TaxonGap操作说明

种内种间序列差异 输出的最终结果，在PDf文件中
如何修改“环境变量”
• Windows XP • 开始 -> 控制面板 -> 系统 -> 高级 • 单击“环境变量”，然后在“系统变量”下找 到 PATH 并单击。 • 在“编辑”窗口中，通过将类的位置添加 到 PATH 的值来修改 PATH。如果没有项 PATH，可 以选择添加新变量，然后添加 PATH 作为名称，添 加类位置作为值。PATH路径间用分号”;”分开。 • 关闭窗口。 • 再次打开命令提示符窗口，然后运行 Java 代码。
种内种间序列差异－TaxonGap 去掉“√”
种内种间序列差异－TaxonGap
Taxon File：导入参试种的.txt文件 Output File：设置输出路径和输出文件名
种内种间序列差异－TaxonGap
Add：增加BioMarker的信息
Name：输入基因的名称
File similiarty table：
重要提示
• 运行Taxongap软件前必须正确安装对应版本的以 下三个软件。 • 1.Java操作环境http://www.java.com/zh_CN/ • 2. GSview software • http://pages.cs.wisc.edu/~ghost/gsview/ • 3. Ghostscript software • http://pages.cs.wisc.edu/~ghost/ • 详见“TaxonGap_Tutorial.pdf”文件中“3.1 Software dependencies”。若不正确安装以上3个 软件或者“环境变量”没有修改，Taxongap软件 不能运行或不生成PDF文件。
BioEdit－序列比对
File—open。可以输入多种格式的文件，如.fas,.aln,.bio,.txt等
Accessory Application
ClustalW Multiple alignment 弹出下面对画框
点击该键进行多重比对
种内种间序列差异－ MegAlign
DNASTAR 的MegAlign软件
load对应基因的txt格式的 下三角矩阵文件。（见第9 张PPT）
然后点Run—Execute,程序运行，即可输 出结果。
设置以下参数，输出合适的大小、布局的结果
页面高度 页面宽度 左空白，左端 右空白，左端 上边距 下边距 生物标记位移 比例尺字体大小 Fra Baidu bibliotek例尺字体大小 刻度线宽度
列表高度 列表宽度 分类单元标签字体大小 分类单元标签位移 分类类单元文本宽度
分析软件
TaxonGap
• BioEdit
• DNASTAR • JAVA (TaxonGap运行环境) • GSview (查看结果) • Ghostscript (输出PDF结果)
种内种间序列差异－TaxonGap
Taxon BioMarker
灰色柱和黑色柱分别标示种内和种间差异，黑色细线标示最小 种间差异，左侧的名称表示参试种，黑色柱右侧的名称表示亲 缘关系最近和种，灰色柱表示参试种的种内差异。
种内种间序列差异－ MegAlign
种内种间序列差异－Excel 处理数据
粘贴到新建的Excel标格中
粘贴—选择性粘贴—转置—选出下三角数据（见下页）
种内种间序列差异－相似性矩阵
把上页中***替换为100
复制，粘贴到.txt文件中
种内种间序列差异－Taxon file
参试种名称清单，Taxon file.txt（参试种数量应与参生矩阵种的数据相同）