linux系统介绍与入门——基础操作篇

Vi编辑
38
Vi编辑
退出和保存文件： 命令行模式：按 [Esc]键，退出编辑模式， 输入 ：q 退出 ：wq 保存并退出 ：q! 不保存并退出
提示：在此处回头实操
39
练习
• 使用 cat，less， head 等命令显示 文件 test.txt 的信息； • 练习 tar 和 gzip 命令； • 使用Vi 编辑 test.txt 文件 并使用vi 新建文 件； • 查看 cp , vim 的安装目录；
• Linux是什么？
– Linux是Unix类操作系统。Unix，Windows和苹果系统是 平行的（不同妈生的）。 – Linux的核心代码开放给所有人，征集意见并持续更新。 – 世界上运算最快的10台超级计算机运行的都是Linux操作 系统 - Linux系统是今天世界上使用最多的一种UNIX类操作系统 （Operation System, OS）
提示：在此处回头实操
26
练习
• 练习 mkdir, rmdir, ls, cd 等命令的用法； • 习惯使用 TAB 补齐信息；
27
文件操作
• 浏览文件列表: ls ls -l 显示详细信息（按字母顺序） ls -t 显示详细信息（按时间顺序） ls –l
28
文件操作
文件信息解读
29
• 创建文件 touch [文件名] $ ls . dir1 dir2 file1 file2 $ touch file3 $ ls . dir1 dir2 file1 file2 file3 • 复制文件 cp [文件名1] [文件名2或者目录名] $ cp file3 f3 # 将file3 复制，新文件名是f3 $ ls dir1 dir2 file1 file2 file3 f3 $ cp file3 dir1/ # 将file3 复制到文件夹dir1里 $ ls dir1 file3 cp /database/peixun/student/stu00/test.txt ./
23
文件夹操作
• 查看当前路径: pwd $ pwd /database/peixun/student/stu00 • 创建文件夹： mkdir [目录名] $ mkdir dir1 dir2 newDir # 在当前目录创建 dir1等三个文件夹 $ ls # 展示当前文件夹下的文件 dir1 dir2 newDir • 删除文件夹： rmdir [目录名] $ rmdir newDir # 删除文件夹 newDir, 出现询问，输入“y”,加
21
Linux 基本命令
• Linux 基本命令
– 目录操作 – 文件操作 – Vi 编辑 – 其他命令
22
3. Linux 基本命令
• 提示符$ – [用户名@地址~] $ 例： – [peixun2014@hg01 ~] $ • 操作指南 – man [操作命令] – [操作命令] --help
11
2. 为什么要学Linux
• Linux 这么“复杂”，有必要吗 – 没有windows“后退”,“关闭”,“右键”？ 10个左右的命令就足矣 – 文件操作命令难记？ Linux 自带帮助文档，Google会帮忙。 – 编程复杂？ 对文件数据的操作，大同小异，熟能生巧。
12
2. 为什么要学Linux
8
目录
• 1. Linux 简介 – Linux 是什么 – Linux 有什么 – Linux 怎么安装 • 2. 为什么要学Linux • 3. Linux 基本命令 – 目录操作 – 文件操作 – Vi编辑 • 4. 软件安装
9
2. 为什么要学Linux
• • • • Windows 不够用吗？ Linux 这么“复杂”，有必要吗 Linux 有什么优势？ 常规需要 & 科研需要
回车
$ ls dir1 dir2
24
文件夹操作
• 进入文件夹：cd [文件夹名] $ cd dir1 • 返回上级目录： cd .. $ cd .. # “..” 代表上一级目录 ; “.” 代表当前目录 • 浏览目录： ls [目录名] 默认为当面目录 $ ls
# 等效于 ls
.
dir1 dir2 $ ls /database/peixun/student/stu00 dir1 dir2 $ ls /database/peixun/student # 展示 student 文件夹下的所有文件
35
Linux命令使用常见错误
提示：在此处回头实操
36
Vi编辑
• Vi [文件名] • 往文件写入内容，或进行编辑
$ vi 123.txt #新建一个“123.txt”文本文件 $ vi test.txt #编辑已经存在的test 文本文件
37
• 编辑 • 插入模式： 按[i]，进入编辑模式，然后可以进行编辑。 • 使用键盘的上下左右键移动光标
20
练习——进入私人文件夹
1）登陆集群 2）逐行复制命令，然后在“putty”下点右 键粘贴（相当于复制），按回车执行
$ cd /database/peixun/student #cd 为进入文件夹 $ mkdir stuXX # 以自己的学号新建文件夹 $ cd stuXX # 进入自己新建的文件夹
进入个人文件夹
• 键入命令, 进入你自己的文件夹（如果你的 超算编号为stu00） $ cd /database/peixun/student #cd 为 进入文件夹 $ mkdir stu00 # 以自己的学号新建文件夹 $ cd stu00 # 进入自己新建的文件夹
备注： 1）后续的PPT中，在键入的命令前用$标注($不 必输入)，便于学员区分。 2） # 后为命令的注释，无需输入
25
文件夹操作
• Tab 自动补齐提示 输入 $ ls /database/peixun/stude # Tab在键盘最左边 然后按Tab键，看看会怎么样？ 输入 $ ls /database/peixun/student/stu 然后按Tab键，看看会怎么样？ 注：Tab键补齐信息，在linux系统以及后续的R软件 操作界面下是通用的，多使用这个方法。
Linux系统介绍与入门 ——基础操作篇
周煌凯 2014/7
1
目录
• 1. Linux 简介 – Linux 是什么 – Linux 有什么 – Linux 怎么安装 • 2. 为什么要学Linux • 3. Linux 基本命令 – 目录操作 – 文件操作 – Vi编辑 • 4. 软件安装
2
1. Linux简介
备注：在linux系统下没有回收站，删除的文件难以恢复 ，请谨慎使用
31
练习
• 熟悉 ls，touch，mv ,cp 的用法 • ls –l 并阅读输出的文件信息
32
文件wenku.baidu.com作
• 浏览整个文件 – cat [文件名]： 全部显示 $ cd [个人文件夹] $ cat test.txt – more [文件名]： 分页显示 – less [文件名]： 可向前向后滚动（利用键盘） 备注：按ESC 可以退出less 界面 – clear : 清理屏幕 • 浏览部分文件 – head -n N [文件名] : 显示文件开头N行（默认10行） – tail -n N [文件名]: 显示文件末尾N行（默认10行） $ head -3 test.txt # 展示文件的前3行 33
17
登陆超算系统
1）点击桌面的putty软件，输入IP，然后点击open 。
2）输入账号和密码 账号： peixun2014 密码： peixun123
备注：如桌面无putty 软件，可以到网上邻居的 资料库“培训相关软件”寻找
18
登陆服务器
• 打开putty软件，在”Host Name”下面输 入服务器地址。我们可用的地址为： 第一排：192.168.10.10， 第二排：192.168.10.11， 第三排：192.168.10.12， 第四&五排：192.168.10.13， 第六排以及之后：192.168.10.14
3
Linux 版本
• Linux至今有多种版本，都是采用Linux内 核
4
Linux 有什么
• Ubuntu桌面: 不同版本的Linux，外观风格和操作方式有 一定差异
5
Linux 有什么
Linux Window
Office,QQ
IE桌面 Dos
Win 内核
Shell界面： Linux命令操作 的界面
13
2. 为什么要学Linux
• 常规需要 & 科研需要？
– 记事本，mp3，qq， email windows能做的Linux的都能做 – SOAP比对, 基因组组装，超级运算 很多事情Linux 能做的，windows做不到，或者 做的慢。因此，大部分生物信息软件都使用Linux 系统运行。
14
10
2. 为什么要学Linux
• Windows 不够用吗？是的，Window 效率低。 – 遇到大数据，Excel“无响应”， Matlab要跑好几 天，R画图死机 …… – 一个几千M的基因组文件，怎么取其中前10行？ – 可以同时处理几十个文件吗？ – 在FTP存储数据，如何保证数据安全性？ – 如何在几秒钟时间内计算GC含量，染色体长度？ – ……
文件操作
• 压缩和解压缩
– tar命令：文件打包 $ tar -czf test.tar.gz test.txt
# 将test文件打包并压缩为 test.tar.gz 文件，c:创建新文档，z: 代表使用gzip压缩/解压缩，f:此项必选
$ mv test.txt oldtest.txt $ tar -zxvf test.tar.gz # 将test.tar.gz 文件解压缩，z: 代表压缩
，f:此项必选，-v 显示处理的过程
– gzip命令：文件压缩 $ gzip test.txt #将当前目录下的test 文件压缩为test.gz $ gzip -d test.txt.gz # -d 代表解压缩 – 用法使用命令查看： • man tar或者bip --help
34
Linux其他常用命令
6
Linux有什么
• 文件系统
7
Linux怎么安装
• 在Windows上安装Linux参考意见： – 1) 备份Windows – 2) 安装VMWare虚拟机 – 3) 在VMWare上安装Linux安装文件 (*.iso)图形化界面。
虚拟机： 1）在window系统下，用一个软件来模拟出一台计算机； 2）使用起来与真实的计算机几乎没有差别；
# 将学员00 文件夹里的test.txt 文件复制到当前文件夹
30
文件操作
文件操作
• 重命名文件： mv [旧文件名] [新文件名] $ mv file3 file5 • 移动文件 ：mv [文件名] [目录名] $ mv file1 dir1 • 删除文件 ：rm [文件名] $ rm file5
2. 为什么要学Linux
小结： • 多 —— 可使用的软件多。兼容性好 • 快 —— 速度快，一个命令就可安装几十个程序 • 好 —— 好用，一旦熟悉，使用方便 • 省 —— 完全免费 作为生物信息平台，Linux系统是最优平台。
15
目录
• 1. Linux 简介 – Linux 是什么 – Linux 有什么 – Linux 怎么安装 • 2. 为什么要学Linux • 3. Linux 基本命令 – 目录操作 – 文件操作 – Vi编辑 • 4. 软件安装
16
比较重要的12个基础命令
1. 文件（文件夹） 操作类 2. 文本打开 或读取类 3. 文件压缩 与解压缩类
• • • • • •
cp cd pwd mkdir mv rm
• • • • •
ls less head tail vi
• tar • gzip
备注：后续课程请各位老师先听讲解，再然后我们会回头重新 操作一遍。
• Linux 有什么优势？
– 安全：无需杀毒软件，不用屏蔽广告木马…… – 快速：一个命令可以同时处理成百上千个文件， 同等条件比Windows快很多。 window：选择 → “复制”→ “粘贴” linux: cp ./*.txt ../ – 兼容性：丰富的系统命令，世界通用软件兼容。 – ……
40
目录
• 1. Linux 简介 – Linux 是什么 – Linux 有什么 – Linux 怎么安装 • 2. 为什么要学Linux • 3. Linux 基本命令 – 目录操作 – 文件操作 – Vi编辑 • 4. 软件安装