NCBI数据库的使用与功能介绍ppt课件
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National Center of Biotechnology
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NCB百度文库的任务：
建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知 识的存储和分析的自动系统 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的 结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方 法的研究 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库 和软件的使用 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力
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利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter
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如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
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mRNA序列：
蛋白序列：
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已知一基因序列：
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Gene info：17号染色体
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功能注释：Gene Ontology
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该基因定位于 人体第17条染 色体，基因表 示符为：NM001168.2 初步的功能分 析：细胞周期 ，caspase酶的 抑制因子等
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获取蛋白质的序列信息 该蛋白质中包含142个氨基酸，精序品课列件 标识符为：NP-001159.2 27
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
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NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发 GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检 索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和 SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有 关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地 结合在一起。
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1、这是哪个基因？ 2、编码的蛋白质 序列是怎么样的? 3、有没有保守的功能结构域？ 4、它的功能是怎样的？ 5、有没有三级结构？
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• BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种 比较方法可选择：
• Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较
• Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。
NCBI 数据库
——邱婷
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NCBI分子生物学数据库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
美国国立医学图书馆 (NLM)于1988年11月4日 建立国家生物技术信息中 心(National Center of Biotechnology Information ，简称NCBI)
获取FASTA序列
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Find domain
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填入蛋白质的FASTA序列并提交
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BIR domain
具有保守的功能结构域BIR
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三级结构显示
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以IL6基因为例：
如何查找基因序列、mRNA、Promoter 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
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利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子 Promoter
Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常 有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可 以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、 基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细 胞遗传学图、EST、SNP等等许多有用的信息。
• Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较， 可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。
• Tblastn：一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据 库比较。
• Tblastx：一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种 读框比较，但由于计算太复杂在网页中不能应用。
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