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（3）在综合分类学框架下首次完成了多个物种的条形码数据库构建 对核基因不同高变区和 COI 基因 作为 DNA 条形码的功效进行了评估、筛选和对比，明确了 COI 基因和 28SrRNA 基因 D1-D2 区适于刻画近缘种或隐存种, 并基于此构建了共计 83 个物种的基因条形码数据库。
（4）基于转录组数据揭示了纤毛虫演化关系及遗传机制 利用组学数据分析纤毛虫典型代表种类 的演化关系，发现表层胞质蛋白的转录/表达水平与纤毛虫部分形态学特征存在相关性，为揭 示纤毛虫独特的遗传机制提供了重要依据。
姓 名 苗苗 工作单位 中国科学院大学
排 名6
技术职称 副教授
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
中国原生动物学会青年科技奖（2015） 山东省优秀博士学位论文（2010） John O. Corliss Ciliate Systematics Award提名奖（2009）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
4. 主要完成人情况表：
姓 名 伊珍珍
排 名1
技术职称 教授
工作单位 华南师范大学
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
全国优秀博士学位论文提名奖（2012） 中国原生动物学会青年科技奖（2015） 广东省特支计划百千万工程青年拔尖人才（2015） 山东省优秀博士学位论文（2011） 广东省高等学校优秀青年教师培养对象（2013） 广州市珠江科技新星（2016） 山东省研究生优秀科技创新成果奖一等奖（2009、2012）
Reconsideration of systematic relationships within the order Euplotida (Protista, Ciliophora) using new sequences of the gene coding for small-subunit 2 rRNA and testing the use of combined data sets to construct phylogenies of the Diophrys-complex/ Molecular Phylogenetics and Evolution/ Yi Z., Song W., Clamp J., Chen Z., Gao S., Zhang Q.
姓 名 张倩倩 工作单位 中国科学院烟台海岸带研究所
排 名4
技术职称 副研究员
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
山东省研究生优秀科技创新成果奖一等奖（2012） 山东省优秀博士学位论文（2013） 中国科学院青年促进会会员（2019）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
1）系统性地展开海洋裂口纲纤毛虫 14 个种属的多基因测序，对颇有争议的赤潮纤毛 虫系统地位展开讨论，是代表作 1 的第一作者；2）综合形态、细胞发生和分子信息，引 入 AU 检验方法和同源位点共享区域比对方法，对海洋浮游前口类，具有重要进化地位的 篮口类、寡膜类居间类群等 7 个亚纲级类群的分子系统进化展开探讨；是代表作 8 的第一 作者；是重要贡献 2 的完成人之一。
1）结合形态学、发生学以及前人的工作，对吸管亚纲、盘头目、盾纤类、异毛类等的系统发 生关系进行了深入分析和探讨；是代表论文 7 和重要贡献 2 的主要完成人之一。2）首次报道了具 沟急游虫 Strombidium sulcatum 深度测序分析的 RNA-seq 数据并获得其转录组特征，系统发育基因 组学分析显示，纤毛虫的亲缘关系在纲级水平上具有相似的拓扑学结构；3）通过比较 14 种纤毛 虫的转录组数据，发现表层胞质蛋白的转录/表达水平与纤毛虫部分形态学特征存在一定的相关性， 为揭示纤毛虫独特的遗传机制提供依据；是代表作 6 的通讯作者。
（2）开展了全球最大的纤毛虫遗传信息库的构建，构成了国际纤毛虫数据库的重要组成部分 包括纤毛 虫 DNA 库、标记基因库、单细胞组学信息库 3 个信息库：完成了全球最大、覆盖范围最广、 包括了 1700 余种/种群纤毛虫的 DNA 库构建；在此基础上，对 650 种/种群的 18S、5.8S、 28S、mtSSU、tubulin、COI 等标记基因测序，累计向 GenBank 提交基因序列 1300 余条，构 成了 GenBank 数据库的重要组分；同期完成了单细胞/常规组学信息库的初步构建，包括对代 表类群的 90 余种基因组/转录组的深度测序和初步解析。
姓 名 黄洁 工作单位 中国科学院水生生物研究所
排名5
技术职称 副研究员
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
中国科学院青年创新促进会会员（2019）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
1）利用多基因联合分析并结合形态学、发生学以及前人的工作，对游仆亚纲的系统发生关系进行 了全面地梳理和廓清；是代表论文 7 的主要完成人之一；2）基于多基因数据梳理了腹毛亚纲尾柱 目 12 个属的系统演化关系，揭示了核心尾柱类的单源性，建立了一个新属 Arcuseries 与异列虫属 的其他物种区分开；是代表论文 3 的第一作者，是重要贡献 2 的完成人之一。
1）利用多基因联合分析及组学信息，结合形态学、发生学以及前人的工作，在综合数据分析 的水平上，对整个纤毛门的系统发生关系进行了全面地梳理和廓清，给出了最新的纤毛门参考系 统； 2）首次基于多基因信息完成了对盾纤亚纲全面的系统修订，并完成了对寡毛亚纲和腹毛亚 纲内重要代表类群的系统关系清理，为相关类群的地位廓清提供了完整的分子信息支持；3）以尾 柱类为对象，详细分析和探讨了 SSU-rRNA 高变区的二级结构对于系统分析的价值，为探究纤毛 虫的系统关系提供了新视角；4）为主主持纤毛虫 DNA 库、标记基因库、单细胞组学信息库 3 个 信息库的构建，填补了纤毛虫分子信息的大量空白。是代表论文 7 的第一作者，是重要贡献 2 的 主要完成人之一。
5. 代表性论文、专著目录：
1.不超过 8 篇代表性论文、专著
序号
论文、专著 名称/刊名/作者
Insights into the phylogeny of systematically controversial haptorian ciliates (Ciliophora, 1 Litostomatea) based on multigene analyses/ Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences/ Zhang Q., Simpson A., Song W.
2019 年度高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）自然科学奖
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1. 项目名称：纤毛虫原生动物的分子系统演化与遗传信息库构建
2. 推荐单位：中国海洋大学
3. 项目简介：
纤毛虫原生动物以其特殊的接合生殖模式和细胞内同时具有两套相互独立的遗传信息 （同时存在大、小核）等重要特征，长期以来在细胞学、进化生物学、遗传学、共生与适 应机制、环境生物学、生态学等领域均被视为重要的模式材料和研究对象。作为一个长期 备受关注的重要科学问题：该类单细胞真核生物在地球上存在超过了 10 亿年，在其高度 多样性的表象下，其内部经历了怎样的系统演化事件和分化历程？在国家基金重点项目及 10 余个面上项目的持续资助下，申报人及所在团队在掌握、解析新材料、新数据的基础上， 借助基因测序、生物信息学分析等手段，系统、全方位地开展了纤毛门原生动物的系统演 化、DNA 条形码筛选、遗传信息库构建、重要代表物种遗传信息的深度解析、系统分析方 法学探讨等研究，取得了如下重要科学发现：
（1）首次基于多基因分子系统学完成了对整个纤毛门 55 个目级阶元及内部重要类群的系统构建与亲缘关
系探讨，构成了近年来国际纤毛虫系统学研究的代表性成果之一 利用以核糖体亚基基因和微管蛋白 为核心的多基因联合分析、结合形态学、个体发育等特征，首次系统地重建和梳理全面覆盖 纤毛门内 55 个目级阶元的系统进化关系；在国际上新建立了克鲁纲、中缢纲、原腹毛亚纲、 林奇目 4 个高阶阶元；诠释了长期存疑的腹毛类、游仆类、盾纤类、管口类、侧口类等多个 纲目级阶元内部类群间的地位及外延、系统关系等;澄清了包括凯毛虫等大量存疑类群的系统 地位。
14
是
Three-gene based phylogeny of the Urostyloidea
3
(Protista, Ciliophora, Hypotricha), with notes on classification of some core taxa/Molecular 3.916 2014(70):337-347 Phylogenetics and Evolution/ Huang J., Chen Z.,
影响 因子
年卷页码 年(卷):页码
5.683
2012(279):2625-26 35
3.556 2009(50): 599-607
发表年月 通讯作者/第一作者 (中文名)
2012 年 7 月
宋微波/张倩倩
2009 年 3 月
宋微波/伊珍珍
SCI
他引 是 否
他引次 总 次 国 内
数
数
完成
18
18
是
14
姓 名 高凤 工作单位 中国海洋大学
排 名2
技术职称 副教授
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
中国科协“青年人才托举工程”（2017-2019） 中国原生动物学会青年科技奖（2017） 山东省优秀博士学位论文（2015） 山东省研究生优秀科技创新成果奖二等奖（2014）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
（1）利用多基因联合分析对纤毛门 55 个目级阶元进行了全景式的清理，重点开展了尾柱目、 游仆目等的系统重建工作，明确了若干地位长期存疑的属、种的系统位置。是代表论文 2、7、8 的主要完成人之一。（2）开展了对纤毛虫系统树构建理论方法的系列开拓探索性研究，首次提出 构建纤毛虫多基因系统树时，应根据单基因数据集的完整程度选择不同标准评判该基因是否可用 于联合基因建树。是代表论文 5 的第一作者。（3）申请人与合作者综合比较了 6 个不同区段的纤 毛虫物种区分效力，提出 28S rDNA D2、COI、ITS1、ITS2 为区分近源物种的良好标记，首次明 确了前口虫属等基于序列的物种区分界限。是代表论文 4 的通讯作者，重要贡献 2 的主要完成人 之一。
上述工作先后形成 SCI 论文 49 篇，他引 630 余次，包括 JCR 一区期刊论文 25 篇；其中 15 篇系列论文连续发表在领域权威级刊物《Molecular Phylogenetics and Evolution》及 《Proceedings B》上。 8 篇代表作引起国内外同行的广泛关注，并被《Molecular Biology and Evolution》等进化领域顶尖期刊文章多次正面引用，总计他引 110 Biblioteka Baidu。鉴于上述成果和影响， 6 名项目完成人分别获得多项学术褒奖及领域认可。
姓 名 赵研 工作单位 中国科学院生态环境研究中心
排名3
技术职称 助理研究员
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
国际原生动物学家学会 Holz-Conner travel award（2015）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
1）基于物种丰富的 Paramecium 属各物种、种群评估了 148 条线粒体细胞色素 c 亚基 I 作 为 DNA 条形码的功效，明确了线粒体 COI 基因在物种鉴定上的优势及发现隐存种的潜力，且首 次揭示了 COI 基因在草履虫同一个物种、不同种群、不同个体水平上的异质性；2）利用综合分 类学的方法，在传统分类学的框架下，对 32 个 Frontonia 类群的 6 个 DNA 条码候选基因进行了 筛选和评估，明确了 COI 基因作为近缘物种物种界定的优势，且挖掘了核基因代表大核糖体亚基 D1-D2 高变区作为候选 DNA 条码的优势。是代表作 4 的第一作者。
2014 年 1 月
宋微波/黄洁
Song W., Berger H.
11
11
是
Utility of combining morphological characters,
（4）基于转录组数据揭示了纤毛虫演化关系及遗传机制 利用组学数据分析纤毛虫典型代表种类 的演化关系，发现表层胞质蛋白的转录/表达水平与纤毛虫部分形态学特征存在相关性，为揭 示纤毛虫独特的遗传机制提供了重要依据。
姓 名 苗苗 工作单位 中国科学院大学
排 名6
技术职称 副教授
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
中国原生动物学会青年科技奖（2015） 山东省优秀博士学位论文（2010） John O. Corliss Ciliate Systematics Award提名奖（2009）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
4. 主要完成人情况表：
姓 名 伊珍珍
排 名1
技术职称 教授
工作单位 华南师范大学
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
全国优秀博士学位论文提名奖（2012） 中国原生动物学会青年科技奖（2015） 广东省特支计划百千万工程青年拔尖人才（2015） 山东省优秀博士学位论文（2011） 广东省高等学校优秀青年教师培养对象（2013） 广州市珠江科技新星（2016） 山东省研究生优秀科技创新成果奖一等奖（2009、2012）
Reconsideration of systematic relationships within the order Euplotida (Protista, Ciliophora) using new sequences of the gene coding for small-subunit 2 rRNA and testing the use of combined data sets to construct phylogenies of the Diophrys-complex/ Molecular Phylogenetics and Evolution/ Yi Z., Song W., Clamp J., Chen Z., Gao S., Zhang Q.
姓 名 张倩倩 工作单位 中国科学院烟台海岸带研究所
排 名4
技术职称 副研究员
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
山东省研究生优秀科技创新成果奖一等奖（2012） 山东省优秀博士学位论文（2013） 中国科学院青年促进会会员（2019）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
1）系统性地展开海洋裂口纲纤毛虫 14 个种属的多基因测序，对颇有争议的赤潮纤毛 虫系统地位展开讨论，是代表作 1 的第一作者；2）综合形态、细胞发生和分子信息，引 入 AU 检验方法和同源位点共享区域比对方法，对海洋浮游前口类，具有重要进化地位的 篮口类、寡膜类居间类群等 7 个亚纲级类群的分子系统进化展开探讨；是代表作 8 的第一 作者；是重要贡献 2 的完成人之一。
1）结合形态学、发生学以及前人的工作，对吸管亚纲、盘头目、盾纤类、异毛类等的系统发 生关系进行了深入分析和探讨；是代表论文 7 和重要贡献 2 的主要完成人之一。2）首次报道了具 沟急游虫 Strombidium sulcatum 深度测序分析的 RNA-seq 数据并获得其转录组特征，系统发育基因 组学分析显示，纤毛虫的亲缘关系在纲级水平上具有相似的拓扑学结构；3）通过比较 14 种纤毛 虫的转录组数据，发现表层胞质蛋白的转录/表达水平与纤毛虫部分形态学特征存在一定的相关性， 为揭示纤毛虫独特的遗传机制提供依据；是代表作 6 的通讯作者。
（2）开展了全球最大的纤毛虫遗传信息库的构建，构成了国际纤毛虫数据库的重要组成部分 包括纤毛 虫 DNA 库、标记基因库、单细胞组学信息库 3 个信息库：完成了全球最大、覆盖范围最广、 包括了 1700 余种/种群纤毛虫的 DNA 库构建；在此基础上，对 650 种/种群的 18S、5.8S、 28S、mtSSU、tubulin、COI 等标记基因测序，累计向 GenBank 提交基因序列 1300 余条，构 成了 GenBank 数据库的重要组分；同期完成了单细胞/常规组学信息库的初步构建，包括对代 表类群的 90 余种基因组/转录组的深度测序和初步解析。
姓 名 黄洁 工作单位 中国科学院水生生物研究所
排名5
技术职称 副研究员
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
中国科学院青年创新促进会会员（2019）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
1）利用多基因联合分析并结合形态学、发生学以及前人的工作，对游仆亚纲的系统发生关系进行 了全面地梳理和廓清；是代表论文 7 的主要完成人之一；2）基于多基因数据梳理了腹毛亚纲尾柱 目 12 个属的系统演化关系，揭示了核心尾柱类的单源性，建立了一个新属 Arcuseries 与异列虫属 的其他物种区分开；是代表论文 3 的第一作者，是重要贡献 2 的完成人之一。
1）利用多基因联合分析及组学信息，结合形态学、发生学以及前人的工作，在综合数据分析 的水平上，对整个纤毛门的系统发生关系进行了全面地梳理和廓清，给出了最新的纤毛门参考系 统； 2）首次基于多基因信息完成了对盾纤亚纲全面的系统修订，并完成了对寡毛亚纲和腹毛亚 纲内重要代表类群的系统关系清理，为相关类群的地位廓清提供了完整的分子信息支持；3）以尾 柱类为对象，详细分析和探讨了 SSU-rRNA 高变区的二级结构对于系统分析的价值，为探究纤毛 虫的系统关系提供了新视角；4）为主主持纤毛虫 DNA 库、标记基因库、单细胞组学信息库 3 个 信息库的构建，填补了纤毛虫分子信息的大量空白。是代表论文 7 的第一作者，是重要贡献 2 的 主要完成人之一。
5. 代表性论文、专著目录：
1.不超过 8 篇代表性论文、专著
序号
论文、专著 名称/刊名/作者
Insights into the phylogeny of systematically controversial haptorian ciliates (Ciliophora, 1 Litostomatea) based on multigene analyses/ Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences/ Zhang Q., Simpson A., Song W.
2019 年度高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）自然科学奖
推荐项目公示材料
1. 项目名称：纤毛虫原生动物的分子系统演化与遗传信息库构建
2. 推荐单位：中国海洋大学
3. 项目简介：
纤毛虫原生动物以其特殊的接合生殖模式和细胞内同时具有两套相互独立的遗传信息 （同时存在大、小核）等重要特征，长期以来在细胞学、进化生物学、遗传学、共生与适 应机制、环境生物学、生态学等领域均被视为重要的模式材料和研究对象。作为一个长期 备受关注的重要科学问题：该类单细胞真核生物在地球上存在超过了 10 亿年，在其高度 多样性的表象下，其内部经历了怎样的系统演化事件和分化历程？在国家基金重点项目及 10 余个面上项目的持续资助下，申报人及所在团队在掌握、解析新材料、新数据的基础上， 借助基因测序、生物信息学分析等手段，系统、全方位地开展了纤毛门原生动物的系统演 化、DNA 条形码筛选、遗传信息库构建、重要代表物种遗传信息的深度解析、系统分析方 法学探讨等研究，取得了如下重要科学发现：
（1）首次基于多基因分子系统学完成了对整个纤毛门 55 个目级阶元及内部重要类群的系统构建与亲缘关
系探讨，构成了近年来国际纤毛虫系统学研究的代表性成果之一 利用以核糖体亚基基因和微管蛋白 为核心的多基因联合分析、结合形态学、个体发育等特征，首次系统地重建和梳理全面覆盖 纤毛门内 55 个目级阶元的系统进化关系；在国际上新建立了克鲁纲、中缢纲、原腹毛亚纲、 林奇目 4 个高阶阶元；诠释了长期存疑的腹毛类、游仆类、盾纤类、管口类、侧口类等多个 纲目级阶元内部类群间的地位及外延、系统关系等;澄清了包括凯毛虫等大量存疑类群的系统 地位。
14
是
Three-gene based phylogeny of the Urostyloidea
3
(Protista, Ciliophora, Hypotricha), with notes on classification of some core taxa/Molecular 3.916 2014(70):337-347 Phylogenetics and Evolution/ Huang J., Chen Z.,
影响 因子
年卷页码 年(卷):页码
5.683
2012(279):2625-26 35
3.556 2009(50): 599-607
发表年月 通讯作者/第一作者 (中文名)
2012 年 7 月
宋微波/张倩倩
2009 年 3 月
宋微波/伊珍珍
SCI
他引 是 否
他引次 总 次 国 内
数
数
完成
18
18
是
14
姓 名 高凤 工作单位 中国海洋大学
排 名2
技术职称 副教授
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
中国科协“青年人才托举工程”（2017-2019） 中国原生动物学会青年科技奖（2017） 山东省优秀博士学位论文（2015） 山东省研究生优秀科技创新成果奖二等奖（2014）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
（1）利用多基因联合分析对纤毛门 55 个目级阶元进行了全景式的清理，重点开展了尾柱目、 游仆目等的系统重建工作，明确了若干地位长期存疑的属、种的系统位置。是代表论文 2、7、8 的主要完成人之一。（2）开展了对纤毛虫系统树构建理论方法的系列开拓探索性研究，首次提出 构建纤毛虫多基因系统树时，应根据单基因数据集的完整程度选择不同标准评判该基因是否可用 于联合基因建树。是代表论文 5 的第一作者。（3）申请人与合作者综合比较了 6 个不同区段的纤 毛虫物种区分效力，提出 28S rDNA D2、COI、ITS1、ITS2 为区分近源物种的良好标记，首次明 确了前口虫属等基于序列的物种区分界限。是代表论文 4 的通讯作者，重要贡献 2 的主要完成人 之一。
上述工作先后形成 SCI 论文 49 篇，他引 630 余次，包括 JCR 一区期刊论文 25 篇；其中 15 篇系列论文连续发表在领域权威级刊物《Molecular Phylogenetics and Evolution》及 《Proceedings B》上。 8 篇代表作引起国内外同行的广泛关注，并被《Molecular Biology and Evolution》等进化领域顶尖期刊文章多次正面引用，总计他引 110 Biblioteka Baidu。鉴于上述成果和影响， 6 名项目完成人分别获得多项学术褒奖及领域认可。
姓 名 赵研 工作单位 中国科学院生态环境研究中心
排名3
技术职称 助理研究员
完成单位 中国海洋大学
曾获科技奖励情况
国际原生动物学家学会 Holz-Conner travel award（2015）
本人对本项目主要学术贡献：（限 300 字）
1）基于物种丰富的 Paramecium 属各物种、种群评估了 148 条线粒体细胞色素 c 亚基 I 作 为 DNA 条形码的功效，明确了线粒体 COI 基因在物种鉴定上的优势及发现隐存种的潜力，且首 次揭示了 COI 基因在草履虫同一个物种、不同种群、不同个体水平上的异质性；2）利用综合分 类学的方法，在传统分类学的框架下，对 32 个 Frontonia 类群的 6 个 DNA 条码候选基因进行了 筛选和评估，明确了 COI 基因作为近缘物种物种界定的优势，且挖掘了核基因代表大核糖体亚基 D1-D2 高变区作为候选 DNA 条码的优势。是代表作 4 的第一作者。
2014 年 1 月
宋微波/黄洁
Song W., Berger H.
11
11
是
Utility of combining morphological characters,