高通量基因组测序中 测序深度,覆盖度

高通量基因组测序中，什么是测序深度和覆盖度？
1G=1024M
测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。

假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。

(测序深度=总数据量20M/基因组大小2M=10X)
覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。

由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。

例如一个细菌基因组测序，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。

序的个体，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP)，插入缺失位点(InDel，Insertion/Deletion)、结构变异位点(SV，
技术路线
提取基因组DNA，利用Covaris进行随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段(0.2~5Kb)，加上接头, 进行cluster制备(Solexa)或E-PCR (SOLiD)，最后利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法对插入片段进行重测序。

图1-1，以SOLiD为例，说明整个实验方案。

高效策略，外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、Indel 等具有较大的优势。

外显子(expressed region)是真核生物基因的一部分，它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。

外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列，又称表达序列。

既存在于最初的转录产物中，也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列。

在人类基因中大约有180,000外显子，占人类基因组的1%，约30MB。