动植物基因组概述

产品
RAD-seq评估 相对杂合度
基因组Survey 分析
简单基因组
复杂基因组
哺乳动物和 鸟类基因组 简单泛基因组
复杂泛基因组测序策略：RAD 测序策略：HiSeq PE125/HiSE125/HiSeq PE150 测序深度：50X
研究对象 四倍体陆地棉
发表时间 2015年4月
期刊 Nature Biotechnology
影响因子 41.514
金丝猴 大豆泛基因组
2014年11月 2014年9月
Nature Genetics Nature Biotechnology
29.352 41.514
藏猪 地山雀
2013年10月 2013年7月
contig N50＝36 Kb; scaffold N50＝579 Kb
contig N50 =22 scaffold N50= 468 Kb
ccontig N50 =18.1 Kb; scaffold N50= 319.7 Kb
进展 后续分析 审稿中 后续分析 后续分析 后续分析 文章撰写
contig N50 ≥10 Kb scaffold N50 ≥100 Kb
contig N50 ≥10 Kb scaffold N50 ≥50 Kb
3个月
依据样品 数而定
随着高通量测序的发展及相应软件的开发，几乎所有物种都能够以较低的成本来完成基因组图谱，但对于复杂基因组来说，能够较好地完成其基因组图谱仍然 是个难题。诺禾团队在动植物复杂基因组测序方面有着丰富的项目经验，部分成功案例展示如下：
近年来，高通量测序技术的迅猛发展，极大地推动了全基因组测序工作的展开，全球已有几百种的植物和动物完成了全基因组测序工作。
通过全基因组测序，人们可以获得物种的全基因组序列图谱，从而为该物种后续的研究和产业化应用奠定基础。诺禾致源团队多年来专注于高通量测序技术在 全基因组测序领域的应用，以李瑞强博士为首的技术团队先后开发了SOAPdenovo，SOAPdenovoII等组装软件，并针对复杂基因组开发了全球领先的NOVOheter软件，在全基因组测序领域具备丰富的经验，已成功完成多个物种的全基因组从头测序工作，相关文章多次发表于Nature、Science等期刊杂志。
种类 经济作物 水产类 水果类 林木类 昆虫类
藻类
物种 某裸子植物
基因组大小 4.5 Gb
某水生动物
1.4 Gb
某果树
360 Mb
某树木
750 Mb
某昆虫
2.9 Gb
某藻类
571 Mb
基因组特征
复杂基因组 杂合率1.2%；重复率80%
复杂基因组 杂合率1.1%；重复率68%
复杂基因组5 Kb/10 Kb 测序策略：HiSeq PE125/HiSeqp/2 Kb/5 Kb/ 10 Kb/15 Kb/20 Kb 测序策略：HiSeq PE125/HiSeq5 Kb/10 Kb 测序策略：HiSeq PE125 / HiSeq5 Kb 测序策略：HiSeq PE125 / HiSe5 Kb/10 Kb 测序策略：HiSeq PE125 / HiSeq PE150 测序深度：100X
Nature Genetics Nature Communications
29.648 10.742
注：以上均是由诺禾作为通讯单位发表的文章，其中，陆地棉和金丝猴的基因组文章为期刊封面文章。
合作单位 南京农业大学 中国科学院动物研究所 中国农科院作物研究所 四川农业大学 中国科学院动物研究所
技术参数
分析指标
多个样品间SNP鉴定
基因组大小估计 杂合率估计 重复率估计
基因组GC分布及污染估计
contig N50≥30 Kb scaffold N50≥1 Mb
Hale Waihona Puke 周期 40天 40天 12个月
contig N50≥20 Kb scaffold N50≥300 Kb
15个月
contig N50 ≥30 Kb scaffold N50 ≥3 Mb
复杂基因组 杂合率0.8%；重复率64%
复杂基因组 杂合率0.8%；重复率76.5%
复杂基因组 重复率56%；污染率40%
组装结果
contig N50＝25 Kb; scaffold N50＝475 Kb
contig N50＝37 Kb; scaffold N50＝830 Kb
contig N50＝34 Kb; scaffold N50＝770 Kb