生物信息学复习资料

一、名词解释(31个)

1.生物信息学:广义：应用信息科学的方法和技术，研究生物体系和生物过程

中信息的存贮、信息的内涵和信息的传递，研究和分析生物体细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程中的各种生物信息，或者也可以说成是生命科学中的信息科学。狭义：应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。

2.二级数据库：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、

实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。

3.多序列比对：研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组

序列的功能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。

4.系统发育分析：是研究物种进化和系统分类的一种方法，其常用一种类似树

状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图形称为系统发育树。

5.直系同源：如果由于进化压力来维持特定模体的话，模体中的组成蛋白应该

是进化保守的并且在其他物种中具有直系同源性。

指的是不同物种之间的同源性，例如蛋白质的同源性，DNA序列的同源性。（来自百度）

6.旁系（并系）同源：是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会

进化出新的与原来有关的功能。用来描述在同一物种内由于基因复制而分离的同源基因。（来自百度）

7.FASTA序列格式：将一个DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的

核苷酸或氨基酸字符串。

8.开放阅读框（ORF）：是结构基因的正常核苷酸序列，从起始密码子到终止

密码子的阅读框可编码完整的多肽链，其间不存在使翻译中断的终止密码子。（来自百度）

9.结构域：大分子蛋白质的三级结构常可分割成一个或数个球状或纤维状的区

域，折叠得较为紧密，各行其功能，称为结构域。

10.空位罚分：序列比对分析时为了反映核酸或氨基酸的插入或缺失等而插入空

位并进行罚分，以控制空位插入的合理性。（来自百度）

11.表达序列标签：通过从cDNA文库中随机挑选的克隆进行测序所获得的部分

cDNA的3’或5’端序列。（来自文献）

12.Gene Ontology 协会：

13.HMM 隐马尔可夫模型：将核苷酸序列看成一个随机序列，DNA序列的编

码部分与非编码部分在核苷酸的选用频率上对应着不同的Markov模型。14.一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单

的归类整理和注释

15.序列一致性：指同源DNA顺序的同一碱基位置的相同的碱基成员, 或者蛋

白质的同一氨基酸位置的相同的氨基酸成员, 可用百分比表示。

16.序列相似性：指同源蛋白质的氨基酸序列中一致性氨基酸和可取代氨基酸所

占的比例。

17.Blastn：是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将

同所查序列作一对一地核酸序列比对。（来自百度）

18.Blastp：是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐

一地同每条所查序列作一对一的序列比对。（来自百度）

19.Blastx：是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列

（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。（来自百度）

20.Tblastn：是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库

中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。（来自百度）

21.Tblastx：是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核

酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。（来自百度）

22.KEGG：京都基因与基因组百科全书，是系统分析基因功能、基因组信息的

数据库，它整合了基因组学、生物化学以及系统功能组学的信息，有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。

23.ChIP-Seq：就是通过高通量测序对ChIP所得到的序列进行测序，从而进行

蛋白和DNA相互作用相关研究。

24.分子生物网络：

25.蛋白质相互作用（PPI）：是指蛋白质分子之间的相关性，并从生物化学、信

号转导和遗传网络的角度研究这种相关性。

26.高通量测序：一次性对几百万到十亿条DNA分子进行并行测序，又称为下

一代测序技术，其使得可对一个物种的转录组和基因组进行深入、细致、全貌的分析，所以又被称为深度测序。

27.比较蛋白质组学：即对模式生物或重要生命过程的蛋白质组学特征进行比

较。

28.NCBInr：

29.GT-AG结构：

30.Entrez检索系统：面向生物学家的数据库查询系统，其特点之一是使用十分

方便。它把序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起，通过超文本链接，用户可以从一个数据库直接转入另一个数据库。

31.系统生物学：是从系统水平来理解生物学系统，利用一系列的原理与方法学

来研究分子行为与系统特性与功能的关系，通过计算生物学来定量阐明和预测生物的功能、表型和行为。

二、选择题（30个）

1.下面哪种数据库源于mRNA信息（A）：A. dbEST、B. PDB、C. OMIM、

D. HTGS

2.如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（）。A.NDB数据库、B.PDB

数据库、C.GenBank数据库、D.SWISS-PROT数据库

3.PIR是（）。A.核酸数据库、B.mRNA数据库、C.启动子数据库、D.蛋白质

数据库

4.以下哪一项不属于启动子研究范围？（）A.CpG 岛预测、B.转录起始点预测、

C.糖基化修饰、

D.甲基化检测

5.HTGS的含义是（C）。A.表达序列标签、B.序列标签位点、C.高通量基因组

序列、D.人工合成序列

6.STS的含义是（）。A.表达序列标签、B.序列标签位点、C.高通量基因组序

列、D.人工合成序列