蛋白三维结构预测显示及分析
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第三章蛋白质空间结构显示、
分析及预测
一、蛋白质结构数据库
仔细浏览一遍!!!
结构数据的检索
(关键词或代码)
代码2CRD
结构数据的信息
基本信息及文献
方法及结构信息
结构间的信息
结构数据的信息(2CRD)
Growth of PDB structures
约53384个结构
Quality from PDB Files Resolution: < 2 Ågood
2-3 Åreasonable
> 3 Ådon't use
蛋白质空间结构的显示
主要软件:
RasTop
Swiss-PdbViewer
RasTop的使用
RasTop的使用(自学为主)
RasTop的使用界面
ChTX(2CRD.pdb-NMR)
KcsA(1BL8.pdb-X-ray)
Swiss-PdbViewer的使用
ChTX(2CRD.pdb-NMR)
12 个构象
打开1个结构(2CRD.pdb)
打开12个结构(2CRD.pdb)
获取每个结构的方法
结构的不同显示方式
蛋白质空间结构特征的分析
一、不同类型残基的分布
二、残基分布与蛋白质的静电性质
三、残基分布与其的溶剂可及性
四、邻近残基的选择及氢键分析
五、蛋白质结构的刚性与柔性
六、蛋白质结构的相似性分析
不同类型残基的分布
ChTX:碱性残基的分布(7 aa)
酸性残基的分布(1 aa)
极性残基的分布(14 aa)
非极性残基的分布(14 aa)
Kv1.3:残基的分布特征
Kv1.3:碱性残基的分布(12 aa)
酸性残基的分布(24 aa)
极性残基的分布
非极性残基的分布
蛋白质空间结构特征的分析
一、不同类型残基的分布
二、残基分布与蛋白质的静电性质
三、残基分布与其的溶剂可及性
四、邻近残基的选择及氢键分析
五、蛋白质结构的刚性与柔性
六、蛋白质结构的相似性分析
ChTX:酸/
碱性残基的分布残基分布与蛋白质的静电性质
软件的使用
ChTX的静电势分析
Kv1.3 :酸/碱性残基的分布
Kv1.3 的静电势分析
蛋白质空间结构特征的分析
一、不同类型残基的分布
二、残基分布与蛋白质的静电性质
三、残基分布与其的溶剂可及性
四、邻近残基的选择及氢键分析
五、蛋白质结构的刚性与柔性
六、蛋白质结构的相似性分析
软件的使用
残基分布与其的溶剂可及性
ChTX:非极性残基的分布
残基的溶剂可及性(>20%)