核磁处理软件使用说明
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核磁处理软件
Mestre-C WINNMR
核磁数据处理软件
有:NUTS、MestRe-C、Gifa等; NUTS可以处理一维及二维核磁数据,其功 能包括付立叶变换、相位校正、差谱、模 拟谱、匀场练习等几乎所有核磁仪器操作 软件的功能;其演示版在 下载
MestRe-C为处理一维二维核磁数据的免费软件,功 能完善。其最新版本为2.3,有兴趣可在 c.es/jsgroup/MestRe-C/MestReC.html处查看有关信息即下载;或所内网站上下 载; Gifa可以处理一至三维核磁数据,为运行在LINUX 操作系统中X-Window上的免费软件,有关信息可 查看http://www.cbs.univ-montp1.fr/GIFA
鼠标
照上述操作打开dept/preview/调整图谱放在中间,删除参数,双击取 消axis、fram ,选定star、stop固定化学位移/ok/在file/open metafile/确定 调整dept/save metafile/确定/yes
*2/2调整谱峰度 选中取消 拉大、缩小边框
照上述操作打开dept135/preview重复上述操作 /open metafile/确定 调整13C/print or copy到
单击TMS按钮,鼠标指针变为十字型
在标准峰上单击鼠标
在弹出的对话框中输入化学位移值
积分
点击积分按钮,使用鼠标进行积分 可使用自动积分 积分值可以到出到文件
点击积分按钮,按住鼠标左键拉动进行积分
用鼠标双击某一积分面积跳出对话框把它定 为1对积分面积进行调整,后copy到word
鼠标拉倒边框处,点右键对边框进行调整
对于2d(hsqc、roesy)需要点击左上角+/-对正负 面选择恰当的一面进行处理。下图为点击+/-前
处理前图谱不理想,处理后较好图谱, 下图为点击+/-后
打印设置
要把打印output/printer set up/set up/布局/横
向/确定/ok (一此设置好后即可)或者在
preview里面output/printer set up/set up/布局/
网络版WINNMR软件
此软件对1D谱放大及DEPT画图较好。 找出变换好的图谱路径如下: File\open\文件所存盘\文件名\样品编号\1D 为1r,2D为 2rr点开 1D点击Peak Picking按钮,使用鼠标在谱 图中进行标记 添加图谱参数output/acpu从里面选择所需参 数/show select/ok
调整图谱
点击左边preview
鼠标左键选中图谱,向左拉动右边边框,再用鼠 标左键选中参数栏,将其拖到图谱右边。 鼠标左键选中图谱,向上下、左右拉动边框,用 鼠标点击*2/2调整图谱峰高。
打印: 点击preview/yes 选中参数把参数拖到适当位置print
or edit/copy到word,点击界面左上角nmr zoom 进行放大
fid文件,是一个递减的波形文件
2. 进行傅立叶变换,设置参数,最重要的是 set functions中的第一个参数(窗函数) 3. 调整相位 4. 基线校正 5. 积分,定标,标记化学位移等
谱图处理-设置窗函数
单击ft按钮,在对话框中点击set function(s)
在打开的对话框中,修改exponentia的值
谱图显示
可使用工具按钮上有关谱图显示的按钮进 行谱图放大,缩小等操作
Mestre-C有关参数的设置
窗口背景,options-》seting 谱图参数,options-》properties
2D 处理
找出变换好的图谱路径如下: File\open\文件所存盘\文件名\样品编号 \pdata\文件类型(所有文件all files)\ 文件名1D为 1r,2D为 2rr
2D处理
找出变换好的图谱路径如下: File\open\文件所存盘\文件名\样品编号\2rr 粘贴1r图谱路径如下: Utilities/f1-axis ext/ 文件所存盘/文件名/样 品编号/pdata处理编号/文件类型(all files)/1r/accept Utilities/f2-axis ext/ 文件所存盘/文件名/样 品编号/pdata处理编号/文件类型(all files)/1r/accept
File\open\文件所存盘\文件名\碳谱编号\1r
analysis/peak picking/pc/ok/mouse pp框出所需的峰/
点击preview双击鼠标左键跳出对话框把xstar和xstop化学 位移固定
固定谱宽化学位移
鼠标左键选中图谱,向左拉动右边边框,再用鼠标左键选中参 数栏,将其拖到图谱右边。鼠标左键选中图谱,向下拉动上边边 框,缩小到页面1/3处,用鼠标点击*2/2调整图谱峰高。
基线校正
点击工具按钮上基线校正按钮,在菜单中 选择full auto即可
核磁画图
可以不做以上操作直接进入图谱按以下操作 进行图谱处理。
1D处理
标记峰
定标
积分
谱图显示 2D处理
标记峰
找出变换好的图谱路径如下:
File\open\文件所存盘\文件名\样品编号 \pdata\文件类型(所有文件all files)\文件 名1D为 1r,2D为 2rr
核磁数据的目录结构
Bruker仪器:
文件名\编号\,原始数据存储在这个文件夹中
File\open\文件所存盘\文件名\样品编号\pdata\处
理编号\文件类型(all files)\文件名1D为 1r,2D为 2rr ,处理过的数据存储在这个文件夹中
一维数据处理的步骤
1. 打开原始数据文件
1D点击Peak Picking按钮,使用鼠标在谱 图中进行标记
点击Peak Picking按钮,使用鼠标选中(框住) 在谱图中进行标记
化学位移保留小数点后3-5位: options/properties/peak pick/decimal
定标
如果化学位移出现偏差,可使用工具条上标
有TMS的按钮进行定标:
2D粘贴1D:从上面图标上点击setup 1D Traces 再从跳出的 对话框中点击lead from disk选择1D查找范围,样品所在, 样品名,图谱编号pdat/1r双击。
调整1d:如图按左边对话进行调整。
2D校正:advance/ shift spectrum vector/ points to 增减。 添加方框线:options/ setting/ gride. 选为黑色
画图:选择从上面图标上点击红色方框,再从跳出的对话 框中点击红色方框图旁边的第二个圆圈图。
2D去边框: 粘贴好1D后,选中1D上边(或左边),点击鼠标右键 /properties/set/none/ok/apply/ok
NOESY, QC需要照以下路径操作:
界面左边lev/negative 调为0(+/-)
缺省是0.5Hz,相位校正
可选择自动相位校正 如果效果不好,可使用手动校正
点击手动相位校正按钮 在对话框中点击biggest按钮 在对话框中间部分按住鼠标左键,调整最高峰附 近的峰的相位 在对话框中间部分按住鼠标右键,调整远离最高 峰的其他峰的相位 调到峰行对称
核磁处理软件
WINNMR
网络版WINNMR软件
从ftp上下载该软件 在安装界面中选择安装: WINNMR 1D:1D Post processing WINNMR 2D:2D Post processing WIBu key 2.52asoftware protection 安装完后在c:\windows\d2nmr.init中加入 [settings] Network=1 Nethasp=1
标记峰
图谱路径如下analysis/peapking/pc/ok;点击*2/2对图谱调整 添加图谱参数output/acpu从里面选择所需参数。
标峰、校准及积分路径如下:
analysis/peak picking/pc/ok/mouse pp框出所 需的峰/return analysis/Calibration/calibraic/return analysis/integration/点击积分按钮,使用鼠 标左键右键把光标放到最小的峰上进行积 分//return/yes 打印output/printer set up/set up/布局/横向/确 定/ok (此设置好后即可)
2D去边框:
粘贴好1D后,选中1D上边(或左边), 点击鼠标右键 /properties/set/none/ok/apply/ok
C 和DEPT
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 依次打开C和 DEPT; 将C谱取峰,校正,确定C谱范围; 将DEPT打开,并确定成与C谱相同范围 将C谱复制edit/copy spectrum 在打开的DEPT中将复制的C谱粘贴 在工具栏stack 随后通过工具栏“左右居”中将两张谱对齐 以下操作类推即可,此时需用edit/select all spectrum 工具选择所用图谱,然后再copy
C 和DEPT
按照氢谱做法打开碳谱,进行校准标峰后点击 preview双击鼠标左键跳出对话框把xstar和Xstop 化学位移固定,把颜色改为黑色点击ok,再 file/save metafile/确定/yes储存,return。
照上述操作打开dept/preview/调整图谱放在中间, 删除参数,双击取消axis、fram ,选定star、 stop/ok/在file/open metafile/确定 调整13C/save metafile/确定/yes
核磁处理软件
Mestre-C
软件安装
从ftp上下载软件,安装完毕后,将crack软 件解压缩后将其拷贝到安装程序所在文件 夹,覆盖原文件即可
获取核磁数据
软件本身带有一个ftp客户端软件 可以从网络下载数据
打开已经下载的数据
软件可以自动识别核磁数据的格式(不同 仪器产生的数据格式不同) 对于所有的仪器,原始的核磁数据文件名 为fid 对于bruker仪器产生的数据,因其可以保存 处理好的数据,可由Mestre-C软件直接打 开,文件名1D为 1r,2D为 2rr
可以拉大边框对图谱大小调整,拉后要选中上 边和左边的1d调整,点击右面automatic factor改为2 调整画面。
放大图谱只要用鼠标框中2d在点击鼠标左右键,然后分别 用鼠标点击上边和左边的1d调整,通过点击一边把一边变为 灰色,另一边变为蓝色进行调整(灰色不变,蓝色变)。
打印要把右面colors设置为黑色
横向/ok (一此设置好后即可)
要点击colors/monochrom变为黑色
Mestre-C软件对2D图谱处理较为方便。
网络版WINNMR软件对1D图谱处理较为方便,
特别适用DEPT图谱的处理,该软件只
能在所内区域网上使用。
Mestre-C WINNMR
核磁数据处理软件
有:NUTS、MestRe-C、Gifa等; NUTS可以处理一维及二维核磁数据,其功 能包括付立叶变换、相位校正、差谱、模 拟谱、匀场练习等几乎所有核磁仪器操作 软件的功能;其演示版在 下载
MestRe-C为处理一维二维核磁数据的免费软件,功 能完善。其最新版本为2.3,有兴趣可在 c.es/jsgroup/MestRe-C/MestReC.html处查看有关信息即下载;或所内网站上下 载; Gifa可以处理一至三维核磁数据,为运行在LINUX 操作系统中X-Window上的免费软件,有关信息可 查看http://www.cbs.univ-montp1.fr/GIFA
鼠标
照上述操作打开dept/preview/调整图谱放在中间,删除参数,双击取 消axis、fram ,选定star、stop固定化学位移/ok/在file/open metafile/确定 调整dept/save metafile/确定/yes
*2/2调整谱峰度 选中取消 拉大、缩小边框
照上述操作打开dept135/preview重复上述操作 /open metafile/确定 调整13C/print or copy到
单击TMS按钮,鼠标指针变为十字型
在标准峰上单击鼠标
在弹出的对话框中输入化学位移值
积分
点击积分按钮,使用鼠标进行积分 可使用自动积分 积分值可以到出到文件
点击积分按钮,按住鼠标左键拉动进行积分
用鼠标双击某一积分面积跳出对话框把它定 为1对积分面积进行调整,后copy到word
鼠标拉倒边框处,点右键对边框进行调整
对于2d(hsqc、roesy)需要点击左上角+/-对正负 面选择恰当的一面进行处理。下图为点击+/-前
处理前图谱不理想,处理后较好图谱, 下图为点击+/-后
打印设置
要把打印output/printer set up/set up/布局/横
向/确定/ok (一此设置好后即可)或者在
preview里面output/printer set up/set up/布局/
网络版WINNMR软件
此软件对1D谱放大及DEPT画图较好。 找出变换好的图谱路径如下: File\open\文件所存盘\文件名\样品编号\1D 为1r,2D为 2rr点开 1D点击Peak Picking按钮,使用鼠标在谱 图中进行标记 添加图谱参数output/acpu从里面选择所需参 数/show select/ok
调整图谱
点击左边preview
鼠标左键选中图谱,向左拉动右边边框,再用鼠 标左键选中参数栏,将其拖到图谱右边。 鼠标左键选中图谱,向上下、左右拉动边框,用 鼠标点击*2/2调整图谱峰高。
打印: 点击preview/yes 选中参数把参数拖到适当位置print
or edit/copy到word,点击界面左上角nmr zoom 进行放大
fid文件,是一个递减的波形文件
2. 进行傅立叶变换,设置参数,最重要的是 set functions中的第一个参数(窗函数) 3. 调整相位 4. 基线校正 5. 积分,定标,标记化学位移等
谱图处理-设置窗函数
单击ft按钮,在对话框中点击set function(s)
在打开的对话框中,修改exponentia的值
谱图显示
可使用工具按钮上有关谱图显示的按钮进 行谱图放大,缩小等操作
Mestre-C有关参数的设置
窗口背景,options-》seting 谱图参数,options-》properties
2D 处理
找出变换好的图谱路径如下: File\open\文件所存盘\文件名\样品编号 \pdata\文件类型(所有文件all files)\ 文件名1D为 1r,2D为 2rr
2D处理
找出变换好的图谱路径如下: File\open\文件所存盘\文件名\样品编号\2rr 粘贴1r图谱路径如下: Utilities/f1-axis ext/ 文件所存盘/文件名/样 品编号/pdata处理编号/文件类型(all files)/1r/accept Utilities/f2-axis ext/ 文件所存盘/文件名/样 品编号/pdata处理编号/文件类型(all files)/1r/accept
File\open\文件所存盘\文件名\碳谱编号\1r
analysis/peak picking/pc/ok/mouse pp框出所需的峰/
点击preview双击鼠标左键跳出对话框把xstar和xstop化学 位移固定
固定谱宽化学位移
鼠标左键选中图谱,向左拉动右边边框,再用鼠标左键选中参 数栏,将其拖到图谱右边。鼠标左键选中图谱,向下拉动上边边 框,缩小到页面1/3处,用鼠标点击*2/2调整图谱峰高。
基线校正
点击工具按钮上基线校正按钮,在菜单中 选择full auto即可
核磁画图
可以不做以上操作直接进入图谱按以下操作 进行图谱处理。
1D处理
标记峰
定标
积分
谱图显示 2D处理
标记峰
找出变换好的图谱路径如下:
File\open\文件所存盘\文件名\样品编号 \pdata\文件类型(所有文件all files)\文件 名1D为 1r,2D为 2rr
核磁数据的目录结构
Bruker仪器:
文件名\编号\,原始数据存储在这个文件夹中
File\open\文件所存盘\文件名\样品编号\pdata\处
理编号\文件类型(all files)\文件名1D为 1r,2D为 2rr ,处理过的数据存储在这个文件夹中
一维数据处理的步骤
1. 打开原始数据文件
1D点击Peak Picking按钮,使用鼠标在谱 图中进行标记
点击Peak Picking按钮,使用鼠标选中(框住) 在谱图中进行标记
化学位移保留小数点后3-5位: options/properties/peak pick/decimal
定标
如果化学位移出现偏差,可使用工具条上标
有TMS的按钮进行定标:
2D粘贴1D:从上面图标上点击setup 1D Traces 再从跳出的 对话框中点击lead from disk选择1D查找范围,样品所在, 样品名,图谱编号pdat/1r双击。
调整1d:如图按左边对话进行调整。
2D校正:advance/ shift spectrum vector/ points to 增减。 添加方框线:options/ setting/ gride. 选为黑色
画图:选择从上面图标上点击红色方框,再从跳出的对话 框中点击红色方框图旁边的第二个圆圈图。
2D去边框: 粘贴好1D后,选中1D上边(或左边),点击鼠标右键 /properties/set/none/ok/apply/ok
NOESY, QC需要照以下路径操作:
界面左边lev/negative 调为0(+/-)
缺省是0.5Hz,相位校正
可选择自动相位校正 如果效果不好,可使用手动校正
点击手动相位校正按钮 在对话框中点击biggest按钮 在对话框中间部分按住鼠标左键,调整最高峰附 近的峰的相位 在对话框中间部分按住鼠标右键,调整远离最高 峰的其他峰的相位 调到峰行对称
核磁处理软件
WINNMR
网络版WINNMR软件
从ftp上下载该软件 在安装界面中选择安装: WINNMR 1D:1D Post processing WINNMR 2D:2D Post processing WIBu key 2.52asoftware protection 安装完后在c:\windows\d2nmr.init中加入 [settings] Network=1 Nethasp=1
标记峰
图谱路径如下analysis/peapking/pc/ok;点击*2/2对图谱调整 添加图谱参数output/acpu从里面选择所需参数。
标峰、校准及积分路径如下:
analysis/peak picking/pc/ok/mouse pp框出所 需的峰/return analysis/Calibration/calibraic/return analysis/integration/点击积分按钮,使用鼠 标左键右键把光标放到最小的峰上进行积 分//return/yes 打印output/printer set up/set up/布局/横向/确 定/ok (此设置好后即可)
2D去边框:
粘贴好1D后,选中1D上边(或左边), 点击鼠标右键 /properties/set/none/ok/apply/ok
C 和DEPT
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 依次打开C和 DEPT; 将C谱取峰,校正,确定C谱范围; 将DEPT打开,并确定成与C谱相同范围 将C谱复制edit/copy spectrum 在打开的DEPT中将复制的C谱粘贴 在工具栏stack 随后通过工具栏“左右居”中将两张谱对齐 以下操作类推即可,此时需用edit/select all spectrum 工具选择所用图谱,然后再copy
C 和DEPT
按照氢谱做法打开碳谱,进行校准标峰后点击 preview双击鼠标左键跳出对话框把xstar和Xstop 化学位移固定,把颜色改为黑色点击ok,再 file/save metafile/确定/yes储存,return。
照上述操作打开dept/preview/调整图谱放在中间, 删除参数,双击取消axis、fram ,选定star、 stop/ok/在file/open metafile/确定 调整13C/save metafile/确定/yes
核磁处理软件
Mestre-C
软件安装
从ftp上下载软件,安装完毕后,将crack软 件解压缩后将其拷贝到安装程序所在文件 夹,覆盖原文件即可
获取核磁数据
软件本身带有一个ftp客户端软件 可以从网络下载数据
打开已经下载的数据
软件可以自动识别核磁数据的格式(不同 仪器产生的数据格式不同) 对于所有的仪器,原始的核磁数据文件名 为fid 对于bruker仪器产生的数据,因其可以保存 处理好的数据,可由Mestre-C软件直接打 开,文件名1D为 1r,2D为 2rr
可以拉大边框对图谱大小调整,拉后要选中上 边和左边的1d调整,点击右面automatic factor改为2 调整画面。
放大图谱只要用鼠标框中2d在点击鼠标左右键,然后分别 用鼠标点击上边和左边的1d调整,通过点击一边把一边变为 灰色,另一边变为蓝色进行调整(灰色不变,蓝色变)。
打印要把右面colors设置为黑色
横向/ok (一此设置好后即可)
要点击colors/monochrom变为黑色
Mestre-C软件对2D图谱处理较为方便。
网络版WINNMR软件对1D图谱处理较为方便,
特别适用DEPT图谱的处理,该软件只
能在所内区域网上使用。