小分子与生物大分子相互作用的模拟与分析(1)
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三、实验内容
1、蛋白激酶结构1KIM的分子结构准备；
2、1KIM的配体THM1的提取加氢准备；
3、配体与受体进行对接；
4、对接结果进行评价。
四、实验步骤
1、在PDB中下载1KIM的蛋白结构；
2、设置路径：在Options > Set > Default Directory下设置；
3、准备蛋白：在Applications > Docking Suite > Dock Ligands下设置Docking Mode为SFXC：在Define >Prepare下准备，提取配体THM1，移除其他配体和水分子，系统自动为蛋白加氢；保存蛋白文件及配体分子；
6、重新在Applications > Docking Suite > Dock Ligands下设置Docking Mode为SFXC，
Filename选择/home/stu1/ymm/1kim_H-L-0.05-0sfxc；Ligand Source选择mol2格式，再选择加氢后的配体文件；在Options>Surflex-Docking下选择所需要的条件，一般为默认，其中Use ReferenceMolecule选中，导入加氢的配体文件作为比较的分子，点击ok；作业名称自动保存为DockingRun，点击ok，大分子与小分子发生对接；
《小分子与生物大分子相互作用的模拟与分析》实验报告
开课实验室：A区学院2012016年12月6日
学院
生物工程学院
年级、专业、班
生物学
姓名
何英
成绩
课程
名称
小分子与生物大分子相互作用的模拟与分析
实验项目
名称
分子对接
指导教师
梅虎
教师评语
教师签名：
年月日
一、实验目的
1、掌握ห้องสมุดไป่ตู้YBYL软件的一些基础操作；
2、学习分子配体的提取与受体的结合口袋的生成；
3、学习并掌握小分子配体与大分子完成分子间的对接；
4、掌握对对接结果的评价。
二、实验原理
1、SYBYL完全结合计算化学和分子模拟的环境，提供了解分子结构和性质的基量，包括开发平台、药效团概念、QSAR、ADME、虚拟筛选、化学库设计和分子多样性、大分子模拟以及同源模建等模块。
2、分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用，并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟。分子对接依据配体与受体作用的“锁-钥原理”，模拟小分子配体与受体生物大分子相互作用。配体与受体相互作用是分子识别的过程，主要包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等。通过计算，可以预测两者间的结合模式和亲和力，从而进行药物的虚拟筛选。
4、Protomol文件的生成：点击Generate即生成文件1kim_H-L-0.05-0-protomol.mol2和SFXC File文件：1kim_H-L-0.05-0.sfxc，点击ok，返回上级目录，点击cancel取消；
五、实验结果
5、配体THM1的准备：打开之前保存的配体文件，在Edit下加氢，保存文件；
7、查看对接结果：在View中选择protein，下面的选择ligand，即可出现以下蛋白与配体的结合结构；而选择Lig Tbl，双击配体则会出现对接分数表格；
六、实验结果分析
本实验中使用1KIM为蛋白结构，其中的THM1为配体小分子结构，提取的配体加氢后与移除配体的蛋白进行分子对接并比较对接前后配体结构。实验结果表明，分子对接的最高分数为9.27，较高，表示受体与配体可以较好的结合在一起，其中RMSD值为0.7630，Similarity值为0.826，表示在对接过程中配体的结构未发生较大的变化，在变化的可接受范围内。
1、蛋白激酶结构1KIM的分子结构准备；
2、1KIM的配体THM1的提取加氢准备；
3、配体与受体进行对接；
4、对接结果进行评价。
四、实验步骤
1、在PDB中下载1KIM的蛋白结构；
2、设置路径：在Options > Set > Default Directory下设置；
3、准备蛋白：在Applications > Docking Suite > Dock Ligands下设置Docking Mode为SFXC：在Define >Prepare下准备，提取配体THM1，移除其他配体和水分子，系统自动为蛋白加氢；保存蛋白文件及配体分子；
6、重新在Applications > Docking Suite > Dock Ligands下设置Docking Mode为SFXC，
Filename选择/home/stu1/ymm/1kim_H-L-0.05-0sfxc；Ligand Source选择mol2格式，再选择加氢后的配体文件；在Options>Surflex-Docking下选择所需要的条件，一般为默认，其中Use ReferenceMolecule选中，导入加氢的配体文件作为比较的分子，点击ok；作业名称自动保存为DockingRun，点击ok，大分子与小分子发生对接；
《小分子与生物大分子相互作用的模拟与分析》实验报告
开课实验室：A区学院2012016年12月6日
学院
生物工程学院
年级、专业、班
生物学
姓名
何英
成绩
课程
名称
小分子与生物大分子相互作用的模拟与分析
实验项目
名称
分子对接
指导教师
梅虎
教师评语
教师签名：
年月日
一、实验目的
1、掌握ห้องสมุดไป่ตู้YBYL软件的一些基础操作；
2、学习分子配体的提取与受体的结合口袋的生成；
3、学习并掌握小分子配体与大分子完成分子间的对接；
4、掌握对对接结果的评价。
二、实验原理
1、SYBYL完全结合计算化学和分子模拟的环境，提供了解分子结构和性质的基量，包括开发平台、药效团概念、QSAR、ADME、虚拟筛选、化学库设计和分子多样性、大分子模拟以及同源模建等模块。
2、分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用，并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟。分子对接依据配体与受体作用的“锁-钥原理”，模拟小分子配体与受体生物大分子相互作用。配体与受体相互作用是分子识别的过程，主要包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等。通过计算，可以预测两者间的结合模式和亲和力，从而进行药物的虚拟筛选。
4、Protomol文件的生成：点击Generate即生成文件1kim_H-L-0.05-0-protomol.mol2和SFXC File文件：1kim_H-L-0.05-0.sfxc，点击ok，返回上级目录，点击cancel取消；
五、实验结果
5、配体THM1的准备：打开之前保存的配体文件，在Edit下加氢，保存文件；
7、查看对接结果：在View中选择protein，下面的选择ligand，即可出现以下蛋白与配体的结合结构；而选择Lig Tbl，双击配体则会出现对接分数表格；
六、实验结果分析
本实验中使用1KIM为蛋白结构，其中的THM1为配体小分子结构，提取的配体加氢后与移除配体的蛋白进行分子对接并比较对接前后配体结构。实验结果表明，分子对接的最高分数为9.27，较高，表示受体与配体可以较好的结合在一起，其中RMSD值为0.7630，Similarity值为0.826，表示在对接过程中配体的结构未发生较大的变化，在变化的可接受范围内。