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。
凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。
药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)，（2015年国家卫生和计划生育委员会医政医管局国卫医医护便函〔2015〕240号）个体化医学检测微阵列基因芯片技术规范（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号）感染性疾病相关个体化医学分子检测技术指南（国家卫生计生委办公厅，国卫办医函〔2017〕1190号）农业部1782号公告-12-2012 转基因生物及其产品食用安全检测蛋白质氨基酸序列飞行时间质谱分析方法卫生部办公厅关于印发《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》的通知(卫办医政发〔2010〕194号)3、术语和定义3.1 rs和ss体系SNP由美国国立生物技术信息中心（national center for biotechnologyinformation，NCBI）建立、dbSNP数据库制定的SNP命名体系，rs体系的SNP代表已获得官方认可和推荐的参考SNP（reference SNP），ss体系的SNP代表用户新递交但尚未得到认可的SNP（submitted SNP）。
3.2 单核苷酸多态性（SNP）是指由单个核苷酸-A、T、C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。
3.3 等位基因（allele）一般是指位于一对同源染色体相同位置上控制某一性状的不同形态的一对基因。
若成对的等位基因中两个成员完全相同，则该个体对此性状来说是纯合子。
最新单核苷酸多态性SNP概念优点检测方法意义应用课件PPT
方法；第二章 资 格•（四）食品加工经营场所环境、设 备以及食品采购、储存、加工、检 验、运输过程的卫生要求；
• （五）从业人员个人卫生要；（六） 其他与健康相关的食品卫生知识。
第二章 资 格
• 第七条 食品卫生管理员培训分为食 品生产加工、餐饮、食品流通三类。
3.目前几种筛选检测未知或已知SNP多态性的方法 :
1.基于杂交的方法 2.基于酶或PCR的方法 3.以构象为基础的方法 4.直接测序的方法 5.其他方法
3、目前几种筛选检测未知或已知SNP多态性的方
法
1.基于杂交的方法
• 原理:短的核苷酸探针在和互补的目的片段进行杂 交时，完全匹配和有错配两种情况下，根据杂交 复合体稳定性的不同而将SNP 位点检测出来。 （差异越大，检测的特异性就越好）
2)变性梯度凝胶电泳DGGE
3)单链构象多态性SSCP
4)变性高效液相色谱DHPLC
4直接测序:
DNA测序是最容易实施但目前费用仍较昂贵 SNPs检测方法。通过不同个体的同一基因或DNA 片段
的直接测序,然后进行简单的序列比对,SNP变异检 出率可达100%。采用直接测序法,还可以直观地得 到突变碱基的类型及其准确位置等SNPs分型的参 数。随着DNA测序自动化和测序成本的降低,直接测 序法将越来越多地用于未知SNPs的发掘和已SNPs 的检测与分型。
2）.基因芯片技术(Gene chips)
基因芯片是在一微小的基片(硅片、玻片、塑料片等)表面集成了 大量的分子识别探针,能够在同一时间内平行分析大量的基因,进行大 信息量的筛选和检测分析
3).探针技术(TaqMan)
4).动态等位基因特异杂交(Dynamic allelespecific hybridization,DASH)
SNP检测方法(讲课版)2
3.以构象为基础的方法
单链构象多态性( single strand conformational polymorphism ,SSCP) 温度梯度凝胶电泳( temperature gradient gel electrophoresis ,TGGE) 变性梯度凝胶电泳( denaturing gradient ge electrophoresis ,DGGE) 变性高效液相色谱检测 ( denaturing high performance liquid chromatography ，DHPLC)
CCR(combined chain reaction )
1
基本步骤
1、DNA模板的变性 2、引物和单链模板间的退火 3、DNA聚合酶(无5′- 3′外切酶活性) 催 化引物延伸 4、延伸引物的3′端和下游引物5′端间 的连接。
2
优点：
1.快速简单，仅需DNA 的分离、CCR 扩增、 琼脂糖凝胶电泳检测产物几步 2. 产生的产物片段大, 通过琼脂糖凝胶电泳 就可实现对产物的检测（不需引物标记 等繁琐技术）
20
基本原理和步骤
1.质谱分析在样品分子离子化后,根据不同离子间 的质荷比的差异来分离并确定分子量，很容易 将仅含有一个不同碱基的两段基因序列区别开。 2.样品来源可以是PCR 产物、引物延伸反应、入 侵者酶切产物等,通过质谱可直接检测样品或探 针的不同质量,推导出样品的SNPs. 3.利用质谱分析一个样品只需几秒钟, 具有快速、 准确、自动化程度高和高通量等特点. 5.主要的问题是需对分析样品进行纯化后才能检 测。
3
LRCA (ligation-rolling circle amplication）
snp研究方法
snp研究方法一、基因分型技术。
这可是研究snp的常用手段哦。
比如说聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR RFLP），它的原理就是利用特定的限制性内切酶来识别和切割DNA序列。
要是某个snp位点刚好改变了内切酶的识别位点，那切割出来的片段长度就会不一样啦。
通过电泳分析这些片段，就能知道不同个体在这个snp位点上的基因型啦。
举个例子哈，假如我们要研究某个基因上的snp与某种疾病的关系，就可以用PCR RFLP技术把不同病人和正常人的DNA样本进行分析，看看这个位点的基因型分布有没有啥差异。
还有一种叫TaqMan探针法的基因分型技术也挺厉害的。
它是基于荧光共振能量转移原理的。
简单来说，就是设计两种不同的荧光标记探针，分别与snp位点的不同等位基因特异性结合。
在PCR反应过程中，只有与目标等位基因完全匹配的探针才能被激活，发出荧光信号。
这样通过检测荧光信号，就能快速准确地确定样本的基因型啦。
就好比给每个等位基因都贴上了一个独特的荧光标签，一下子就能把它们区分开来，是不是挺酷的呀？二、DNA测序技术。
这个方法可是研究snp的“金标准”哦。
通过直接测定DNA序列，我们就能准确地知道snp位点的具体信息啦。
现在常用的测序技术有一代测序、二代测序和三代测序。
一代测序也就是桑格测序法，它的准确性非常高，能够精确地测定较短的DNA片段序列。
不过呢，它的通量比较低，成本也相对较高，不太适合大规模的样本检测。
比如说，我们要研究一个小样本的特定基因区域的snp，用一代测序就挺合适的。
二代测序技术就不一样啦，它具有高通量、低成本的优点。
能够同时对大量的DNA片段进行测序，适合大规模的snp研究。
像全基因组关联研究（GWAS）这种需要分析大量样本的项目，二代测序就大显身手啦。
它就像一个高效的扫描仪，一下子能把很多DNA序列都扫出来，然后通过生物信息学分析，就能找到那些有意义的snp位点啦。
三代测序技术则更先进啦，它不仅能测序长片段的DNA，还能直接检测DNA的甲基化等修饰信息。
SNP检测详细步骤
SNP检测(中文)Part I：样本基因组DNA的提取1.取50 μl血样于离心管中，加PBS缓冲液至1.5mL，轻轻地摇匀。
冷冻离心机6500 rpm离心10 min，去掉上清液，保留沉淀物。
重复洗2次。
2.向保留沉淀物的离心管中加入DNA提取液500 μl，15 μl的蛋白酶K，混匀放入55℃水浴锅中消化过夜。
3.将消化过夜的反应液冷却至室温，加入等体积冰冷的饱和酚溶液，盖紧离心管盖，缓慢地来回颠倒10 min（在冰上进行），形成均匀的乳浊液。
4.冷冻离心机12000 rpm离心10min。
5.小心地吸取上层水相至新管，用等体积饱和酚再抽提一次。
6.用等体积的氯仿再抽提一次。
7.离心后再取上清液于另一离心管中，加入1∕10体积3mol/L的NaAc使终浓度达到0.3mol/L，并加2倍体积冷无水乙醇，上下倒置混匀，置-20℃冰箱沉淀30-60min。
8.冷冻离心机12000 rpm离心10 min，弃上清液。
9.加入500 μl 70%冷乙醇小心洗涤沉淀。
冷冻离心机6500 rpm离心5 min，弃上清，用干净的吸水纸或用吸头将管壁残留的乙醇去除，干燥10～15 min，不要等沉淀完全干燥，否则难以溶解。
10.沉淀于100 μl超纯水中。
11.将提取的基因组DNA进行琼脂糖凝胶电泳及浓度的测定。
Part II：SNP分型检测1.引物的设计与合成(1)查阅文献，参考文献中的引物，直接合成；(2)根据SNP的位置找到其序列，设计引物并合成2.PCR扩增片段(1)PCR扩增体系：Components Volume (μl)DNA template1PrimeSTAR0.5dNTPs (2.5 mM)1Primer-F (10 μM)1Primer-R (10 μM)15*PS buffer(Mg2+)10ddH2O1(2)PCR扩增程序：(3)将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测。
(4)A. 测序法：对目的条带进行切胶回收纯化测序，根据测序结果统计分析各个样本下该SNP的基因型。
SNP突变点检测方法进展( 完整版)
（polymerase chain reaction-sequence specific primer）
1
2 3 4 5
简 特 经 直
便 异 济
准确
观
一般DNA实验室能满足实验 要求
Tagman探针技术（分子信标、分子灯塔） 实时荧光PCR技术 SYBR Green Ⅰ法（结合熔解曲线分析） 芯片分析（微阵列杂交实验技术）
特异性高；
引物设计简单； 反应条件易于优化；
分辨能力高。
随着科技的进步，SNP突变点检测方法在继续改进演 变。我们选择经济实用的技术方法来满足自己所做课题需 求。就目前来说，SNP检测技术手段还有待进一步提高。 科研在呼唤着一种最为理想的SNP检测方法，其能具 备以下优点: 1. 适合自动化操作, 简便快速;
基于PCR
荧光标记检测
相 关 技 术
寡核苷酸连接 分析
基于物理技术
内切酶酶切技 术
其它
单链构象多态性（SSCP） 变性梯度凝胶电泳（DGGE）
变性高效液相色谱分析技术（DHPLC）
(一)PCR-SSCP
1. 基本原理:
经PCR 扩增的目的片段在变性剂或低离子浓度下经 高温处理使之解链并保证在单链状态下,然后在一定浓度 的非变性聚丙稀酰胺凝胶中电泳。相同长度的单链DNA , 可以因其顺序或单个碱基差异,所形成的空间构象就会不 同,其在凝胶中泳动速度不一样,从而显示出带型的差异, 即多态型
20bp
优势
局 限 性
序列多态性座位中大约只有1/3的
碱基涉及限制酶识别序列；
遗传标记系统的个人识别能力有限； 限制酶消化条件较高。
微测序技术（SNaPshot）
焦测序技术（Pyrosequencing）
SNP检测方法汇总
SNP检测方法汇总SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是存在于基因组中的最小的遗传变异单位，是指基因组中单个核苷酸发生变化的现象。
SNP检测方法是针对这些变异进行分析和检测的工具或技术。
本文将对目前常用的SNP检测方法进行汇总和介绍。
1.基于PCR的SNP检测方法PCR是一种常用的DNA复制技术，在SNP检测中有多种变体，包括追踪标记PCR（TaqMan PCR）、Allele-Specific PCR（AS-PCR）、限制性片段长度多态性（RFLP）PCR等。
这些方法都利用PCR扩增目标DNA片段，并通过引入特定的引物或酶切位点来区分不同等位基因的差异。
2.基于测序的SNP检测方法测序是一种直接测定DNA序列的方法，可以通过测序检测SNP。
在基于测序的SNP检测中，有两种主要的方法：Sanger测序和大规模并行测序（Next-Generation Sequencing，NGS）。
Sanger测序是一种经典的测序方法，能够准确地确定单个核苷酸的序列，但是对于大规模SNP检测来说成本较高。
而NGS技术则可以同时测定多个样本的DNA序列，且速度和成本都更高效。
3.基于芯片的SNP检测方法芯片技术是通过固相法在芯片上固定已知的DNA片段，再与样本中的DNA进行杂交来实现SNP检测。
常用的芯片技术包括基于碱基延伸法（Primer Extension Assay）的Oligonucleotide Ligation Assay （OLA）、基于碱基延伸法的SNPstream和基于液相杂交法的GeneChip等。
这些方法在检测过程中通常采用荧光探针标记样本的SNP位点，通过荧光检测的方式进行分析和鉴定。
4.基于质谱的SNP检测方法质谱技术是通过检测质量-电荷比（m/z）来对样本中的DNA片段进行分析和检测的方法。
基于质谱的SNP检测主要采用基因分型质谱法（genotyping mass spectrometry），其中常用的方法有MALDI-TOF质谱（Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry）和Sequenom质谱。
个药基因检测-阿司匹林ppt课件
基因变异 (单核苷酸多态性)
药物代谢酶
药物转运体
药物靶点
药代动力学
药效动力学
药物疗效和毒性的个体差异
02
基因检测技术原理
方法学：荧光原位杂交（10~20bp）
模版
3
寡核苷酸探针：
A
+
=
A
5
3’端接有荧光素（红圈），
有特异核酸SNP位点的模板
5’端接有淬灭基团（红点）
3 Q
未杂交时，成自身环状， 不发出荧光。
AA：应用阿司匹林心梗风险为GG型的2.03倍，PCI术后患者，应用阿司匹 林与氯吡格雷联用，发生心血管事件为GG型的3.97倍 AA：对阿司匹林应答较好 AG：对阿司匹林应答中等，有一定心血管事件发生风险
168 PTGS1
GG：对ST段抬高心梗患者，阿司匹林与氯吡格雷联用，心血管发生率高 （HR=2.55），此基因型的冠心病患者，应用阿司匹林，心血管事件发生 率高（OR=10.0）
T
G
5 杂交后，探针打开，淬灭 基团远离荧光素，发出荧 光 Nhomakorabea02
基因检测技术原理
出现污染的高风险环节 低风险环节 显色/扫描
基因芯片
采集标本
探针杂交
提取基因组 DNA/RNA
电泳检测
焦磷酸测序 焦磷酸测序
RT-PCR
PCR扩增
纯化PCR产 物
双脱氧标记
双脱氧测序
实时荧光PCR
避开PCR环节，前处理简单
COX
TXA
2
< 30sec
TXB2
Jarvis B, Simpson K. Drugs 2000; 60: 347–77.
SNP检测方法
SNP检测方法—SNapShot SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)，即单核苷酸多态性，是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，它是人类中可遗传的变异最常见的一种，并作为第三代遗传标志。
人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关，因此被广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因研究。
目前，SNP检测技术已经很成熟，主要有以下几种检测方法：TaqMan 探针法、HRM法、SNapShot法、dHPLC、illumina BeadXpress法等，本文主要针对SNapShot法进行阐述。
SNapShot法是一种新兴的SNP检测技术，该技术有美国应用生物公司（ABI）开发的，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，其原理是先根据基因序列，设计特异性的扩增引物及延伸引物，在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧邻多态位点5’端的不同长度的延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经过测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知渗入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。
SNapShot法操作简单、经济，可以在多种遗传分析仪上进行快速、准确地基因分型，实现了SNP分析的自动化，可以方便高效地用于高通量的SNP 验证及中通量的SNP筛选。
目前SNapShot技术广受科研人员的认可，国内耳聋基因SNP筛查、结合易感基因SNP位点筛查等用到的检测技术均为SNapShot技术，此外在nature、SCI等多个顶级杂志中也发表了多篇SNapShot技术相关的文献。
由此说明SNapShot技术在SNP研究领域中的地位在不断的提升，已成为SNP 研究中不可或缺的一部分。
北京阅微基因技术有限公司现拥有成熟的SNapShot技术平台，配备ABI3730xl测序仪及国内的杰出人才，实验结果准确、质量高，实验数据符合发表顶级杂志的要求，并提供相应的技术指导及疑难问题解答。
snp分子标记的原理及应用解读课件_概述说明
snp分子标记的原理及应用解读课件概述说明1. 引言1.1 概述SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是指基因组中存在的单核苷酸变异，是一种常见的遗传变异形式。
由于SNP在基因组中广泛存在且具有高度稳定性，因此被广泛应用于生物多样性研究、遗传疾病研究和农业育种等领域。
本文旨在介绍SNP分子标记的原理及其在生物学领域的应用。
首先，我们将详细解释SNP分子标记的原理，包括SNP的定义、形成原因以及检测方法概述。
随后，我们将探讨SNP分子标记在生物多样性研究、遗传疾病研究和农业育种中的应用。
最后，本文将通过实例分析与讨论来展示SNPs在人类进化研究、种子质量评估和作物抗性育种中的应用案例，并对未来SNP分子标记研究方向进行展望。
1.2 文章结构本文共包括五个主要部分。
除了本引言外，第二部分将介绍SNP分子标记的原理，包括对SNP的定义、形成原因以及检测方法的概述。
第三部分将探讨SNP 分子标记在生物多样性研究、遗传疾病研究和农业育种中的应用。
第四部分将通过具体案例分析来展示SNPs在人类进化研究、种子质量评估和作物抗性育种中的应用。
最后，第五部分将总结文章的主要观点，并对未来SNP分子标记研究方向进行展望。
1.3 目的本文旨在全面介绍SNP分子标记的原理及其在生物学领域的应用。
通过对SNP 的定义和形成原因的解析，读者可以深入了解SNP这一遗传变异形式。
接下来，我们将详细描述SNP检测方法以及其在生物多样性研究、遗传疾病研究和农业育种方面的应用。
通过具体案例分析，读者可以更好地理解SNPs在不同领域中的实际应用价值。
最后，我们将对当前SNP分子标记研究领域存在的问题进行剖析，并对未来可能出现的发展方向提出展望。
这样，读者可以完整而系统地了解SNP分子标记的原理及应用，并进一步探索其在生物学研究和实践中的潜力。
2. SNP分子标记的原理:2.1 SNP的定义:SNP（Single Nucleotide Polymorphism）指的是基因组中单个核苷酸发生变异的现象。
《SNP和CNV》PPT课件
精选PPT
1
什么是SNP？
SNP（单核苷酸多态性）：在不同个体的同一条 染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核 苷酸序列一致，而只有一个碱基不同的现象。
SNP是人类基因组DNA序列中最常见的变异形式。 并非所有的SNP都有临床意义，对疾病和药物治 疗有重大影响的SNP，估计只占数以百万计SNP的 很小一部分。从数以百万存在于整个基因组的 SNP，到导致蛋白质氨基酸编码改变或基因表达 调控改变的SNP，最后到导致蛋白质体外活力改 变的SNP，SNP的数目都在迅速递减。
精选PPT
2
关联分析
联合SNPs和人类疾病表型的研究，可以提供对 诊断、预测、新的治疗方案等的新的和更精确 的遗传标记，从而对直接的临床应用有很大的 潜能。
联合基因、基因变异和人类疾病表型的关联分
析在识别那些涉及单个基因的、高渗透性、常
染色体显性孟德尔遗传疾病的基因位点比较成
功。但是，对于更经常出现的复杂疾病成功率
精选PPT
10
SSCP
单链构象多态性（SSCP）分析，是一种基于DNA构象差 别来检测点突变的方法。相同长度的单链DNA，如果碱 基序列不同，形成的构象就不同，这样就形成了单链 构象多态性。
单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主 要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的， 当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间 构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分 子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同.因此，通过非 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，可以非常敏锐地将构象上 有差异的分子分离开。
1适合不同类型信息的路径中候选基因的选择1适合不同类型信息的路径中候选基因的选择2确定这些基因在控制种群中的单倍型结构3在每个基因中代表全部一般的单倍型的标签snps集的选择4表型和单倍型状态的关联测试5通过功能检验确定真实的原因变异的真实的位置4?尽管用标签snps的间接候选关联方法说明复杂疾病的遗传病因现在很可行但是仍然存在一个主要的问题?它涉及到一个假设
SNP检测方法
SNP检测方法（百度知道）现在SNP的常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。
Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准备，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。
人们对SNP 的研究方法进行了许多探索和改进。
SNP 分析技术按其研究对象主要分为两大类,即:①对未知SNP 进行分析,即找寻未知的SNP 或确定某一未知SNP 与某遗传病的关系。
检测未知SNP 有许多种方法可以使用,如温度梯度凝胶电泳( TGGE) 、变性梯度凝胶电泳(DGGE) 、单链构象多态性(SSCP) 、变性的高效液相色谱检测(DHPLC) 、限制性片段长度多态性(RFL P) 、随机扩增多态性DNA(RAPD) 等,但这些方法只能发现含有SNP 的DNA 链,不能确知突变的位置和碱基类别,要想做到这一点,必须对那些含有SNP 的DNA 链进行测序。
②对已知SNP 进行分析,即对不同群体SNP遗传多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断。
筛查已知SNP 的方法有等位基因特异寡核苷酸片段分析(ASO) 、突变错配扩增检验(MAMA) 、基因芯片技术(gene chips) 等。
由于人类基因工程的带动,许多物种都已开始了基因组的项目,并建立了大量数据库,比较这些来自不同实验室不同个体的序列, 就可以检测到SNP。
目前,可供利用的公开SNP 网上资源主要包括: ①由美国国立卫生研究院( National Institutes of Health ,NIH) 提供的主要是与癌症和肿瘤相关的候选SNP 数据库: http :/ / cgap. nci. nih. gov/ GAI ;②由NIH 开辟的适于生物医学研究的dbSNP 多态性数据库: http :/ / www. ncbi. nlm. nih. gov/ SNP ; ③德国的HGBAS 网站提供的人类SNP 数据库:http :/ / hgbas. Cgr. ki. sei 等。
SNP检测方法综述
SNP检测方法综述SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是人类基因组中最常见的遗传变异形式，它指的是在基因组中单一核苷酸的碱基发生变化所引起的遗传多态性。
SNP检测是一种用于研究个体间基因差异的重要技术，对于理解人类遗传多样性、疾病发生机制和药物反应等方面具有重要意义。
本文将综述常见的SNP检测方法，包括PCR-RFLP、TaqMan、MALDI-TOF、SNP芯片和基因测序方法。
PCR-RFLP（Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism）是最早也是最简单的SNP检测方法之一、它基于PCR技术扩增SNP位点的DNA片段，然后使用限制性内切酶切割扩增产物，并通过凝胶电泳的方法分离不同的限制性片段。
由于SNP会改变限制性内切酶切割位点，因此产生的限制性片段长度会有差别。
通过观察不同长度的片段，可以确定个体是否携带了该SNP。
TaqMan是一种基于荧光探针的SNP检测方法。
在TaqMan检测中，使用两个引物与单个碱基变异位点周围的DNA序列部分匹配。
其中一个引物带有FAM荧光标记，另一个带有VIC荧光标记。
当引物与模板DNA序列匹配时，TaqMan酶切的过程会释放出FAM标记的荧光信号。
然而，如果碱基变异导致引物无法与模板DNA匹配，则没有释放荧光信号。
通过荧光信号的检测，可以判断个体是否携带该SNP。
MALDI-TOF（Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight）是一种基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱技术，也可以用于SNP检测。
在SNP检测中，使用基于质谱分析的技术，先将PCR扩增的SNP位点DNA片段与一个特定的质量标准DNA片段混合。
通过质谱仪的离子化和飞行时间分析，可以确定SNP片段和质谱分析标准片段的质量和相对含量。
矿产
矿产资源开发利用方案编写内容要求及审查大纲
矿产资源开发利用方案编写内容要求及《矿产资源开发利用方案》审查大纲一、概述
㈠矿区位置、隶属关系和企业性质。
如为改扩建矿山, 应说明矿山现状、
特点及存在的主要问题。
㈡编制依据
(1简述项目前期工作进展情况及与有关方面对项目的意向性协议情况。
(2 列出开发利用方案编制所依据的主要基础性资料的名称。
如经储量管理部门认定的矿区地质勘探报告、选矿试验报告、加工利用试验报告、工程地质初评资料、矿区水文资料和供水资料等。
对改、扩建矿山应有生产实际资料, 如矿山总平面现状图、矿床开拓系统图、采场现状图和主要采选设备清单等。
二、矿产品需求现状和预测
㈠该矿产在国内需求情况和市场供应情况
1、矿产品现状及加工利用趋向。
2、国内近、远期的需求量及主要销向预测。
㈡产品价格分析
1、国内矿产品价格现状。
2、矿产品价格稳定性及变化趋势。
三、矿产资源概况
㈠矿区总体概况
1、矿区总体规划情况。
2、矿区矿产资源概况。
3、该设计与矿区总体开发的关系。
㈡该设计项目的资源概况
1、矿床地质及构造特征。
2、矿床开采技术条件及水文地质条件。
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9
1.基于杂交的方法
原理: 短的核苷酸探针在和互补的目的片段进 行杂交时，完全匹配和有错配两种情况 下，根据杂交复合体稳定性的不同而将 SNPs 位点检测出来。 （差异越大，检 测的特异性就越好）
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1）利用△Tm
固定温度 等位基因特异核苷酸探针 (Allele-specific oligonucleotide ，ASO) 。 修饰过的探针：引入一个错配的碱基、 PNA、 LNAs 等 动态的加热过程 ——动态等位基因特异 杂交 (dynamic allele-specific hybridization, DASH)
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2）杂交+荧光共振
分子信标（双分子间杂交） 蝎状探针（分子内杂交）
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分子信标（Molecular beacons）
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蝎状探针 （Scorpion primer）
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2.基于酶的方法
1）DNA聚合酶 2）连接酶 3）限制性内切酶 4）外切酶FEN 5）RNase H
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1）DNA聚合酶
3
2.基因多态性研究 研究SNPs本身对机体的影响（生理特征、 病理条件下的千差万别）
4
SNPs研究进展和方向
1. SNPs数据库的构建发现 2. SNPs功能的研究（在1的基础上）
5
SNPs检测方法
1.理想的检测SNPs的方法
——发现未知的SNPs，或检测已知的SNPs
(1) 灵敏度和准确度的要求（反应原理严紧） (2) 快速、简便、高通量 (操作和分析的自动化程度高） (3) 费用相对低廉
6
2.现状： 到现在还没有一个符合以上条件的理想方 法出现,但根据实际情况,可以选择出较合 适方法。
7
3.每种SNPs的检测方法都可将之看成由 区分SNPs特异位点的原理方法 和 数据的检测分析手段 两部分组成。
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SNPs检测方法的分类
一、区分SNPs 位点的 方法 1.基于杂交的方法 2.基于酶的方法 3.以构象为基础的方法 4.直接测序的方法 二、检测分析技术 1.凝胶分析技术 2.荧光检测技术 3. DNA 芯片 4.质谱检测技术
等位基因特异性PCR 多重等位基因特异性PCR Taqman法 引物延伸法 焦磷酸测序法
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等位基因特异性PCR
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Taqman 法
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微测序法/引物延伸法
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基本步骤（液相）
1.设计PCR扩增含SNPs位点的一段DNA 2.对PCR产物进行纯化（去除引物和dNTP) 3.引物延伸 4.延伸产物检测（ 放射性同位素标记法、 发光检测法、凝胶为基础的荧光检测法、 质谱分析法、变性高压液相色谱法等）
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基本步骤
1.测序引物和DNA模板杂交（PCR扩增的、单链的），与 酶和底物孵育。 2.四种dNTP（dATPS，dTTP，dCTP，dGTP）之一被加 入反应体系，如与模板配对，与引物的末端形成共价 键，dNTP的焦磷酸基团（PPi）释放出来。 3.一系列的酶学反应，发出可见光信号。每个光信号的峰 高与反应中掺入的核苷酸数目成正比。 4. ATP和未掺入的dNTP由三磷酸腺苷双磷酸酶降解，淬 灭光信号，并再生反应体系。 5.然后加入下一种dNTP。
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LNA(locked nucleic acids)
其结构是在RNA分子的2′ 羟基和核糖环的4′碳原 子间连入一个亚甲基的 “桥”。 特点： 1.能以很高的亲和性和互 补的DNA、RNA 或LNA 结合（构象更利于杂交 的稳定） 2.匹配和不匹配的△Tm增 加
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DASH
(dynamic allele-specific hybridization）
SNPs的检测方法
2007.4.12
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SNPs的定义
定义：单核苷酸多态性 ( single nucleotide polymorphisms ,SNPs) 主要是指在基因 组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA序列多态性。 (99.9%)
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SNPs的研究意义
1. SNPs作为第三代遗传标记（已知性、可 遗传性、可检测性），用于疾病基因的 定位、克隆和鉴定。___路标的作用 传统研究策略（表征、蛋白、基因） 逆向遗传学（表型、基因、蛋白），
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APEX (arrayed primer extension)——固相
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焦磷酸测序法 (Pyrosequencing )
DNA 聚合酶、ATP 硫酸化酶(ATP sulfurylase) 、 荧光素酶(luciferase) 和三磷酸腺苷双磷酸酶 ( apyrase) 。 原理：DNA 聚合酶在一种dNTP的存在下进 行引物延伸反应,而引物的成功延伸将伴随 焦磷酸的释放,焦磷酸在荧光素酶的存在下 能引一种发化学发光反应,通过发光计的实 时监测来达到检测的目的。
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核酸肽探针 （Peptide nucleic acids，PNA)
其骨架是肽键 特点： 1、与靶分子高特异性地结 合（3个方面的影响） 2、链挤入 （形成三链复合 结构）（表达调控以及 反义治疗方面） 3、对核酸酶和蛋白合
Tm值高 受盐浓度影响小（低盐浓度的体系） △Tm更大（一个PNA碱基的错配会使其 Tm值降低8-20度） 所以，PNA/DNA的非特异结合能得到很好 的排除。
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2)连接酶
联合链式反应 (combined chain reaction , CCR) 连接-滚环扩增反应 (ligation-rolling circle amplication , LRCA)
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