水稻OsSsr1基因的生物信息学分析_亚细胞定位及其表达模式

江苏农业学报（Jiangsu J．of Agr．Sci．），2012，28（4）：697 702常闪闪，肖姗姗，张磊，等．水稻OsSsr1基因的生物信息学分析、亚细胞定位及其表达模式［

J ］．江苏农业学报，2012，28（4）：697-702．

水稻OsSsr1基因的生物信息学分析、亚细胞定位及其

表达模式

常闪闪，肖姗姗，张

磊，李文奇，刘凤权，邵

敏

（南京农业大学植物保护学院，农作物生物灾害综合治理教育部重点实验室，江苏南京210095）

收稿日期：2012-05-03基金项目：国家“863”项目（2008AA10Z108、

2007AA10Z188）；国家转基因生物新品种培育项目（2009ZX08001-005B ）作者简介：常闪闪（1986-），女，河南许昌人，硕士研究生，研究方向为

分子和生理植物病理学。（E-mail ）2009102043@njau．edu．cn

通讯作者：邵

敏，

（E-mail ）minshao@njau．edu．cn 摘要：

为了探明盐敏感相关基因［OsSsr1（Oryza sativa L．salt -

sensitive related gene 1，GenBank 登录号为NM_001065574）］的亚细胞定位及在水稻不同组织和各种逆境胁迫下的表达模式，通过生物信息学手段、洋葱表皮亚细胞定位、RiceXPro 数据库和Real-time PCR 对其进行研究。序列分析表明OsSsr1的开放阅读框为2004bp ，编码一个由667个氨基酸组成并含有5个跨膜区的蛋白质，该蛋白质N 端含有一个信号肽；其启动子序列包含TGACG-motif 、ABRE 、TCA-element 和W box 等多个与逆境相关的顺式作用元件。GFP 融合表达显示，OsSSR1蛋白质定位于细胞膜。RiceXPro 数据库中数据分析表明，OsSsr1基因在水稻不同发育期的不同组织中均有表达，在叶中的表达量最高，胚中的表达量最低。Real-time PCR 结果表明，OsSsr1表达水平受干旱、高温、高盐、低温、机械伤害、稻瘟病菌、

MeJA 和ABA 的诱导上调。这些结果显示，OsSsr1基因可能在水稻胁迫反应中发挥重要作用。关键词：

水稻；OsSsr1；启动子；亚细胞定位；表达分析

中图分类号：

S511．035．3

文献标识码：

A

文章编号：

1000-4440（2012）04-0697-06

Bioinformatic analysis ，subcellular localization and expression pattern of OsSsr1gene in rice

CHANG Shan-shan ，XIAO Shan-shan ，ZHANG Lei ，LI Wen-qi ，LIU Feng-quan ，SHAO Min

（College of Plant Protection ，Nanjing Agricultural University ，Key Laboratory of Integrated Management of Crop Diseases and Pests ，Ministry of Education ，Nanjing 210095，China ）

Abstract ：To analyze the subcellular localization and expression pattern of rice salt-sensitive gene ［OsSsr1gene

（Oryza sativa L．salt-sensitive related gene 1，GenBank accession ：NM_001065574）］in different tissues and various envi-ronmental stimulus ，bioinformatics methods ，subcellular localization ，RiceXPro database and Real-time PCR were used to study this gene．The sequence analysis showed that OsSsr1consisted of an ORF with a length of 2004bp ，encoded a 667amino acids protein containing five transmembrane regions ，and also contained a signal peptide in the N-terminal domain．The promoter sequence contained several stress-related cis-acting elements ，such as TGACG-motif ，ABRE ，TCA-element ，and W box．The expression of OsSSR1-GFP fusion protein suggested that OsSSR1protein mostly appeared in cell mem-brane．The analysis of expression data in RiceXPro

database revealed that OsSsr1was expressed in different tissues at each development stage of rice ，the highest ex-pression in leaf ，the lowest in embryo．The real-time PCR analysis indicated that OsSsr1was up-regulated by kinds of environmental stimulus ，including drought ，high tempera-ture ，high salt ，low temperature ，wound ，Magnaporthe grisea ，MeJA and ABA．These findings indicated that

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