R语言 差异表达分析

差异表达分析

（用R语言和Matlab）

1、首次安装要打红色两行的命令

首次安装要选“a”

2、以后再用时只需从以下命令开始打：

3、在Excel中，将Mapping后的两组分析数据的read count留下，rpkm等删去，制成三列

的表格，然后将read count设置为大于等于10，复制粘贴成文本文档（.txt，用记事本），保存。在R语言中调入txt文件：

4、分组

如果是有生物学重复，则group<-factor(c(1,1,1,2,2,2)) 5、计算归一化参数

6、输入散步值

须实验做得很精确才是0.4.(原核0.1，真核0.4)

7、计算P值

Log正数是上调，负数是下调，PValue是要的P值8、输出命令

到相应文件夹找到文件。.csv文件可用Excel打开，打开文件后将P值升序排序9、将logFC和PValue输入到Matlab中：

logfc=[。。。。。]；

p=[。。。。。]；

出现表格如图

10、做火山图

先算logP：

再作图：

得图：

如若两基因差异小，则点多数集中在U的下面。