常用生物软件(软件及引物设计总结) 共50页PPT资料
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以完成格式转换。而且能够转换的格式非常 之多是其它软件所无法比拟的。另外，它可 在线升级以读写更多格式文件。
9、 电泳图谱分析
推荐软件：band leader 3.0 提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象
和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它 可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描 得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难 得的好软件。
3、同源序列比较
NCBI的BLAST; ExPASy的Alignment GeneDoc 3.2 Clustal X Vector NTI Omiga，Bioxm ，LaserGene，pcgene等
4、质粒作图
Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit
引物二级结构
引物二聚体（引物间不应多于4个连续碱基的同源性或互补性 ）
另外，Vector NTI 亦是一选择
2、引物设计
Oligo 6 （引物评价）* Primer Premier （自动搜索）* Vector NTI Suit （综合分析） Primer Express(实时定量PCR引物和探针设计) Omiga Dnastar Primer3 （在线服务）*
1、限制酶分析
推荐软件： DNAssist 1.0
大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN……… NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点，DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。
另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示 外，还有类似DNASIS的列表方式，列出所有的位点（按 酶排列，按碱基顺序排列）
2、 Endnote（一个在线专业资料查找系统,可以保存查找 资料,并在文章中对引用格式化. ）
3、医学文献王（特长在中文期刊的系统化，也支持外文 文献数据库）
二、分析和处理实验数据和公共数据
随着实验的进行，就必须对实验过程中的 DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括 限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作 图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋 白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。
5、结构域(motif)查找
推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它
的引物设计一样强，结果能以图形、表格、 序列三种方式输出。同时还提供了一些未知 的结பைடு நூலகம்域的列表；当然软件本身也提供了大 量的已知结构域的序列。
6、RNA二级结构预测
常用生物软件及使用概述
也许不必将它当成您的研究领域 但您最好知道如何使用这个工具
一、管理实验室数据及文献资料
查阅实验相关文献,以便对自己所要做课题的最新进展有 一个基本的了解，从而确定自己的实验策略；同时，方
便实验室结果的储存，管理和申报工作。常用软件：
1、Reference Manager （可以在线通过查找关键词搜索 PubMed等多个数据库中的专业资料,同时保存查找的资料 为本地文件。 ）
RNAdraw RNAStructure
7、 蛋白分析 软件
二级结构分析 ：Antheprot 4.5
三维结构显示 ：RasMol Cn3D
8、 格式转换
各种软件为了自己软件的需要有不同的格式， 对我们使用数据带来了困难；格式转换软件 能帮助用户解决这一问题。
推荐软件：Seqverter 1.3 使用简单，填写输入文件和输出文件名就可
PCR的产率，理想情况下一对引物的退火温度是一样的，可以在
55℃～80℃间变化，有说接近72℃为最佳） 上下游引物Tm值与产物Tm值一般应控制在20 ℃
以内。
一般采用较低引物Tm值-5℃作为PCR退火温度。
一对引物的GC含量和Tm值应该协调。若是引物存在严重的GC倾向或AT倾向则可以 在引物5’端加适量的A、T或G、C尾巴。若G+C含量太低，可在5'端加上一些G或C， 若G＋C含量太高，可在5'端加上一些A或T。
→ Sense primer ←
Antisense primer
选择模板序列保守区域
1、引物设计原则
引物长度 碱基分布的均衡性 Tm值 引物二级结构 引物3’端 引物5’端 引物的内部稳定性 自由能分布
概述
引物长度
一般引物的长度为15-30 bp，常用的长度为18-21bp。 过长或过短都不合适，为过长会导致其延伸温度大于 74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应，长度大于24 核苷的引物并不意味着更高的特异性，而且比短序列 杂交慢，从而降低了产量。引物过短会引起错配现象， 一般来说引物长度大于16bp是必要的（18bp的序列在 人类基因组中只会出现一次）。
决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度 Tm =（g + C）* 4 +（a + T）* 2
碱基分布的均衡性
同一碱基连续出现不应超过5个
GC含量一般40-60%，以45-55％为宜
• GC含量太低导致引物Tm值较低，使用较低的退 火温度不利于提高PCR的特异性
• GC含量太高也易于引发非特异扩增。
有一些模板本身的GC 含量偏低或偏高，导致引物的GC含量不能在上述范围 内，这时应尽量使上下游引物的GC 含量以及Tm 值保持接近（上下游引物的 GC含量不能相差太大），以有利于退火温度的选择。
引物Tm值
一般要求：55℃-65℃。 应尽可能保证上下游引物Tm值一致，一般差异控
制在2 ℃以内。 （引物的退火温度相差小于5℃一般不会影响
10、序列综合分析软件
pcgene BioEdit LaserGene DNASIS DNATools DNAclub Jellyfish Omiga Vector NTI Suite （Bioxm）
三、应用实例 -----------PCR引物设计及相关软件使用
9、 电泳图谱分析
推荐软件：band leader 3.0 提供处理DNA或蛋白分子凝胶电泳图象
和从凝胶电泳图象获得相关数据的工具。它 可以对电泳图谱进行半定量分析，识别扫描 得到的WINDOWS图象格式 .BMP，是一个难 得的好软件。
3、同源序列比较
NCBI的BLAST; ExPASy的Alignment GeneDoc 3.2 Clustal X Vector NTI Omiga，Bioxm ，LaserGene，pcgene等
4、质粒作图
Gene Construction Kit WinPlas 2.7 Plasmid Premier2.02 Plasmid Toolkit
引物二级结构
引物二聚体（引物间不应多于4个连续碱基的同源性或互补性 ）
另外，Vector NTI 亦是一选择
2、引物设计
Oligo 6 （引物评价）* Primer Premier （自动搜索）* Vector NTI Suit （综合分析） Primer Express(实时定量PCR引物和探针设计) Omiga Dnastar Primer3 （在线服务）*
1、限制酶分析
推荐软件： DNAssist 1.0
大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN……… NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点，DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。
另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示 外，还有类似DNASIS的列表方式，列出所有的位点（按 酶排列，按碱基顺序排列）
2、 Endnote（一个在线专业资料查找系统,可以保存查找 资料,并在文章中对引用格式化. ）
3、医学文献王（特长在中文期刊的系统化，也支持外文 文献数据库）
二、分析和处理实验数据和公共数据
随着实验的进行，就必须对实验过程中的 DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括 限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作 图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋 白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。
5、结构域(motif)查找
推荐软件：Primer Premier 5.0 Primer Premier 5.0的结构域查找功能与它
的引物设计一样强，结果能以图形、表格、 序列三种方式输出。同时还提供了一些未知 的结பைடு நூலகம்域的列表；当然软件本身也提供了大 量的已知结构域的序列。
6、RNA二级结构预测
常用生物软件及使用概述
也许不必将它当成您的研究领域 但您最好知道如何使用这个工具
一、管理实验室数据及文献资料
查阅实验相关文献,以便对自己所要做课题的最新进展有 一个基本的了解，从而确定自己的实验策略；同时，方
便实验室结果的储存，管理和申报工作。常用软件：
1、Reference Manager （可以在线通过查找关键词搜索 PubMed等多个数据库中的专业资料,同时保存查找的资料 为本地文件。 ）
RNAdraw RNAStructure
7、 蛋白分析 软件
二级结构分析 ：Antheprot 4.5
三维结构显示 ：RasMol Cn3D
8、 格式转换
各种软件为了自己软件的需要有不同的格式， 对我们使用数据带来了困难；格式转换软件 能帮助用户解决这一问题。
推荐软件：Seqverter 1.3 使用简单，填写输入文件和输出文件名就可
PCR的产率，理想情况下一对引物的退火温度是一样的，可以在
55℃～80℃间变化，有说接近72℃为最佳） 上下游引物Tm值与产物Tm值一般应控制在20 ℃
以内。
一般采用较低引物Tm值-5℃作为PCR退火温度。
一对引物的GC含量和Tm值应该协调。若是引物存在严重的GC倾向或AT倾向则可以 在引物5’端加适量的A、T或G、C尾巴。若G+C含量太低，可在5'端加上一些G或C， 若G＋C含量太高，可在5'端加上一些A或T。
→ Sense primer ←
Antisense primer
选择模板序列保守区域
1、引物设计原则
引物长度 碱基分布的均衡性 Tm值 引物二级结构 引物3’端 引物5’端 引物的内部稳定性 自由能分布
概述
引物长度
一般引物的长度为15-30 bp，常用的长度为18-21bp。 过长或过短都不合适，为过长会导致其延伸温度大于 74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应，长度大于24 核苷的引物并不意味着更高的特异性，而且比短序列 杂交慢，从而降低了产量。引物过短会引起错配现象， 一般来说引物长度大于16bp是必要的（18bp的序列在 人类基因组中只会出现一次）。
决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度 Tm =（g + C）* 4 +（a + T）* 2
碱基分布的均衡性
同一碱基连续出现不应超过5个
GC含量一般40-60%，以45-55％为宜
• GC含量太低导致引物Tm值较低，使用较低的退 火温度不利于提高PCR的特异性
• GC含量太高也易于引发非特异扩增。
有一些模板本身的GC 含量偏低或偏高，导致引物的GC含量不能在上述范围 内，这时应尽量使上下游引物的GC 含量以及Tm 值保持接近（上下游引物的 GC含量不能相差太大），以有利于退火温度的选择。
引物Tm值
一般要求：55℃-65℃。 应尽可能保证上下游引物Tm值一致，一般差异控
制在2 ℃以内。 （引物的退火温度相差小于5℃一般不会影响
10、序列综合分析软件
pcgene BioEdit LaserGene DNASIS DNATools DNAclub Jellyfish Omiga Vector NTI Suite （Bioxm）
三、应用实例 -----------PCR引物设计及相关软件使用