系统发生树(phylogenetic tree)-stefen
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A
BC
SequenceA GCTTACA
SequenceB GTAGACC
SequenceC CCTTACA
A B Hamming-distance 4 A C Hamming-distance 1 B C Hamming-
distance 5
AC
Parsimony methodsБайду номын сангаас
parsimony characters
σ ((x1, x2,..., xm ), ( y1, y2,..., yn ))
b match mismatch
dirty”
alignments 2
pairwise profile
…… profile
“quick-andProgressive sequence
!
2. An example of Progressive sequence alignments
profile
pairwise
a
σ (a,b)
profile
(phylogenetics)
phylogenetic tree
Stefan Grünewald
DNA evolutionary tree
! 1. An example of phylogenetic tree
1.
Distance-based methods
Hamming-distance
Hamming-distance