Topos40软件分析MOFs拓扑实例
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• 对简单的化合物，智能化程度较高，如ZIF-8，全部按照默认操作进 行即可。
• 不具备纠错功能。 • 分析拓扑的目的在于简化，便于结构描述和他人的认知，单纯的new
topology 没有任何意义。对同一结构，不同的人进行分析可能会得 到不同的结果，没有对错之分，关键是选取节点要有一定的化学意 义，和结构描述有关联性。因此，做拓扑分析前，需要对化合物的 结构很熟悉，做到心中有数，合理选取节点。
Topos4.0软件官方网站： http://www.topos.ssu.samara.ru/
Kit文件下载
软件使用检查
主要功能简介
IsoTest ADS
DiAn (Distances and Angles)
HSite AutoCN
Dirichlet
IsoCryst
主要功能简介
分析MOFs拓扑实例
• 运行“ADS”，点击图标，
分析结果。
Zif-8为例分析MOFs拓扑的具体流程
双击此代码， 查看ZIF-8的一些信息。
运行“IsoCryst”
运行auto CN
运行“ADS”
多核金属和簇单元处理-配位键弱化成氢键
Zhong min Su, CrystEngComm. 2012, DOI: 10.1039/c0xx00000x
Import，IsoCryst
AutoCN
Simplify adjacent matrix
IsoCryst
ADS
Isocryst
ADS
Export
diamond
AutoCN
ADS
小结
• Topos4.0功能强大。除分析拓扑外， 作图（isocryst）； 分析tilings， 产生3dt软件的输入文件； 导出各种不同格式文件，cif文件可用于diamond作图， systre.cgd文 件可用于systre 软件的输入文件；等等。
Topos4.0软件 分析MOFs拓扑实例
主要内容
• Topos4.0软件下载
官方网站：http://www.topos.ssu.samara.ru/
• 软件使用前检查及主要功能简介 • Topos4.0分析MOFs拓扑实例
Topos4.0软件下载
可以直接在http://www.topos.ssu.samara.ru 网站上免费 注册下载。除主程序之外，网站还提供说明帮助文件 以及使用教程。 为方便大家使用，网站把主程序和ttd，tto等文件集成 在一起，制作成kit文件。我们只需要下载kit文件，解 压即可使用。
Import .cif
IsoCryst
AutoCN
IsoCryst
ADS
Simplify adjacent matrix
ADS
断键型分子筛-LTA 拓扑分析
Hai-Xia Zhang, Jian Zhang*, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (31), 11884–11887
1. 以ZIF-8 为例，演示topos4.0软件分析 MOF拓扑类型的具体流程
2. 多核金属和簇单元处理 3. 断键型分子筛-LTA 拓扑分析
具体流程
• .cif 文件导入，生成.cmp文件；
• 运行“IsoCryst”，点击图标， 查看分 析结构；
• 运行“autoCN”，点击图标， 位数；
分析配
谢谢大家！
• 不具备纠错功能。 • 分析拓扑的目的在于简化，便于结构描述和他人的认知，单纯的new
topology 没有任何意义。对同一结构，不同的人进行分析可能会得 到不同的结果，没有对错之分，关键是选取节点要有一定的化学意 义，和结构描述有关联性。因此，做拓扑分析前，需要对化合物的 结构很熟悉，做到心中有数，合理选取节点。
Topos4.0软件官方网站： http://www.topos.ssu.samara.ru/
Kit文件下载
软件使用检查
主要功能简介
IsoTest ADS
DiAn (Distances and Angles)
HSite AutoCN
Dirichlet
IsoCryst
主要功能简介
分析MOFs拓扑实例
• 运行“ADS”，点击图标，
分析结果。
Zif-8为例分析MOFs拓扑的具体流程
双击此代码， 查看ZIF-8的一些信息。
运行“IsoCryst”
运行auto CN
运行“ADS”
多核金属和簇单元处理-配位键弱化成氢键
Zhong min Su, CrystEngComm. 2012, DOI: 10.1039/c0xx00000x
Import，IsoCryst
AutoCN
Simplify adjacent matrix
IsoCryst
ADS
Isocryst
ADS
Export
diamond
AutoCN
ADS
小结
• Topos4.0功能强大。除分析拓扑外， 作图（isocryst）； 分析tilings， 产生3dt软件的输入文件； 导出各种不同格式文件，cif文件可用于diamond作图， systre.cgd文 件可用于systre 软件的输入文件；等等。
Topos4.0软件 分析MOFs拓扑实例
主要内容
• Topos4.0软件下载
官方网站：http://www.topos.ssu.samara.ru/
• 软件使用前检查及主要功能简介 • Topos4.0分析MOFs拓扑实例
Topos4.0软件下载
可以直接在http://www.topos.ssu.samara.ru 网站上免费 注册下载。除主程序之外，网站还提供说明帮助文件 以及使用教程。 为方便大家使用，网站把主程序和ttd，tto等文件集成 在一起，制作成kit文件。我们只需要下载kit文件，解 压即可使用。
Import .cif
IsoCryst
AutoCN
IsoCryst
ADS
Simplify adjacent matrix
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断键型分子筛-LTA 拓扑分析
Hai-Xia Zhang, Jian Zhang*, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (31), 11884–11887
1. 以ZIF-8 为例，演示topos4.0软件分析 MOF拓扑类型的具体流程
2. 多核金属和簇单元处理 3. 断键型分子筛-LTA 拓扑分析
具体流程
• .cif 文件导入，生成.cmp文件；
• 运行“IsoCryst”，点击图标， 查看分 析结构；
• 运行“autoCN”，点击图标， 位数；
分析配
谢谢大家！