全基因组表达谱基因芯片技术服务

全基因组表达谱基因芯片技术服务

康成生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。根据您的需要您可选择不同厂家提供的全基因组表达谱芯片，包括Roche-NimbleGen和Agilent 。

Roche-NimbleGen全基因组表达谱芯片

* 无膜芯片合成技术

NimbleGen表达谱芯片采用无膜芯片合成技术，使基因芯片制作从数月缩短到数小时，为客户提供最新的芯片设计、高重复性的芯片制作和高可信度的统计结果。

* 唯一将长探针与单转录本多探针设计相结合的表达谱芯片平台对于基因表达分析，长寡核苷酸探针（60mer）可以提供更高的信噪比、灵敏度、专一性和辨别能力；同时，NimbleGen的超高密度芯片（2.1M）使每个基因可通过多个独立的探针得到结果，针对单个转录本的多个探针的平均信号增加了统计的可靠性，降低了探针表现不稳定对芯片结果的影响，增加信号准确性。

* 高密度、高通量分析、节约成本

NimbleGen提供每张片子含135,000个探针的12×135K表达谱芯片，每张芯片上的单个基因设计了3-5个探针，提高了芯片检测的准确性，平均数据有更可靠的统计学意义。

* 至今，在国际顶级期刊上，已有很多利用NimbleGen表达谱芯片技术发表的高质量文章。

1. Induced Pluripotent Stem Cell Lines Derived from Human Somatic Cells. Science

2. Constraint and turnover in sex-biased gene expression in the genus Drosophila. Nature

3. Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell

更多文献请参考NimbleGen公司网站：

/products/pubs/publist.xml

Roche-NimbleGen还提供拟南芥、线虫、果蝇、酿酒酵母及原核生物等多类物种的表达谱芯片。其中原核生物芯片种类最为广泛，有三百余种供选择。

Agilent全基因组表达谱芯片

Agilent公司的原位喷墨专利技术（SurePrint）可以灵活地、大规模地原位合成60mer的寡核苷酸探针，每个探针的设计都要经过反复试验筛选优化。2006年美国FDA发表的现主流芯片平台评估报告MAQC 中，Agilent array 的结果与Taqman array 结果的重复性最高，在国际论文期刊上，也有很多利用Agilent array 平台发表的高质量文章。

Agilent Design ID Array format Genes

coverage

Database source

Whole

human genome 14850 4 x 44K~41,000

Goldenpath, Ensembl, Unigene,

Human Genome (Build 33),

Refseq, GebBank

whole

mouse genome 14868 4 x 44K~41,000

USC mRNA known genes, Natl.

Institute on Aging, Genbank,

Unigene, Refseq, Ensembl, RIKEN

whole

rat genome 14879 4 x 44K~41,000

Ensembl, UCSC Goldenpath,

Unigene, Refseq, Genbank

康成生物提供的全基因组表达谱芯片主要实验流程

1. 样品RNA抽提

a. 实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用BioPulverizer TM冰冻粉碎组织，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol （Invitrogen），使用Mini- Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA。

b. 实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，加1ml的RNA 抽提试剂TRIzol（样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml），裂解后抽提RNA。

2. RNA质量检测

a. 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。

b. 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性。

c. 提供RNA QC报告。

注意：用于芯片检测的RNA样品，必须是高质量的，完整的，没有RNase 污染（降解的样品不能用于标记和芯片检测），没有基因组污染。

3. cDNA/aRNA样品合成和标记

4. 标记效率质量检测

使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。

5. 芯片杂交

在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。

6. 图像采集和数据分析

使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。

7. 提供实验报告包括详细的实验方法以及芯片实验数据和图表，以双色标记实验为例：

Scanning Image: Cy3、Cy5荧光扫描图像；

Scatter Plot: 散点图，X轴为Control（Cy3）数据值，Y轴为Exp(Cy5)数据值，表示芯片上两通道数据总体分布集中趋势；

MA-plot: MA图，X轴为A值[log2(Exp)+log2(Control)]/2，代表点的整体信号强度，Y轴为M值log2(Exp)－log2(Control)表示点的两通道信号差，可由MA图观察芯片数据是否存在强度依赖的系统偏移以及信号差异点的比例；

Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据；

Normalized Ratio:原始数据经过统计学方法标准化后的比值的对数，log2(Exp/ Control)；

p –value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该基因在两样本间差异表达越显著；

Significant Up & Down Regulated Gene List: 给出Fold Change>=2，p-value<0.05的基因列表；