临床微生物检验技术进展.ppt
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MALDI-TOF MS对葡萄球菌（Staphylococci ）、β-溶血性链球菌(b-hemolytic streptococci、气球菌(Aerococci和肠球菌 (Enterococci)的整体鉴定性能都是极佳的。而 对一些α-溶血性链球菌(a-hemolytic streptococci)有困难。
the Andromas SAS (Paris, France).
The former two instruments are available in the USA and received clearance from the Food and Drug Administration (FDA) for certain groups of microorganisms.
（4）在厌氧菌应用
MALDI-TOF MS技术可用于鉴定许多临床相 关的厌氧菌。
Jamal等报道使用布鲁克v3.3和生物梅里埃v1 系统/v1.1数据库对274株常规分离厌氧菌（多
属于Bacteroides fragilis）的鉴定准确率分别
为89%和100%。
（5）在酵母菌应用
MALDI-TOF MS可以鉴定酵母菌，且性能优于一些 传统的表型鉴定系统。它可以鉴别都柏林假丝酵母菌
（1）在需氧/兼性厌氧的革兰阳性杆菌应用
棒杆菌属菌可准确鉴定。
MALDITOF MS可以鉴定分枝杆菌，这种检测 需要特殊处理以杀灭待测菌（出于安全等考 虑）、打散细胞聚集团块以及裂解细胞外壁 （envelopes）等。MALDITOF MS应该能够 鉴定大多数临床相关的分枝杆菌菌种。
（2）在需氧/兼性厌氧的革兰阳性球菌应用
带补充数据库时可以鉴别新生隐球菌（
C.neoformans）和格特隐球菌（C.gattii）。
（6）在丝状真菌应用
丝状真菌的表型易变，其蛋白质谱可随生长条件及 分析菌丝区域的不同而变化，目前的商业数据库少 有涉及这些菌。De Carolis等人使用布鲁克Biotyper
系统开发了曲霉菌（Aspergillus species）、镰刀菌 （Fusarium species）和毛霉菌（Mucorales）的数据
布鲁克系统可能难以区分缓症链球菌(S. mitis)、口腔 链球菌(S. oralis)与肺炎链球菌(S. pneumoniae) ；而
VITEK MS系统则可以克服这一局限。尽管MALDITOF MS在种群水平上能够可靠地鉴别草绿色链球菌
(viridans group streptococci)，但它可能无法区分一 些密切相关的种。其它链球菌，如乳链球菌(S. canis) 、停乳链球菌停乳亚种(S.dysgalactiae)、化脓性链球 菌(S. pyogenes)和S.infantarius、马肠链球菌(S. equinus)和S.lutetiensis等，彼此可能无法很好地区分
库，并用于94株菌的鉴定，其种水平的正确率高达 97% 。 Iriart等人利用VITEK MS v1系统/v1.1数据库 和直接上板测试操作，成功鉴定了44株曲霉菌中的 82%的菌（包括数据库中存在的所有菌株）。
（7）临床标本的直接检测 血液感染 尿液感染
2、细菌、病毒及其它病原体基因型快速诊断
(C. dubliniensis)和白假丝酵母菌(C.albicans)；皱折假 丝酵母菌(C.rugosa)和近邹褶假丝酵母菌 (C.pararugosa)；挪威假丝酵母菌(C.norvegensis)、 克柔假丝酵母菌(C.krusei)和平常假丝酵母菌（ C.inconspicua、）；近平滑假丝酵母菌 (C.parapsilosis)、 C.orthopsilosis 和C.metapsilosis；
Shigella and E. coli are so closely related that Shigella
is not identified by MALDI-TOF MS. To differentiate, colonies should be examined for lactose fermentation,motility and a spot indole. If positive
an identification of E. coli is appropriate. If negative for these tests, Shigella should be suspected and an agglutination with Shigella antisera performed.
（一）细菌与真菌的快速诊断 1、质谱技术 传统的形态学检测技术 经典的利用酶学的生化反应技术
生化反应 编码技术 碳指纹技术 质谱技术（MALDI-TOF MS）
Bruker Daltonik,microflex Biotyper (Billerica, MA, USA)
bioMerieux Vitek MS (Durham, NC, USA)
（1）DNA靶向ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ序
对于纯培养的微生物可以进行DNA序列的靶 向测序。靶基因的保守区往往是PCR引物和 DNA测序引物退火结合的区域。可变区具有 独特的核苷酸序列，从而实现基于测序的特 定菌株属和种的鉴定。鉴定细菌最常用的靶 序列是16S rRNA基因（16S rDNA）。
开来。
（3）在需氧/兼性厌氧的革兰阴性杆菌应用 阴沟肠杆菌复合体 植生拉乌尔菌、解鸟氨酸拉乌尔菌 巴策尔弓形杆菌 弯曲杆菌种 小肠结肠炎耶尔森菌 二氧化碳嗜纤维菌 洋葱伯克霍尔德菌 气单胞菌 HACEK菌群
沙门菌属内鉴定通常是不可行的，但是它可区分
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi和 其它S. enterica serovars。
一、临床微生物病原体的快速诊断
虽然对“快速”的时间长短没有正式的定义 ，但是大多数人期望快速的系统能在4h内提 供可用的结果。通常微生物的繁殖时间（通 常是30min或更长时间）不允许那些依赖微 生物生长与否的检测方法，在短时间内产生 可检测的生化反应。为了克服这一问题，必 然使用全新的底物，检测待测菌产生的酶或 蛋白质，从而在1～4h内检测出应答反应。
the Andromas SAS (Paris, France).
The former two instruments are available in the USA and received clearance from the Food and Drug Administration (FDA) for certain groups of microorganisms.
（4）在厌氧菌应用
MALDI-TOF MS技术可用于鉴定许多临床相 关的厌氧菌。
Jamal等报道使用布鲁克v3.3和生物梅里埃v1 系统/v1.1数据库对274株常规分离厌氧菌（多
属于Bacteroides fragilis）的鉴定准确率分别
为89%和100%。
（5）在酵母菌应用
MALDI-TOF MS可以鉴定酵母菌，且性能优于一些 传统的表型鉴定系统。它可以鉴别都柏林假丝酵母菌
（1）在需氧/兼性厌氧的革兰阳性杆菌应用
棒杆菌属菌可准确鉴定。
MALDITOF MS可以鉴定分枝杆菌，这种检测 需要特殊处理以杀灭待测菌（出于安全等考 虑）、打散细胞聚集团块以及裂解细胞外壁 （envelopes）等。MALDITOF MS应该能够 鉴定大多数临床相关的分枝杆菌菌种。
（2）在需氧/兼性厌氧的革兰阳性球菌应用
带补充数据库时可以鉴别新生隐球菌（
C.neoformans）和格特隐球菌（C.gattii）。
（6）在丝状真菌应用
丝状真菌的表型易变，其蛋白质谱可随生长条件及 分析菌丝区域的不同而变化，目前的商业数据库少 有涉及这些菌。De Carolis等人使用布鲁克Biotyper
系统开发了曲霉菌（Aspergillus species）、镰刀菌 （Fusarium species）和毛霉菌（Mucorales）的数据
布鲁克系统可能难以区分缓症链球菌(S. mitis)、口腔 链球菌(S. oralis)与肺炎链球菌(S. pneumoniae) ；而
VITEK MS系统则可以克服这一局限。尽管MALDITOF MS在种群水平上能够可靠地鉴别草绿色链球菌
(viridans group streptococci)，但它可能无法区分一 些密切相关的种。其它链球菌，如乳链球菌(S. canis) 、停乳链球菌停乳亚种(S.dysgalactiae)、化脓性链球 菌(S. pyogenes)和S.infantarius、马肠链球菌(S. equinus)和S.lutetiensis等，彼此可能无法很好地区分
库，并用于94株菌的鉴定，其种水平的正确率高达 97% 。 Iriart等人利用VITEK MS v1系统/v1.1数据库 和直接上板测试操作，成功鉴定了44株曲霉菌中的 82%的菌（包括数据库中存在的所有菌株）。
（7）临床标本的直接检测 血液感染 尿液感染
2、细菌、病毒及其它病原体基因型快速诊断
(C. dubliniensis)和白假丝酵母菌(C.albicans)；皱折假 丝酵母菌(C.rugosa)和近邹褶假丝酵母菌 (C.pararugosa)；挪威假丝酵母菌(C.norvegensis)、 克柔假丝酵母菌(C.krusei)和平常假丝酵母菌（ C.inconspicua、）；近平滑假丝酵母菌 (C.parapsilosis)、 C.orthopsilosis 和C.metapsilosis；
Shigella and E. coli are so closely related that Shigella
is not identified by MALDI-TOF MS. To differentiate, colonies should be examined for lactose fermentation,motility and a spot indole. If positive
an identification of E. coli is appropriate. If negative for these tests, Shigella should be suspected and an agglutination with Shigella antisera performed.
（一）细菌与真菌的快速诊断 1、质谱技术 传统的形态学检测技术 经典的利用酶学的生化反应技术
生化反应 编码技术 碳指纹技术 质谱技术（MALDI-TOF MS）
Bruker Daltonik,microflex Biotyper (Billerica, MA, USA)
bioMerieux Vitek MS (Durham, NC, USA)
（1）DNA靶向ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ序
对于纯培养的微生物可以进行DNA序列的靶 向测序。靶基因的保守区往往是PCR引物和 DNA测序引物退火结合的区域。可变区具有 独特的核苷酸序列，从而实现基于测序的特 定菌株属和种的鉴定。鉴定细菌最常用的靶 序列是16S rRNA基因（16S rDNA）。
开来。
（3）在需氧/兼性厌氧的革兰阴性杆菌应用 阴沟肠杆菌复合体 植生拉乌尔菌、解鸟氨酸拉乌尔菌 巴策尔弓形杆菌 弯曲杆菌种 小肠结肠炎耶尔森菌 二氧化碳嗜纤维菌 洋葱伯克霍尔德菌 气单胞菌 HACEK菌群
沙门菌属内鉴定通常是不可行的，但是它可区分
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi和 其它S. enterica serovars。
一、临床微生物病原体的快速诊断
虽然对“快速”的时间长短没有正式的定义 ，但是大多数人期望快速的系统能在4h内提 供可用的结果。通常微生物的繁殖时间（通 常是30min或更长时间）不允许那些依赖微 生物生长与否的检测方法，在短时间内产生 可检测的生化反应。为了克服这一问题，必 然使用全新的底物，检测待测菌产生的酶或 蛋白质，从而在1～4h内检测出应答反应。