4蛋白组学翻译后修饰
第六章蛋白质翻译后修饰的鉴定
04
抗体法在蛋白质翻译后修饰鉴定中的应用
抗体法原理及技术流程
原理
抗体法利用特异性抗体与蛋白质翻译 后修饰位点结合的原理，通过免疫学 方法进行检测和鉴定。
技术流程
包括抗原制备、抗体生产、抗体纯化 和特异性验证等步骤。
抗体法鉴定蛋白质翻译后修饰的优势与局限性
优势
高特异性、高灵敏度、可定量分析等。
局限性
化学方法
质谱分析
通过质谱技术检测蛋白质分子的质量和化学 性质，从而鉴定蛋白质的翻译后修饰类型和 位点。
荧光标记
利用荧光标记技术标记特定的修饰位点，通过荧光 信号的强度和分布来鉴定蛋白质的翻译后修饰。
蛋白质芯片技术
将蛋白质固定在芯片表面，利用特定的抗体 或配体检测蛋白质的翻译后修饰类型和位点 。
实例分析
第六章蛋白质翻译后 修饰的鉴定
汇报人：XX
目录
• 蛋白质翻译后修饰概述 • 蛋白质翻译后修饰的鉴定方法 • 质谱法在蛋白质翻译后修饰鉴定中的应用 • 抗体法在蛋白质翻译后修饰鉴定中的应用 • 其他方法在蛋白质翻译后修饰鉴定中的应
用 • 蛋白质翻译后修饰鉴定的挑战与未来发展
01
蛋白质翻译后修饰概述
数据准备
收集已知的蛋白质乙酰化修饰位点数据，包括蛋白质序列、修饰位点 的位置和化学性质等。
特征提取
从蛋白质序列中提取与乙酰化修饰相关的特征，如氨基酸组成、序列 模体、结构域等。
模型训练
利用机器学习或深度学习算法，如支持向量机、神经网络等，训练预 测模型。
预测与验证
将新的蛋白质序列输入到训练好的模型中，预测潜在的乙酰化修饰位 点，并通过实验验证预测结果的准确性。
其他方法
1 2 3
蛋白组学翻译后修饰
先用糖苷内切酶消化，再用蛋白酶消化，通过 分析糖苷酶作用前后MS发生位移的肽段，即 可确定含糖基化的肽段 结合串联质谱，可进一步分析糖基化肽段的氨 基酸序列，从而发现糖基化位点
核糖核酸酶B中糖基化位点的分析
糖苷键酶F作用前
糖苷键酶F作用后 剩一个GlcNAc
氨基酸序列的测定
m/z=4792.23
翻译后化学修饰的生物学效应
泛素化对于细胞分化与凋亡、DNA 修复、免疫应 答和应激反应等生理过程起着重要作用; 磷酸化涉及细胞信号转导、神经活动、肌肉收缩 以及细胞的增殖、发育和分化等生理病理过程; 糖基化在许多生物过程中如免疫保护、病毒的复 制、细胞生长、炎症的产生等起着重要的作用; 脂基化对于生物体内的信号转导过程起着非常关 键的作用; 组蛋白上的甲基化和乙酰化与转录调节有关。
TSAASSSNYCNQM
RQHMDSSTSAASSSNYCNQ MMKSRNLTKDRCKPVNTF VHE
糖基化类型的分析
糖蛋白进行蛋白酶切，得到含糖肽段，对肽段直接 进行ESI-MS/MS，以及MALDI-TOF-MS的PSD， 可以直接得到单糖碎片，从而确定糖链结构。
凝集素在糖蛋白研究中的作用
真核生物的Ser，Thr，Tyr 残基. 原核生物的His，Asp，Glu
蛋白质组学在磷酸化分析中的困难
磷酸化蛋白质在细胞内的蛋白质中是相对较 低丰度的； 即使我们找到一种磷酸化蛋白质，也不能排 除有该蛋白质的其他磷酸化形式存在； 细胞内有很多磷酸酯酶，在样品处理时，这 些酶很容易将磷酸基团脱掉； 磷酸化蛋白质酶解后的磷酸化肽段，因为其 化学性质的负电性，在质谱技术中面临着难 以质子化的困难。
翻译后修饰的基因表达调控
翻译后修饰的基因表达调控随着基因组学技术的不断进步，人们对基因的理解也愈发深刻。
在研究基因表达调控中，翻译后修饰逐渐成为重要的研究方向之一。
翻译后修饰是指蛋白质在翻译后发生的化学修饰，通过改变蛋白的化学结构和性质进而影响蛋白的功能和活性。
翻译后修饰可以影响蛋白的稳定性、局部结构、跨膜结构等方面的性质，从而影响到蛋白的功能和调控。
下面将就翻译后修饰在调控基因表达方面的研究进展进行阐述。
一、翻译后修饰对蛋白的稳定性和降解速率的影响蛋白质的稳定性和降解速率是与基因表达调控密切相关的因素之一。
在翻译后修饰方面，泛素化和泛素降解是一个被广泛关注的研究领域。
泛素是一种小分子蛋白，可以通过连接到目标蛋白的氨基酸残基上完成泛素化修饰。
泛素化可以标记蛋白，将其引导至泛素蛋白酶体降解途径，促进蛋白的降解。
研究表明，泛素化这一翻译后修饰方式对于细胞周期调控、DNA修复、细胞信号转导等方面的基因表达调控起到至关重要的作用。
除泛素化外，其他翻译后修饰方式，如磷酸化、甲基化等也可以影响蛋白的稳定性和降解速率。
如磷酸化可以改变蛋白的电荷和空间构型，降低其稳定性；而甲基化能够影响蛋白的叠加和空间结构，进而改变蛋白的稳定性和降解速率。
这些翻译后修饰方式的调控作用为我们深入理解基因表达调控提供了有力的实验依据。
二、翻译后修饰对蛋白的局部结构和功能的影响除了稳定性和降解速率外，局部结构和功能也是翻译后修饰对基因表达调控的影响重要方面。
磷酸化、甲基化等修饰方式可通过改变蛋白的活性位点、空间结构等方面的性质，调控蛋白的功能。
例如，磷酸化可以刺激酶和激酶信号转导途径，改变蛋白的代谢和运输、细胞增殖等功能。
又如，甲基化作为一种基因表达调控方式，可以通过改变DNA合成、RNA合成等方面的生化途径，影响到蛋白的表达和功能。
除特异性修饰方案外，糖基化也是一种影响蛋白局部结构的修饰方式。
糖部分可以结合到特定氨基酸残基上，改变蛋白分子的堆积和跨膜结构，影响蛋白的稳定性和生物学功能。
生物大分子理论201年 硕士生课程 蛋白质翻译后修饰
真核生物蛋白质功能的一种主要调节机制。
特点及其意义
蛋白质翻译后修饰是调节蛋白质生物活性的重 要方式
蛋白质翻译后修饰异常导致人类众多的疾病 蛋白质翻译后修饰是蛋白质组研究的一个重要
内容
1、蛋白质翻译后修饰是调节蛋白生物活性的 重要方式
• MAPK信号通路介导的转录调控
• NF-κB信号通路
• 膜系统-胞核间的信号传导 JAKs and STATs
CREB的转录激活
Protein kinase A and DNA结合蛋白
MAPK信号通路介导的转录调控
MAPK信号通路介导的转录调控
膜系统-胞核间的信号传导 JAKs and STATs
• 组蛋白修饰种类
乙酰化--组蛋白乙酰化能选择性的使某些染色 质区域的结构从紧密变得松散，开放某些基因 的转录，增强其表达水平 。
甲基化-- 发生在H3、H4的 Lys 和 Arg 残基 上，可以与基因抑制有关，也可以与基因的激 活相关，这往往取决于被修饰的位置和程度。
磷酸化-- 发生在Ser 残基，一般与有丝分裂和 凋亡相关。
• 在老年痴呆和其它TAU异常导致的相关疾病中,各种因素(遗传因素、 代谢异常等）导致细胞内信号传导通路异常，磷酸化－去磷酸化之间 的动态平衡被打破，即大脑中某些的磷酸酶如PP2A蛋白水平下调，
继而导致TAU蛋白磷酸化水平升高，称为TAU的超磷酸化 （hyperphosphorylation）；大脑葡萄糖摄取和代谢异常亦可导致
• 全美国约有四百万人被诊断为患有AD 。阿尔茨海默氏病 最常发生在 65 岁以上的人身上；但是，更年轻的人士也 可能患此病。当年龄超过 65 岁后，失智症患者的人数迅 速增加。2019 年，患有中度或重度记忆损伤的人数在 65 至 69 岁人群中为 4%，而在 85 岁以上的老年人中，该比 例则为 36%。在导致 65 岁以上老人死亡的原因中，AD 位居第九。
蛋白翻译后修饰
凋亡,从而最终发展成为癌细胞 .
2.5 磷酸化
DNA新陈代谢的研究中：细胞中DNA损伤可导致人的复制蛋 白 A(RPA)32 kD 亚基 N 端的过度磷酸化, 这有助于调控 DNA 的新陈代谢, 促进DNA 修复. 有数据显示, 过度磷酸化会 导致 RPA 构象改变 , 降低 DNA 复制的活性 , 但不会影响
泛素-蛋白酶系统是存在于所有真核生物细胞的调控
系统。降解过程中需要三种酶的参与: 泛素激活酶(E1)、
泛素结合酶(E2)和泛素蛋白质连接酶(E3)。泛素化降解
蛋白的过程中对蛋白的特异性识别依赖 E3. 由 E2s 和 E3s 介导的泛素化过程可以被去泛素化酶(DUBs)逆转.。
2.4 泛素化
目前发现的 DUBs 可分为两大类 : 泛素碳端水解酶 (ubiquitin C-terminal hydrolases,UCHs)和泛素特异性
DNA 的修复。
2.6 SUMO 化
SUMO为小泛素相关修饰物 (small ubiquitin- related modifier，SUMO)分子，是一种近年发现的泛素样分子，也参与 蛋白质翻译后修饰，但是不介导靶蛋白的蛋白酶体降解， 而 是可逆性修饰靶蛋白，参与靶蛋白的定位及功能调节过程。
3 研究方法及关键技术
蛋白酶 (ubiquitin-spicific processing proteases,
UBPs) ，两者都是半胱氨酸水解酶。泛素化降解蛋白 的过程中对蛋白的特异性识别依赖E3. 由E2s 和E3s 介导的泛素化过程可以被去泛素化酶 (DUBs)逆转通常 情况下, UCHs 主要水解羰基端的酯和泛素的氨基键,
2.3 糖基化
发生在高尔基体上：起始于丝氨酸和苏氨酸羟基 上连接N-乙酰半乳糖胺、N-乙酰葡萄糖胺、甘露糖及
蛋白质组学英语
蛋白质组学英语
蛋白质组学是一种研究生物体内蛋白质的组成、结构和功能的技术和方法，是生物学、生化学、药学等领域的前沿学科。
蛋白质组学的主要研究内容包括蛋白质组分析、蛋白质组测序、蛋白质结构与功能分析等。
在蛋白质组学研究中，英语是必不可少的工具和语言。
因此，掌握蛋白质组学英语是非常重要的。
以下是一些蛋白质组学常用英语词汇：
1. proteome - 蛋白质组
2. protein identification - 蛋白质鉴定
3. protein quantification - 蛋白质定量
4. mass spectrometry - 质谱分析
5. peptide mapping - 肽质谱图分析
6. protein structure analysis - 蛋白质结构分析
7. protein function analysis - 蛋白质功能分析
8. protein-protein interaction - 蛋白质间互作
9. protein modification - 蛋白质修饰
10. post-translational modification - 翻译后修饰
除了以上词汇外，还有许多其他与蛋白质组学相关的英语词汇，需要我们在学习和研究中不断积累和运用。
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翻译后修饰蛋白质组与代谢组整合分析
翻译后修饰蛋白质组与代谢组整合分析蛋白质的翻译后修饰（Post Translational Modifications, PTMs）是蛋白质在翻译中或翻译后经历的一个共价加工过程。
翻译后修饰蛋白质组是指细胞或组织等整体水平上的翻译后修饰蛋白质。
目前，已知的蛋白质翻译后修饰主要包括糖基化、磷酸化、酰化、泛素化、二硫键配对、甲基化和亚硝基化等等。
代谢组是细胞、组织或生物体内的小分子（通常称为代谢物）的整体水平。
翻译后修饰蛋白质可以调节细胞生物过程、影响机体的代谢变化。
影响代谢的翻译后修饰蛋白质不仅包括翻译后修饰转录因子，还包括翻译后修饰代谢酶。
因此，整合分析翻译后修饰蛋白质组和代谢组，比较它们的表达异同，有利于从不同层面解析生物的代谢机制，挖掘差异修饰蛋白质、代谢物、及它们参与的重要通路和相关基因，以进行后续深入研究。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合nanoLC-MS/MS纳升色谱，将磷酸化/糖基化/泛素化/乙酰化/甲基化/二硫键/亚硝基化等翻译后修饰鉴定服务，多种样品靶向和非靶向代谢组学分析服务，结合可定制化的生物信息学分析方法进行整合，为广大科研工作者提供基于质谱的翻译后修饰蛋白质组与代谢组整合分析服务。
翻译后修饰蛋白质组与代谢组整合分析流程翻译后修饰蛋白质组与代谢组整合分析流程。
应用领域农林领域：抗逆胁迫机制，物种保护研究等；畜牧业：致病机理研究，肉类及乳制品品质研究等；海洋水产：渔业环境与水产品安全等；微生物：致病机理，耐药机制，病原体-宿主相互作用研究等；生物医药：生物标志物，疾病机理机制，疾病分型，药物开发，个性化治疗等；环境科学：发酵过程优化，生物燃料生产，环境危害风险评估研究等；食品科学：食品储藏及加工条件优化，食品组分及品质鉴定，食品安全监检测等。
中/英文项目报告在技术报告中，百泰派克会为您提供详细的中/英文双语版技术报告，报告包括：1. 实验步骤（中英文）。
生物翻译后修饰在蛋白质结构和功能调控中的重要性研究
生物翻译后修饰在蛋白质结构和功能调控中的重要性研究生物翻译是指在细胞中将RNA转化为蛋白质的过程。
在这个过程中，翻译后修饰是非常重要的，它可以影响蛋白质的结构和功能。
通过研究翻译后修饰，我们可以更好地了解蛋白质的生物学作用和调控机制。
一、什么是翻译后修饰翻译后修饰是指蛋白质翻译完成后，在蛋白质链上发生的各种化学修饰过程。
这些修饰可以影响蛋白质的结构、稳定性、活性、定位和相互作用能力等。
翻译后修饰的种类很多，包括磷酸化、甲基化、乙酰化、糖基化、脂肪酰化、泛素化等。
这些修饰在蛋白质中起到不同的作用，如调节酶活性、控制蛋白质的分泌和定位、参与细胞信号传导等。
二、生物翻译后修饰的重要性翻译后修饰对蛋白质结构和功能的调控非常关键。
通过翻译后修饰，细胞可以对蛋白质进行精细的调节，让蛋白质在不同的环境中发挥不同的作用。
1. 调节酶的活性翻译后修饰可以影响酶的活性。
例如磷酸化可以改变蛋白质三维结构，从而影响酶的催化能力。
磷酸化还可以调节蛋白质的亲水性和亲静电性，影响酶的受体特异性和互作能力。
此外，泛素化可以调节蛋白质的稳定性和代谢途径，从而影响相关酶的活性。
2. 控制蛋白质的分泌和定位翻译后修饰可以调控蛋白质的定位和分泌。
例如甲基化和乙酰化可以调节蛋白质的核定位和细胞质定位。
而糖基化和脂肪酰化可以控制蛋白质的分泌途径和抵御降解和被病原微生物攻击的能力。
3. 参与细胞信号传导翻译后修饰还可以参与细胞信号传导。
例如磷酸化和泛素化可以改变蛋白质的互作能力和参与信号传导途径。
而锌指蛋白的乙酰化则能够影响转录因子的互作性和基因表达。
三、翻译后修饰在疾病中的作用翻译后修饰在多种疾病中都发挥着非常重要的作用。
例如磷酸化异常可以导致多种肿瘤和神经退行性疾病。
乙酰化失调也与多种疾病有关，如糖尿病、癌症等。
此外，脂肪酰化和泛素化还与一些常见的疾病如心血管病、代谢性疾病等有关。
四、翻译后修饰的研究进展近年来，翻译后修饰的研究进展非常迅速。
翻译后修饰蛋白组分析
翻译后修饰蛋白组分析蛋白质翻译后修饰（PTMs）是指蛋白质在翻译中或翻译后的化学修饰过程。
蛋白质翻译后修饰（PTMs）通过给蛋白质添加磷酸酯，乙酸酯，酰胺基或甲基等官能团增加蛋白质组的功能多样性，并影响正常细胞生物学和发病机理的几乎所有方面。
蛋白质翻译后修饰在许多细胞过程中起着关键作用，如细胞分化、蛋白质降解、信号传导和调节过程、基因表达调节以及蛋白质相互作用。
蛋白质翻译后修饰PTMs通常包括磷酸化，糖基化，泛素化，亚硝基化，甲基化，乙酰化，脂质化和蛋白水解。
因此，PTM的特征（包括修饰类别和修饰位点）在细胞生物学以及疾病诊断和预防研究中至关重要。
蛋白质翻译后修饰（PTMs）受许多因素影响，鉴定过程比较繁琐。
例如：大多数翻译后修饰水平很低。
因此，在鉴定之前必须对修饰蛋白进行富集。
此外，修饰的稳定性以及质谱的检测效率也是PTMs分析过程中的关键因素。
百泰派克生物科技搭建有高级的分析平台，可用于表征各种翻译后修饰（PTM）。
BTP-蛋白质翻译后修饰鉴定能够解决的生物学问题百泰派克公司采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台，Orbitrap Fusion质谱平台，Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，为广大科研工作者提供磷酸化/糖基化/泛素化/乙酰化/甲基化/二硫键/亚硝基化等翻译后修饰鉴定。
蛋白质氨基酸序列的特定位置可以与化学基团或者小分子量的蛋白共价结合从而发生蛋白质翻译后修饰(post-translational modifications，PTMs)，相较于没有发生修饰的蛋白，PTMs会导致特定序列分子量的增加。
在蛋白翻译后修饰方式的鉴定过程中，蛋白会首先被酶切成肽段，然后进入质谱进行分析；通过质谱分析，得到的是一系列肽段的分子质量信息。
对于某一个特定肽段而言，在没有发生任何翻译后修饰的情况下，其序列信息和分子量是确定的；蛋白质翻译后修饰方式鉴定示意图当它发生了某种翻译后修饰之后，例如磷酸化修饰，由于序列信息和分子量是确定的，磷酸根的分子量也是确定的；在质谱检测过程中发现其中的部分肽段的分子量刚好增加了一个磷酸根的分子量，假设这个肽段就发生了磷酸化修饰，再通过二级质谱图进行二次确认。
蛋白翻译后修饰（研究生高级生化）
蛋⽩翻译后修饰（研究⽣⾼级⽣化）蛋⽩翻译后修饰（齐以涛⽼师）上课⽼师没说重点1.蛋⽩的概念：由许多氨基酸通过肽键相连形成的⾼分⼦含氮化合物。
2.蛋⽩后修饰概念和意义（PPT4-5）3.蛋⽩后修饰种类1. 切除加⼯2. 糖基化3. 羟基化4. 甲基化5. 磷酸化6. ⼄酰化7. 泛素化8. 类泛素化9. …200. …磷酸化修饰1.概念：磷酸化是通过蛋⽩质磷酸化激酶将ATP的磷酸基转移到蛋⽩的特定位点上的过程。
⼤部分细胞过程实际上是被可逆的蛋⽩磷酸化所调控的，⾄少有30%的蛋⽩被磷酸化修饰2.作⽤位点：丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸是主要的磷酸化氨基酸，⼤多数磷酸化蛋⽩质都有多个磷酸化位点，并且其磷酸化位点是可变的。
3.实例(MAPK途径)：分裂原活化的蛋⽩激酶（MAPK）、分裂原活化的蛋⽩激酶的激酶（MAPKK）、分裂原活化的蛋⽩激酶的激酶之激酶（MAPKKK）。
在真核细胞中，这3种类型的激酶构成⼀个MAPK级联系统（MAPK cascade），通过MAPKKK-MAPKK-MAPK逐级磷酸化，将外来信号级联放⼤并传递下去。
具体过程如下：MAPKKK位于级联系统的最上游，能够通过胁迫信号感受器或者信号分⼦的受体，或者其本⾝就直接感受胞外信号刺激⽽发⽣磷酸化?MAPKKK磷酸化后变为活化状态，可以使MAPKK磷酸化?MAPKK始终存在于细胞质中，MAPKK磷酸化以后通过双重磷酸化作⽤将MAPK激活MAPK被磷酸化后有3种可能的去向：（1）停留在细胞质中，激活⼀系列其它的蛋⽩激酶（2）在细胞质中使细胞⾻架成分磷酸化（3）进⼊细胞核，通过磷酸化转录因⼦，调控基因的表达4.功能和意义:⼀：调节酶蛋⽩及⽣理代谢①糖分解代谢中糖原磷酸化酶活性的调节，被磷酸化的酶具有活性，去磷酸化的酶⽆活性②磷酸化或去磷酸化使胞内已存在酶的活性被激活或失活，调节胞内活性酶的含量⼆:调节转录因⼦活性转录因⼦通常包含DNA结合结构域和转录激活结构域.转录因⼦在转录激活结构域或调控结构域发⽣磷酸化，直接影响其转录活性. c-Jun转录激活结构域的两个丝氨酸残基磷酸化，正调控c-Jun的转录活性.三：调节转录因⼦核转位TGF-b与其I型、II型受体结合，结合后的TGF-b I型受体识别R-Smad包括Smad2和Smad3，作⽤于C末端的丝氨酸使其磷酸化⽽被激活，激活后的R-Smad与Smad4结合转⼊细胞核内，发挥转录调节活性NF-kB与其抑制因⼦IkB形成复合体时存在于胞质。
蛋白质的翻译和修饰
蛋白质的翻译和修饰蛋白质是生物体中重要的分子，在维持细胞结构和功能方面起着关键的作用。
蛋白质的翻译和修饰是指蛋白质从基因信息中转录出的mRNA经过翻译过程后，进一步修饰成最终的功能蛋白质。
这个过程包括翻译过程中的翻译后修饰和在翻译结束后的蛋白质修饰。
下面将介绍蛋白质翻译和修饰的细节。
1. 蛋白质的翻译蛋白质的翻译是将mRNA上的核苷酸序列翻译成氨基酸序列的过程。
这个过程是通过核糖体完成的，核糖体由多个核糖核蛋白组成。
在翻译开始之前，mRNA上的起始密码子（通常为AUG）被辨认并与特定的tRNA结合，这个tRNA上携带着与起始密码子对应的氨基酸甲硫氨酸。
接着，核糖体逐渐移动，将mRNA上的下一个密码子与相应的tRNA结合，并用脱氨酰tRNA的方式将氨基酸串联起来，最终形成蛋白质的链。
2. 翻译后修饰翻译后修饰是指蛋白质在翻译结束后，通过一系列的化学反应和修饰酶的作用，对蛋白质进行化学改变和修饰。
这些修饰包括磷酸化、甲基化、乙酰化、糖基化等。
这些修饰的目的是为了赋予蛋白质更多的功能和活性，同时还可以调控蛋白质的稳定性、定位和相互作用。
3. 蛋白质修饰方式蛋白质修饰有多种方式，下面介绍一些常见的修饰方式：3.1 磷酸化磷酸化是通过酶催化将磷酸基团连接到蛋白质上的氨基酸残基上。
这个修饰方式可以调控蛋白质的活性、稳定性和相互作用。
磷酸化的氨基酸残基包括丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸。
3.2 甲基化甲基化是指通过甲基转移酶将甲基基团连接到蛋白质上的氨基酸残基上。
这个修饰方式可以改变蛋白质的电荷、形状和相互作用，从而影响蛋白质的功能。
3.3 乙酰化乙酰化是指通过酰基转移酶将乙酰基团连接到蛋白质上的赖氨酸残基上。
这个修饰方式可以改变蛋白质的电荷和相互作用，从而调控蛋白质的稳定性和功能。
3.4 糖基化糖基化是指通过糖转移酶将糖基团连接到蛋白质上的羟基或氨基残基上。
这个修饰方式可以改变蛋白质的电荷、稳定性和相互作用。
糖基化的蛋白质通常被称为糖蛋白。
蛋白质翻译后修饰和蛋白质相互作用的研究
蛋白质翻译后修饰和蛋白质相互作用的研究蛋白质是细胞内重要的生物大分子之一，担负着各种功能。
蛋白质的生物功能与其结构密不可分，蛋白质分子的结构和功能是通过蛋白质翻译后的修饰和相互作用进行调控的。
蛋白质翻译后修饰是指蛋白质在合成后的修饰。
这些修饰包括蛋白质的磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等，这些化学修饰可以改变蛋白质分子的三维构象，从而影响蛋白质的生物活性、局部稳定性和相互作用。
磷酸化修饰是最常见的一种蛋白质修饰方式之一，例如细胞周期蛋白激酶（CDK）磷酸化可以导致细胞周期进程的调节。
除了生物大分子内部的蛋白质修饰，蛋白质与其他生物大分子的相互作用也十分重要。
蛋白质相互作用可以改变蛋白质分子的构象和功能，从而影响细胞的生物学过程。
蛋白质与蛋白质的相互作用，例如酶的催化、信号转导等，这些相互作用往往具有特异性和多样性。
此外，蛋白质与各种配体的相互作用也是十分重要的，例如受体与荷尔蒙、免疫球蛋白与抗原、血红蛋白与氧气等。
近年来，蛋白质翻译后修饰与蛋白质相互作用已成为研究热点。
随着各种现代生物技术的迅速发展，例如蛋白质组学、蛋白质质谱学、蛋白质晶体学等，研究人员可以更准确地解析蛋白质的结构和功能。
通过对蛋白质修饰的分析和生物大分子之间的相互作用，可以进一步揭示生物体内复杂的生物学事件，例如蛋白质降解、信号转导、基因表达调节等。
同时，这些研究也为发现肿瘤、病原体、自身免疫等疾病的新靶标提供了借鉴和思路。
除此之外，同时关注蛋白质翻译后修饰和蛋白质相互作用的研究也扩大了对药物结构和药效的理解，从而有利于新药研发。
例如，因特殊修饰而激活或抑制一些特定的蛋白质，研究人员可以针对这些修饰点开发有针对性的新药物。
同时，发现特定分子间相互作用失调引起的病理状态，对这些互作分子间相互作用进行调节，也可以成为治疗某些疾病的途径。
总之，蛋白质翻译后修饰和蛋白质相互作用是研究蛋白质结构和功能的重要方向之一。
这种对蛋白质的深入研究在生物学、医学和药学等多个领域具有重要意义。
蛋白翻译后修饰
百泰派克生物科技
蛋白翻译后修饰
很多蛋白质在加工合成过程中都要经历一个共价修饰的过程，即在相应酶作用条件下，通过在氨基酸残基处加上官能基团而改变蛋白质的性质，这种过程称为蛋白质翻译后修饰（PTMs, post-translation modifications）。
目前，已发现超过400多种不同的翻译后修饰，主要形式包括糖基化、磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等。
蛋白质翻译后修饰具有重要的生理意义，参与调节多项生命活动，如蛋白质的物理化学性质、活性状态、细胞定位、信号传导及蛋白之间的相互作用等。
蛋白质翻译后修饰组学主要研究蛋白质翻译后修饰的类型及发生该种修饰的水平。
目前，常用的蛋白质翻译后修饰鉴定方法有电泳法、色谱法、生物质谱等。
由于蛋白质翻译后修饰存在水平较低，形成的共价键不稳定，修饰前后差异不显著，种类多样且可能同时存在等问题，故对其进行鉴定有一定的难度，进而在研究中对修饰蛋白质进行富集分离至关重要。
百泰派克生物科技基于Thermo公司最新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪结合Nano-LC，提供蛋白质翻译后修饰组学服务，包括磷酸化/糖基化/泛素化/乙酰化/甲基化/二硫键等翻译后修饰鉴定，欢迎免费咨询。
蛋白质翻译后修饰
Chapter VChapter VPost‐translational ModificationOf ProteinsOne gene more proteinsOne gene, more proteins•蛋白质翻译后修饰（PTM）是指蛋白质在翻译中或翻译后经历的个共价加工过程，即通过1个或几个氨基酸残基加上修饰的一个基团或通过蛋白质水解剪去基团而改变蛋白质的性质。
•从定义的角度，可以如下理解蛋白质翻译后修饰：1. 对某氨基酸的修饰包括共价连接简单的官能团（如乙酰基或磷酸基）1对某一氨基酸的修饰包括和引入一些复杂结构，如脂类和糖类。
2. 将已经结束翻译的转录本产物切割成成熟的形式，如信号肽或活性肽的加工等。
3. 氨基酸的交联，如丝氨酸和酪氨酸。
•可以说，蛋白质组中任一蛋白质都能在翻译时或翻译后进行修饰。
不同类型的修饰都会影响蛋白质的电荷状态、疏水性、构饰不同类型的修饰都会影响蛋白质的象和（或）稳定性，最终影响其功能。
•诸多实例表明蛋白质的修饰都采取一种可逆模式‐“开”或“关”的状态行或者调节蛋白质的功能或者作为个真实的分的状态进行，或者调节蛋白质的功能，或者作为一个真实的分子开关。
•目前已发现300多种不同的翻译后修饰，主要形式包括磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化、羧基化、核糖基化以及二硫键的配对等。
等•加入官能团乙酰化—通常于蛋白质的N末端加入乙酰。
磷酸化—加入磷酸根至Ser、Tyr、Thr或His。
糖化—将糖基加入Asn、羟离氨酸、Ser或Thr，形成糖蛋白。
烷基化加入如甲基或乙基等烷基。
—甲基化—烷基化中常见的一种，在Lys、Arg等的侧链氨基上加入甲基。
生物素化—主要有组蛋白的生物素酰化修饰，由羧化全酶合成酶与组蛋白直接相互作用完成，以及生物素附加物令赖氨酸残基酰化。
以及生物素附加物令赖氨酸残基酰化谷氨酸化—谷氨酸与导管素及其他蛋白质之间建立共价键。
甘氨酸化—一个至超过40种甘氨酸与导管素的C末端建立共价键。
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抗体免疫印迹法
蛋白样品的制备 双向电泳 检测
考染或者银染 免疫印迹（磷酸化特异抗体）
差异点分析 检测
抗体免疫印迹法
优点
灵敏 直观
克服同位素法的局限
无同位素污染，操作相对方便 可检测无磷酸化转换的蛋白 能区分不同残基的磷酸化
磷酸化肽段的分离和富集
使用磷酸化蛋白的抗体 IMAC法 磷酸基团亲和取代
息）； 研究糖基化的功能（即功能信息）
蛋白质组学分析糖蛋白
糖含量 糖苷键类型 糖基化位点
糖含量的测定
比较糖苷内切酶作用前后糖蛋白的分子量
糖苷键酶F作用前
糖苷键酶F作用后
糖苷键酶F：切断N-连接 五糖核心最内侧的 GlcNAc-GlcNAc，剩一个 GlcNAc源自核糖核酸酶B中糖基含量测定
氨基酸序列的测定
m/z=4792.23
TSAASSSNYCNQM
RQHMDSSTSAASSSNYCNQ MMKSRNLTKDRCKPVNTF VHE
糖基化类型的分析
糖蛋白进行蛋白酶切，得到含糖肽段，对肽段直接 进行ESI-MS/MS，以及MALDI-TOF-MS的PSD， 可以直接得到单糖碎片，从而确定糖链结构。
对磷酸化肽段中的酸性残基进行了预先的甲基酯化，封闭了上述 氨基酸的酸性侧链。
IMAC
填料－交联剂－金属螯合剂－金属离子
MS MS/MS
磷酸基团亲和取代
将磷酸肽上的磷酸基团用另一种配基取代， 再用亲和纯化的方法分离富集磷酸肽
生物素取代
生物素取代
以-干酪素做测试
磷酸肽的识别
MALDI－TOF－MS结合磷酸酶水解法 磷酸酯酶处理蛋白质的前后，磷酸化肽段的质量数会有变化，比较 前后图谱，寻找质量数变化80或98Da和强度增大的信号就很可能是 磷酸化肽段。 丝氨酸和苏氨酸磷酸化肽段的质量变化可能是80Da，也可能是98Da； 酪氨酸磷酸化肽段只有80Da的质量数变化
糖苷键类型
N连接：天冬酰胺序列子Asn-X-Thr/Ser O连接:Ser/Thr 糖基磷脂酰肌醇锚 (glycosyl phophotidylinositol, GPI)：通常
是一些细胞膜蛋白或细胞壁蛋白，通过肌醇和细胞膜磷脂层 结合
蛋白质糖基化研究的基本目标
寻找编码糖蛋白的基因（即基因组信息）； 寻找糖基化位点（即糖基化位点信息）； 解析糖链及糖基化肽段的结构（即结构信
蛋白质组学在磷酸化分析中的困难
磷酸化蛋白质在细胞内的蛋白质中是相对较 低丰度的；
即使我们找到一种磷酸化蛋白质，也不能排 除有该蛋白质的其他磷酸化形式存在；
细胞内有很多磷酸酯酶，在样品处理时，这 些酶很容易将磷酸基团脱掉；
磷酸化蛋白质酶解后的磷酸化肽段，因为其 化学性质的负电性，在质谱技术中面临着难 以质子化的困难。
磷酸化蛋白质的检测
32P放射性同位素法 抗体免疫印迹法
32P放射性同位素法
-32P-ATP渗入培养 蛋白样品的制备 双向电泳 检测
考染或者银染 放射自显影
差异点分析 检测
autoradiography
放射性同位素法
优点
灵敏 直观
局限
同位素污染，操作不方便 若磷酸化转换速率低，则难以检测 不能区分不同残基的磷酸化
蛋白质磷酸化
磷酸化是通过蛋白质激酶将ATP 的磷酸基转移到蛋 白的特定位点上的过程.
Protein + ATP 激酶 protein-P + ADP
至少有30%的蛋白被磷酸化修饰 大部分蛋白磷酸化是可逆的 磷酸化的作用位点
真核生物的Ser，Thr，Tyr 残基. 原核生物的His，Asp，Glu
序列和磷酸化位点。 磷酸化位点产生丢失80kD或者98kD的子离子。
糖基化的蛋白质组学研究
糖基化蛋白的生物学意义
在真核细胞中，有一半以上的蛋白质被糖基化 蛋白质糖基化在蛋白质折叠、蛋白质定位和转运、
蛋白质溶解性、抗原性以及细胞与细胞的相互作用 等方面都有着重要的作用 细胞膜的许多蛋白质是以糖蛋白形式存在 糖低聚物在细胞间信号传递中也起了重要的作用 成为免疫系统调控和癌症治疗的最重要的线索之一 糖链比核酸和蛋白质在结构上更具有可变性，复杂 性
磷酸化蛋白的抗体
目前已经开发出针对 特异磷酸化位点的单 克隆抗体，-pTyr， -pSer， -pThr
利用这些单克隆抗体 进行亲和纯化，可以 分离和富集特定磷酸 化的蛋白
固定金属鳌和亲和层析(Immobilized
metal affinity chromatography ，IMAC)
IMAC技术是用于富集磷酸化的肽段，对磷酸化蛋白质的 富集是无效的。
The End!
衣着标准
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PSD－MALDI－TOF－MS
PSD：源后衰变（post-source decay），母离子在飞行中发生断裂，丢 失一个中性分子。磷酸化肽段丢失HPO3或者H3PO4，产生质量数减少 80kD或者98kD的子离子。
磷酸化位点的确定
用串联质谱（MS/MS）对磷酸化肽进行分析。 将磷酸化肽打碎，产生全部碎片离子，根据离子数量推断肽
糖基化类型及其位点的分析
糖苷内切酶和蛋白酶结合的方法
先用糖苷内切酶消化，再用蛋白酶消化，通 过分析糖苷酶作用前后MS发生位移的肽段， 即可确定含糖基化的肽段
结合串联质谱，可进一步分析糖基化肽段的 氨基酸序列，从而发现糖基化位点
核糖核酸酶B中糖基化位点的分析
糖苷键酶F作用前
糖苷键酶F作用后 剩一个GlcNAc
利用了磷酸基团的负电性，与IMAC柱上的带正电的金属 离子结合，从而起到纯化的作用。
IMAC技术对丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化都有效 IMAC技术使用的金属离子主要是Fe3+、Ga3+ 、Cu2+等 最主要的缺点是特异性不强：IMAC柱上的正电荷位点同
样会与肽段中的天冬氨酸、谷氨酸和组氨酸残基结合