第十章微生物分类
第十章微生物分类学
二、微生物分类系统
❖ （二）细菌分类系统 ❖ 1、“伯杰氏细菌鉴定手册” ❖ 第八版开始放弃了从界种的完整的分类体系，将
细菌归属于原核生物界，下分蓝细菌和细菌。将细 菌进一步分成19部分，对蓝细菌未作进一步分类。 ❖ 第九版（新版）内容有较大变动，全书共分四卷， 细菌归属于原核生物界的四个门中：薄壁、厚壁、 柔膜、疵壁菌门。 ❖ 2、“细菌和放线菌的鉴定”前苏联克拉西里尼科 夫 ❖ 3、“细菌分类学”法国普雷沃
第二节 微生物的分类方法
❖ 一、传统分类法
❖ 1、形态特征
❖ 个体形态特征
❖ 群体形态特征： 固体培养基上；
❖
液体培养基中
❖ 2、生理生化特征
❖ 营养类型；
❖ 利用营养物质的能力：能否利用，利用能力大小， 通常检测微生物对碳源和氮源的利用能力；
❖ 代谢产物: 如糖发酵 产酸产气情况;产氨试验 检 测NH3产生情况;硝酸盐还原试验 检测亚硝酸的存 在;吲哚试验 检测吲哚的存在以判断色氨酸酶的存 在;硫化氢试验 检测H2S的产生情况;明胶液化 测 蛋白酶的产生
第三节 微生物分类系统
❖ 一、生物分类系统
❖ 定义：指按亲缘关系分群归类编排成的系统 ❖ 生物界中的分类系统，因不同的人采用的分类方
法、分类依据不同，因而形成的生物分类系统不同， 有将生物界分成： ❖ 二界：植物界、动物界 ❖ 三界：植物界、动物界、原生生物界 ❖ 四界、五界、六界的。 ❖ 六界系统是我国学者提出的：病毒界、原核生物 界、真核原生生物界、真菌界、植物界、动物界。 ❖ 在这六界系统中，微生物属于病毒界、原核生物 界、真核原生生物界和真菌界。
❖ 某些生长条件：生长温度范围 最低、适、高， 嗜冷、热、温;需氧情况 好氧 厌氧 兼性；生长酸 碱度范围
11第十章微生物分类14年
2.《伯杰氏系统细菌学手册》
（Bergey’s Manual of systematic Bocteriology, 1984）
放线菌： 1. 中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表。 2. 克拉西里尼可夫（前苏联）“细菌放线菌分类手册”。 3. 瓦克斯曼（美）“放线菌分类”
18
二、真菌的分类系统
11
菌株（strain)或品系，从自然界分离得到的任何一种
微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用 实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型， 也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。
模式菌株：一个被指定为能代表一个种群的菌株，是
活体标本
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第二节 微生物在自然界的地位
科学家估计有分类纪录的各类物种大约 有150万，其中微生物超过10万种，而且其数 目还在不断增加。微生物学工作者要认识、 研究和利用微生物或控制有害微生物，必须 对它们进行分类（classification）。
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较；
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型； 与氧的关系；
对温度的适应性；
对渗透压的适应性；对pH的适应性； 代谢产物等
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28
微型、简便、快速或自动化鉴定技术
样， 具有既不同其他细菌也不同于其核生物的序列特征，
而它们之间则具有许多共同的序列特征。
三界(域)为：
Bacteria(细菌)、Archaea(古生菌)和Eukarya(真核生物)。
16
17
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
微生物学在线测试答案
微生物学在线测试答案第十章微生物的分类与鉴定选择题（每题1分，共10题，10分）1.Bacillus的译名为：（ D ）正确A.假单胞菌属B. 乳酸杆菌属C. 梭菌属D. 芽孢杆菌属2.下列传统指标中始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据的是（ A ）正确A. 形态学特征B. 生理特征C. 生态学特征D. 免疫特征3.Staphylococcus aureus的译名为：（ A ）正确A. 葡萄球菌属B. 乳酸杆菌属C. 梭菌属D. 芽孢杆菌属4.1978年，下列哪位科学家提出新的生物分类概念，根据16SrRNA的碱基序列将生物清晰地划分为三原界。
（ B ）正确A .ConardB. WoeseC. LeedaleD. Jahn5.Bacillus subtilis AS1.389 是（ C ）正确A. 种名B. 属名C. 菌株名D. 科名6.有关菌株的说法，下列哪项说法不对（ B ）正确A. 菌株强调的是遗传型纯的谱系B. 菌株的名称不可随意确定C. 菌株与克隆相同，为一个物种内遗传多态性的客观反映D. 菌株实际上是某一微生物达到遗传型纯的标志7.根据你所掌握的知识，你认为形态学特征在以下几类微生物中的哪一类分类鉴定中显得更加重要? （ D ）正确A.病毒B.细菌C.酵母菌D.霉菌8.《伯杰氏系统细菌学手册》第二版把葡萄球菌属和微球菌属分别放在不同的门中，最可能的原因是（ D ）正确A.生理生化特征不同B. DNA-DNA杂交同源性不同C.革兰氏染色反应不同D. G+c含量和rRNA序列不同9.细菌的种名也用双名法命名，即种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。
第一个词的首字母要大写，该词是（ B ）正确A. 种名B. 属名C. 人名D. 科名10.细菌的下列哪项特性一般不用作对细菌进行分类鉴定的依据（ C ）错误正确答案：DA.球菌直径B.球菌的分裂及排列C.杆菌的直径D.杆菌的分裂及排列第九章传染与免疫选择题（每题1分，共15题，15分）1.类毒素是（ A ）正确A.外毒素脱毒而来B.内毒素脱毒而来C.类似外毒素毒性的毒素D.类似内毒素毒性的毒素2.下列革兰氏染色结果不是阴性的是（ B ）正确A.支原体B.立克次氏体C.衣原体D.放线菌3.与细菌侵袭力无关的致病因素无关的是（ C ）正确A.透明质酸酶B.荚膜C.磷壁酸D.血浆凝固酶4.细菌内毒素的主要成分为（ B ）正确A.肽聚糖B.脂多糖C.脂蛋白D.核蛋白5.下列物质中，属于抗体的是（ D ）正确A. 外毒素B. 内毒素C. 类毒素D. 抗毒素6.以下微生物具有特殊的发育周期的是（ B ）正确A.支原体B.衣原体C.立克次体D.螺旋体7.与细菌致病性无关的结构是（ C ）正确A. 荚膜B. 菌毛C. 异染颗粒D. 脂多糖8.细菌代谢产物中，与致病性无关的是（ D ）正确A.毒素B.血浆凝固酶C.透明质酸酶D.细菌素9.与细菌侵袭力无关的物质是（ D ）正确A.荚膜B.菌毛C.血浆凝固酶D.芽胞10.具有粘附作用的细菌结构是（ B ）正确A. 鞭毛B. 普通菌毛C. 芽胞D. 性菌毛11.对机体非特异性免疫叙述，错误的是（ C ）正确A.在种系发育和进化过程中形成B.与生具有，人皆有之C.对某种细菌感染针对性强D.对入侵的病原菌最先发挥作用12.有助于细菌在体内扩散的物质是（ C ）正确A 菌毛B 荚膜C透明质酸酶D 血浆凝固酶13.内毒素的中心成分是（ B ）错误正确答案：CA.特异性多糖B.脂多糖C.核心多糖D.内脂A14.带菌者是指（ D ）正确A. 感染后，临床症状明显，并可传染他人者B.病原菌潜伏在体内，不向体外排菌者C.体内带有条件致病菌者D.感染后，临床症状消失，但体内病原菌未被彻底清除，又不断向体外排菌者15.细菌由局部侵入血流，在血中繁殖，产生大量毒性物质，而引起人体中毒，称为（ D ）正确A. 毒血症B. 脓毒血症C. 菌血症D. 败血症第八章微生物生态选择题（每题1分，共25题，25分）1.生长于下列海水水域中的微生物应认为是极端环境微生物的是（ C ）正确A. 近海海水微生物B. 远洋浅层海水微生物C. 远洋深处海水微生物D. 表面海水微生物2.自然界最适合微生物生活的环境是（ A ）正确A.土壤B.空气D.海水3.植物根系因种类不同而分泌不同的物质，因而对于根际微生物具有（ B ）正确A. 生长促进作用B.种群选择作用C. 生长抑制作用D. 不显示影响。
第十章M分类
三、亚种以下的几个分类单元：
• （一） 亚种（Subspecies Subsp ssp） • 是种的进一步细分单元，一般指其某一明显而 • • •
• •
稳定的特征与模式种不同的种。 （二） 变种（Variety Var）： 是亚种的同义词，因易引起混乱，故已不主张 使用。 （三） 型：是亚种以下的单位，目前已不使用， 目前使用其作命名后缀，如生物变异型、化学 型、血清变异型等。 （四） 菌株（Strain）： 又称品系（在病毒中则称毒株或株）表示任何 由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒子） 繁殖而成的纯种群体及其一切后代。
种是一大群表型特征高度相似，亲缘关系极其接近，与同属内 其它种存在明显差异的菌株的总称。 二、微生物的学名：
学名=属名+种的加词（代表一个种的次要特征也由拉丁词组成）构成， 有时还在其后+（首次定名人）+现定名人+定名年份（可省略） 如：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌）Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919 枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）Bacillus subtilis (Ehrenberg) Cohn 1872
第一节 通用分类单元
• 一、 种以上的系统分类单元： • （一） 七级分类单元：通用于整个生物界
界（KINGDOM） 门（PHYLUM） 纲（CLASS） 目（ORDER） 科（FAMILY） 属（GENUS） 种（SPECIES） • 必要时每一级可有几个辅助单元，如亚门、超 纲、亚纲等。
（二）种的概念：
第三节 各大类微生物的分类 系统简介
• 一、细菌的分类位置：P349
• 二、菌物系统分类纲要：P354
6、三总界五界系统：
第十章普通微生物学课后习题及答案2
1、简述微生物分类学的三项具体任务。
分类：指的是根据相似性或亲缘关系，将一个有机体放在一个单元中。
命名：按照国际命名法规给有机体一个科学名称。
鉴定：确定一个新的分离物是否归属于已经命名的分类单元的过程。
2、简述生物的几个重要进化阶段。
3、什么是学名？什么是双名法？什么是三名法？学名：每一种微生物都有一个自己的专门名称，国际上统一使用的名称。
双名法：指一个物种的学名前面一个属名和后面的一个种名加词两部分组成。
三名法：当微生物是一个亚种或变种时，学名就应按三名法拼写, 一个物种的学名前面一个属名,后面的一个种名加词加上亚种或变种的加词三部分组成。
4、什么是种？如何表示一个种？种：又译物种，是一个基本的分类单元和分类等级，它是一大群表型特征高度相似、亲缘关系及其接近、与同属内的其他物种有着明显差异的一大群菌株的总称。
如何表示一个种：在微生物中，一个种只能用该种内一个典型菌株当作它的具体代表，故此典型菌株就成了该种的模式种或模式活标本。
5、简述五界分类系统和六界分类系统。
五界系统：根据核膜结构有无，将生物分为原核生物和真核生物两大类。
原核生物为一界。
真核生物根据细胞多少进一步划分，由单细胞或多细胞组成的某些生物归入原生生物界（Kingdom Protista）。
余下的多细胞真核生物又根据它们的营养类型分为植物界（Kingdom Plantae），光合自养；真菌界（Kingdom Fungi），腐生异养；动物界（Kingdom Animalia），异养。
六界系统：在五界系统的基础上，增加一个病毒界即为六界系统。
6、试述三域学说及其发展和面临的挑战。
三域学说：对大量微生物和其他生物进行16S和18SrRNA的寡核苷酸测序，并比较其同源性水平后，提出了一个与以往各种界级分类不同的新系统，称为三域学说。
域是一个比界还高的界级分类单元。
三个域指:细菌域、古生菌域和真核生物域。
挑战：随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们发现生物在进化中存在着非常广泛水平的基因转移现象，很多科学家都人为不能仅靠对16SrRNA的序列比较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息对这个进化树进行改进。
微生物的分类和鉴定
微生物的分类和鉴定第十章微生物的分类和鉴定一、名词解释：01.系统学（systematics）：是研究生物多样性及其分类和演化关系的科学。
分子系统学是检测、描述并揭示生物在分子水平上的多样性及其演化规律的科学。
研究内容包括了群体遗传结构、分类学、系统发育和分子进化等领域。
02.系统树：在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分支的图型来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图型也称为发育树（phylogenetic tree）。
03.分子系统树：通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。
04.微生物分类学（microbial taxonomy）：是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条例清楚的各种分类单元或分类群的科学，其具体任务有三，即分类、鉴定和命名。
05.分类（classification）：根据文献资料，经过科学的归纳和理性的思考，整理成一个科学的分类系统。
即解决从个别到一般或从具体到抽象的问题。
06.鉴定（identification）：通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、辨名的目的。
即解决从一般到特殊或从抽象到具体的问题07.命名（nomenclature）：为一个新发现的微生物确定一个新学名的过程。
08.培养物（culture）：是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。
如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该微生物的纯培养物（pure culture)。
09.菌株（strain）：从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物，都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。
10.标准菌株：指能代表这个种的各典型性状的一个被指定的菌株。
考研必备《微生物》第10章微生物分类鉴定
(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
主要以细菌为例介绍微生物分类、命名和鉴定的有关知识
一、分类单元及其等级
界
门
纲
目
科 属
（参见P339）
种
根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain)
（把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
（参见P346）
（参见P360）
16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”
1）rRNA普遍存在于一切细胞内； 2）它们的生理功能既重要又恒定； 3）16SrRNA在细胞中含量较高、较易提取；
4）编码rRNA的基因十分稳定；
5）rRNA的某些核苷酸序列非常保守; 6）相对分子量适中。
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有 的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类
系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类
地位的微生物所应归属分类群的过程。
第10章
微生物的分类和鉴定
第一节：细菌分类
（参见P339）
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
分类、
命名、
鉴定
分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育 相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成 系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的 微生物进行鉴定；
伯杰氏系统细菌学手册
b）DNA-rRNA杂交；
（亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较）
c）核酸探针；
（利用特异性的探针，用于细菌等的快速鉴定）
遗
2. 核酸分子杂交法
传
分
类
法
30
遗
4.rRNA寡核苷酸编目分析
一种通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA
寡核苷酸序列同源行程度,乙确定不同生物间的亲
在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的分类单位时， G+C含量是一项重要的，必不可少的鉴定指标。
其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特 征和把那些G+C含量差别大的种类排除出某一分类单元。
G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定
(2) 核酸的分子杂交 不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系 的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系就越近， 反之亦然。 核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA 碱基排列顺序的相似性 a）DNA-DNA杂交；
2 真菌分类系统
真菌界分类系统很多，各国采用不同的系统，比较混 乱。近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要 （P343）。
第四节 微生物分类鉴定的方法
5个水平： 细胞的形态与习性水平。 细胞组分化学水平。 蛋白水平。 核酸水平。 数学统计学或计算生物学水平。
一、微生物分类鉴定中的经典方法
生物分类的传统指标： 形态学特征、生理学特征、 生态学特征
☆1、形态学特征
培养特征、 细胞形态及其染色特性、
特殊的细胞结构、 运动性、 等等
微生物分类和鉴定的重要依据之一：
a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌；
微生物学-第十章 微生物的分类和鉴定
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
1、《伯杰氏手册》简介
《 伯杰 氏 手册 》 现行 版 本从 1984 年 开始 至 1989 年 分 四卷出版，并改名为《伯杰氏系统细菌学手册》 （ Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology）（ 第 一 版 ）（ 以下 简称《 系统手册》第 一版），1994年又将《 系 统 手册 》1-4 卷 中 有关 属以上 分类单元的分类鉴定 资料 进 行 少量 的修改补充 后汇集成一册仍用原来 书名 出版 ，故 称 之 为《系统手册 》第二版，从2000年起发行。
2、核酸分子杂交法
同一个种内的 不同菌株G＋C含 量差别 应在4％～5 ％ 以下（ 测定方法本身 的误差 可能高 达2％）； 同属不 同 种的差 别应低 于10％～15％ ，通常 低于10％ 。所以 G ＋ C含量 已经作 为建立 新的微生物分类单元的一项 基本 特征，它 对于种、属甚 至科的分类鉴定有重要意义 。 但绝不 能认为：G＋C含 量相似 的生物，它们亲缘 关系就一 定相近 。 生物的 遗传 信息 以 碱 基 排列 顺 序 （ 遗传 密 码 ） 形 式 线性 地排列在 DNA分子中 ，不 同生物DNA碱基 排列 顺 序的异同直接 反映这 些生物 之间亲缘关系的远近 。 碱 基 排列 顺 序 差异 越 小 ，它们 之 间 的亲缘关系 就 越 近，反 之亦然 。
在 对各类细胞型微生物进行鉴定 工作中 ，经典的表 型 指标很 多。这 些指标 是微生物鉴定 中最常用、最 方便 和 最重要的数据，也是任何现代化的分类鉴定方法的基 本 依据。
生 理、生化 反应
酶：产酶种类和反应特性等 代谢产物：种类、产量、颜色和显色反应等 对药物的敏感性
生 态特征：生长温度，与氧、 pH、渗透压的关系，宿主种类，与宿主关系等 生 活史 ，有 性生 殖情况 血清学 反应 对 噬菌 体的 敏感 性 其它
微生物的知识,习题
第十章微生物的分类和鉴定[习题]一、填空题.1．微生物分类学的任务有三，即对微生物进行、和。
2．种以上的系统分类单元有?级，它们是、、、、、和.3．微生物学名的表达方式有两种：①，由前面一个(首字母应)加上后面一个(首字母应)共两部分组成；②，由、和三部分组成；不管哪一种方法，在印刷品上，学名都应排成体字母。
4．在微生物分类学书刊中，每一微生物的学名除了屑名和种名加词外，常常还在其后附有三项内容，即(字体为，用括号括住) (字体为)和。
5，1895年，Migula首次把大肠杆菌定名为Bacteriumcoli，至1919年，Castellani和(ec)Chalmers把它重新定一新属名，称为大肠埃希氏菌，因此，完整的学名就应写成。
6，要书写或表达微生物正确的学名，必须遵守以下规则：属名的首字母应，种名加词的首字母应，出版物上的学名应排成，学名后的人名若放在括号内的是指，没有括号的是指，年份是指；学名后的字母或字母加编号是指。
7．Lactobacillus的中文译名为，StaphylococcusauFelgs的中文名为，BacillussP．葸为+，Bacillusspp可译为；Bacillusthuringiensis(subsp．)galleria为，Saccharomycescerevisiae为。
8．在微生物的学名之后通常都附有用英文或拉丁字母加编号组成的菌株名称，例如在Bacillus subtilis AS L 398中，菌名为，AS为拉丁文“Academia Sinica”的缩写，指，该菌是著名的生产菌；又如Bifidobacterium6fficacf阴A TCC 29521中的菌名是，ATCC指。
9．按真核生物起源的内共生假说来看，由于远古的古生菌细胞先后吞噬了细菌中的和并发生了内共生作用，从而形成了具有和细胞器的真核生物。
lo．在生物界级分类中，五界系统曾有较大的影响，这5个界即、、、、。
第十章 微生物的分类与鉴定
第一节
通用分类系统
一、种以上的系统分类单元
（一）7 级分类单元
界 门
纲
目
科
种是最基本分类单元
属 种
各级分类单元及其词尾
二、学名
微生物的种名采用林奈(1753年)所创立的双名法命名。 双名法：就是用属名和种名两个部分作为一种生物的学名。 命名规则：属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 学名=属名+种名加词+(首次定名人)+现名定名人+现名定名年份
第二节
微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学学说
图8-1 生物界级的学说发展（阴影部分表示微生物）
植物界 动物界
原生生物界
原核生物界 真菌界
真细菌界 古细菌界
细菌域 古生菌域
病毒界？ 真核生物域
二、三域学说及其发展
20世纪70年代以前，生物类群间的亲缘关系 判断的主要根据：
表型特征： 形态结构——形体微小、结构简单
比较生物大分子序列差异的数值构建了系统树(分子系统树)。 特点:用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘 关系。 真核生物域 细菌域 古生菌域
图8-2 三域学说及其 生物进化谱系树
利用16S rRNA建立分子进化树的美国科学家伍 斯 (C.R Woese )
二、三域学说及其发展
三域学说观点： 现在的一切生物均由一个共同的原始祖先，一种小细胞慢慢 进化而来。首先分化出细菌和古生菌两个分枝，而后在古生 菌的基础上吞噬了一些其他生物如蓝细菌、α朊细菌(相当于 G―细菌)等，经过长期的内共生后，两者逐渐进化形成一种 新的生物——真核生物。 发展中新的挑战： ①认为16S rRNA和18S rRNA分子的进化难以代表整个基因 组的分子进化； ②许多真核生物的基因组和它们所表达的功能蛋白与细菌 更为接近，而不是古生菌。
微生物的分类与鉴定 答案
第十章微生物的分类与鉴定(参考答案)一、填空：1．微生物菌种的命名采用"双名法",即由属名和种名加词构成。
2．来源于一个细胞在固体平板培养基上形成的群体称菌株。
3．1969年将生物界分成了五界，分别是动物界、植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界。
4．细菌的分类单元分为七个基本的分类等级，由上而下依次为_界、_门__、纲、目、科、属、种。
5．生物分类的传统指标为形态特征、生理生化反应、和生态特性。
6．形态学特征始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据之一，其主要原因为具有相对稳定性_和易观察。
7．分类学的内容包括_细菌分类_、放线菌分类和真菌分类_三部分，目前进行细菌分类和鉴定的重要参考书目是_《伯杰氏细菌鉴定手册》。
8．微生物分类和鉴定的特征包括_形态特征_和_生理生化反应_，其中__形态特征_对鉴定微生物的系统发育有决定性作用，而_生理生化反应_可作为判断亲缘关系的参考而且对以实用为目的的分类鉴定仍有重要价值。
9．核酸分子杂交_和_rRNA寡核苷酸编目分析__是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。
10．1978年，Woese等提出新的生物分类概念，根据16SrRNA的碱基序列将生物清晰地划分为三原界，即细菌域、古生菌域和真核生物域。
11．对微生物命定学名的表示方法分双名与三名两种。
12．在生物的界级分类学说研究中,1978年由R．H．whittake和“提出了一个崭新的三域学说。
13．填写以下10个数据：(1) 对牛奶等进行巴氏消毒时常用 63 ℃的温度；(2)用液氮保藏微生物的温度为 -196 ℃；(3)通常细菌的最适培养温度为 37 ℃：(4)用烘箱进行的干热灭菌温度一般为 150～170 ℃；(5)的代时一般为 17 min；(6)典型的酵母菌S．cerevisiae的代时一般为 120 min，其大小一般为～10 X ～21um 。
（7）至今已记载的微生物约 20万种（1995）；(8)我国卫生部门规定自来水中所含的大肠菌群数不得超过 3个/L ；(9)细菌总数不得超过 100个/ml 。
第十章微生物的分类
即种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。
⑶ 亚种名：亚种名为三元式组合，即由属名、种名
加词和亚种名加词构成。 26
by YJ Kang
二、微生物的命名
2、命名模式及其指定 如前所述，由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于
操作的统一标准，为了减少因采用不同标准界定分 类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物 分类一样采用“模式概念”。即根据命名法规要求， 正式命名的分类单元应指定一个命名模式(简称模式) 作为该分类单元命名的依据。
代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类。
系统树可能有时间比例，或者用两个结之间的分枝长度
变化来表示分子序列的差异数值。 17
by YJ Kang
五、三界生物的主要特征
根据形态和生理特征把地球上的生物分为动物界和 植物界的理论，统治了生物学100多年，20世纪60 年代主要根据细胞核的结构把生物分为原核生物和 真核生物两大类。
27
by YJ Kang
二、微生物的命名
3、新名称的发表 根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在
公开发行的刊物上进行，在菌种目录、会议记录、会议 论文摘要的均不能视为有效发表。此外，若新名称是在 国际系统细菌学杂志（IJSB）以外的其他杂志上发表 的，还必须经过新名称的合格化发表，被认为合格后， 在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日算起，否 则不算合格发表，也不能取得国际上的承认。发表新名 称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词， 如新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等。
直到60~70年代，有识之士才清醒地认识到：仅依靠 表型特征无法解决微生物的系统发育问题，必须寻 找新的特征作为生物进化的指征。
第十章微生物的分类和鉴定
4、 微生物全基因组序列的测定
对微生物全基因组进行测序，是当前生命科学 领域中掌握某微生物全部遗传信息的最佳途径。从 1990年起，在人类基因组计划的推动下，微生物全 基因组测序工作进展很快，在2000年的一年中，几 乎每个月都有新记录出现。
（二）细胞化学成分用作鉴定指标
细胞壁化学成分：如根据肽聚糖分子中肽尾第三位氨 基酸的种类、肽桥的结构以及与邻近肽尾交联的位置 的不同来划分。 全细胞水解液的糖型：对放线菌进行分类 磷酸类脂成分的分析 枝菌酸的分析：对“诺卡氏菌形放线菌”进行分类 醌类的分析：对放线菌鉴定上有一定的价值 气相色谱技术用于微生物鉴定：分析代谢产物中脂肪 酸和醇类等成分，对厌氧菌的鉴定十分有用。
四、 亚种以下的分类单元
亚种以下的分类单元（infrasubspecific taxa） 很多，其提出和使用均不受细菌命名法规的限制。 • 1.亚种（subspecies,subsp.,ssp.） • 2.变种（variety,var.） • 3.型（form） • 4.类群（group） • 5.菌株（strain） • 6.小种（race） • 7.相（phase） • 8.态（state）
第三节 各大类微生物的分类系统
分类学的最终目标是要建立起一套比较接近生物 系统发育规律的自然分类系统。
一、Bergey 氏原核生物分类系统纲要
《伯杰氏鉴定细菌学手册》 （Bergey’ Mamual of SystematicBacteriology）编写者集国际学术界的 权威学者，为各国微生物分类学界公认的一本经典佳 作。
（4） 五界系统：1969年，R.H.Whittaker在 Science上发表了“生物界级分类的新观点”的著名 论文。在吸取前人工作经验的基础上，提出了五界学 说。五界系统包括：动物界（ Animalia）、植物界 （Plantae）、原生生物界（Protista）（包括原生动 物、单细胞藻类、粘菌）、真菌界（Fungi）、原核 生物界（Monera）(包括细菌、蓝细菌）。
第十章 微生物的分类鉴定
2.任务: 任务: 任务 分类,鉴定, 分类,鉴定,命名 3.定义: 定义: 定义 现代分类学基本上有两派 一派强调形态特征 一 现代分类学基本上有两派,一派强调形态特征 一派强调形态特征,一 派强调亲缘关系. 派强调亲缘关系. 形态特征————表现型 形态特征 表现型 亲缘关系————基因型 亲缘关系 基因型 按微生物的亲缘把它们安排成条理清楚的各种 分类单元或分类群的科学. 分类单元或分类群的科学.
其它术语: 其它术语
克隆:是从单个亲本细胞得来的细胞群体. 克隆 是从单个亲本细胞得来的细胞群体. 是从单个亲本细胞得来的细胞群体 菌株:是由纯培养的单个分离物的后代组成的 是由纯培养的单个分离物的后代组成的,菌 菌株 是由纯培养的单个分离物的后代组成的 菌 株通常是由单菌落衍生而来, 株通常是由单菌落衍生而来 而产生原始菌落的 菌数是未知的,故大多数菌株不被认为是克隆 故大多数菌株不被认为是克隆. 菌数是未知的 故大多数菌株不被认为是克隆. 菌株编号: 菌株编号 : 从自然界分离到的微生物尽管属于同 一个种,但由于它们来源不一样 但由于它们来源不一样,它们之间总会有 一个种 但由于它们来源不一样 它们之间总会有 些细微差异,这些同种但来源不同的纯培养体就是 些细微差异 这些同种但来源不同的纯培养体就是 不同的菌株. 通常用编号表示如7216,140等. 不同的菌株. 通常用编号表示如 , 等 群 :在自然界中有些微生物的种类其特征介于两 在自然界中有些微生物的种类其特征介于两 个种之间,彼此不易严格区分 彼此不易严格区分,于是我们就把这两 个种之间 彼此不易严格区分 于是我们就把这两 个种和介于它们中间的一些微生物统称为一个 "群".
(二)培养特征 二 培养特征 培养特征:
培养特征主要指 菌落特征: 菌落特征 1. 菌落大小 一般量直径 菌落大小,一般量直径 2. 形状 圆,扩展,不规则,变形虫状等. 形状:圆 扩展,不规则,变形虫状等. 3. 边缘 踞齿状 波形 放射状. 边缘: 放射状. 4. 隆起度 隆起度: 5. 透明度 半透明 透明 不透明. 透明度:半透明 透明,不透明 半透明,透明 不透明. 6. 质地 粘稠,疏松,紧密. 质地:粘稠 疏松,紧密. 粘稠, 7. 颜色 正面颜色 反面颜色. 颜色:正面颜色 反面颜色. 正面颜色,反面颜色 液体培养特征: 液体培养特征 1.混浊度 混浊度 2.有无沉淀 有无沉淀 3.有无浮膜及浮膜厚度 有无浮膜及浮膜厚度 4.半固体穿刺培养的生长及运动性 半固体穿刺培养的生长及运动性
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第十章微生物分类
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二、微生物的命名规则： 命名按照《国际细菌命名法规》，一般
采用林奈氏双名法。
学名=
属名 + 种名 +（首次命名人）+现在命名人+现名命名时间
❖ 分类学内容涉及三个相互依存又有区别 的组成部分：分类、命名和鉴定。
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❖分类（classification）是根据一定的原则（表型 特征相似性或系统发育相关性）对微生物进行分 群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统， 并对各个分类群的特征进行描述，以便考察和对 未被分类的微生物进行鉴定；
排斜体字
排正体字（一般省略）
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如：大肠杆菌:
Escherichia coli (Migula) Castellani&Chalmers 1919 属名: 名词,大写首字母,一般描绘主要形态或
生理特征。 种名:形容词,小写,代表一个种次要特征。
未确定种名或不指特定的种时，可在属名后加sp.（表 示单数）或SPP.（表示双数）表示。
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v菌株（strain)或品系，从自然界分离得到的任何一种 微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用 实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型， 也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。
v模式菌株：一个被指定为能代表一个种群的菌株，是 活体标本
第十章微生物分类
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3.三界（域）系统 Woese用寡核苷酸序列编目分析法对60多株细菌的
16SrRNA序列进行比较后发现：产甲烷细菌完全没有作 为细菌特征的那些序列，于是提出了生命的第三种形式 -古细菌(archaebacteria)。随后对包括某些真核生物在内 的大量菌株进行了16Sr RNA(18SrRNA)序列的分析比较， 又发现极端嗜盐菌和极端嗜酸嗜热菌也和产甲烷细菌一 样， 具有既不同其他细菌也不同于其核生物的序列特征， 而它们之间则具有许多共同的序列特征。
如Aspergillus niger
曲霉
黑色的 黑曲霉
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当微生物是一个亚种或变种时，应按三名法命名 既：学名=
属名+种名+（subsp或var）+亚种（变种）名称
排斜体
排正体（可省略） 排斜体 （不可省略）
如：椭圆酿酒酵母
Saccharomyces cerevisiae （subsp/var）ellipsoideus
其他 :某属中一个种或几个种时，属后加sp.或SPP.
Micrococcus sp.(spp.)一种或一批小单孢菌
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新名称的发表 根据细菌命名法规的规定，有效发表新 的细菌名称应在公开发行的刊物上进行，在菌种目 录、会议记录、会议论文摘要的均不能视为有效发 表。此外，若新名称是在国际系统细菌学杂志 （IJSB）以外的其他杂志上发表的，还必须经过新 名称的合格化发表，被认为合格后，在该杂志上定 期公布，命名日期即从公布之日算起，否则不算合 格发表，也不能取得国际上的承认。
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第二节 微生物在自然界的地位
科学家估计有分类纪录的各类物种大约有 150万，其中微生物超过10万种，而且其数 目还在不断增加。微生物学工作者要认识、 研究和利用微生物或控制有害微生物，必须 对它们进行分类（classification）。
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1、两界系统
动物界 Animalia：不具细胞壁，可运动，不进 行光合作用。
发表新名称时，应在新名称之后加上所属新分 类等级的缩写词，如新目“ord.nov.”、新属 “gen.nov.”、新种“sp.nov.”等。
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俗名（common name）: 普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和大众
化的优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使用范 围局限。
如 绿脓杆菌： 铜绿假单孢菌Pseudomonas aeruginosa 白念菌： 白色假丝酵母Candida albicans 金葡萄： 金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus
第十章 微生物的分类和鉴定
第十章微生物分类
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❖ 第一节 通用分类单元 ❖ 第二节 微生物在自然界的地位 ❖ 第三节 各大类微生物的分类系统纲要 ❖ 第四节 微生物分类鉴定的方法
第十章微生物分类
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第一节 通用分类单元
❖ 分类是认识客观事物的一种基本方法。 我们要认识、研究和利用各种微生物资 源也必须对他们进行分类。
植物界 Plantae：具有细胞壁，不运动，可行光 合作用。
三界：原生生物界 Protista：（E. H. Haeckel, 1866年提出）
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2、五界系统
R. H. Whitakker, Science, 163: 150-160, 1969 原核生物界 Monera：细菌、放线菌等 原生生物界 Protista：藻类、原生动物、粘菌等 真菌界 Fungi：酵母、霉菌 动物界 Animalia： 植物界 Plantae： 五界系统是以细胞结构分化的等级以及和光合、吸收、 摄食这三种主要营养方式有关的组织类型为基础的。 六界：加上病毒界。
❖命名（nomenclature）是根据命名法规，给每 一个分类群一个专有的名称；
❖鉴定（identification或determination）
则是指借助于现有的微生物分类系统，通过特征测 定，确定未知的、新发现的或未明确分类地位的 微生物所应归属分类群的过程。
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一.分类单元及其等级
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❖ 常用的细菌分类术语
❖ 培养物（culture),是指一定时间一定空间内微 生物的细胞群或生长物。
❖ 种（species),是生物分类中基本的分类单元和 分类等级。是一大群表型特征高度相似，亲缘 关系极其接近、与同属内的其他物种有明显差 异的一大群菌株的总称。
❖ 型（form或type),常指亚种以下的细分，当同 种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以 分为心的亚种时，可以细分为不同的型。