表达谱分析

地理与生物信息学院
2015 / 2016 学年第一学期实验报告
课程名称：生物信息学导论
实验名称：表达谱分析
班级学号B130906
学生姓名何伊伊
学号B13090608 日期：2015 年12 月20 日
一、实验题目：
1.Gene chip and high-throughput sequencing;
2.Report: including all the processes, Tables and Figures.
二、实验内容：
1.了解数据格式；
2.聚类分析及统计分析；
3.图和表结果展示；
4.学习cluster和tree view软件；
5.熟悉excel常规处理及图表制作；
6.学习stata软件，掌握常规统计分析。

三、实验要求：
1 命名：文件及序列命名要有代表性，不能中文；
2 路径：不要涉及中文字符；软件不要放在桌面上；
3.结果注意并随时记录；
4.结果图及时存储并命名准确；
5. 理解并知道如何描述结果。

四、实验过程：
(一)背景简介
基因表达谱(gene expression profile)：
指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库，大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA 群体组成，从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息，这样编制成的数据表就称为基因表达谱。

(二)要求题目
1 Please give a gene chip and high-throughput sequencing;
2.聚类分析及统计分析
3.t 检验
. sum
Variable | Obs Mean Std. Dev. Min Max
-------------+--------------------------------------------------------
var1 | 3 12.03043 5.323397 5.964775 15.92604
var2 | 3 19.21727 9.206953 8.60439 25.06512
var3 | 3 53.6105 20.63272 38.07489 77.02097
sum
Variable | Obs Mean Std. Dev. Min Max
-------------+--------------------------------------------------------
var1 | 3 4.331954 6.718137 .0057199 12.07146
var2 | 3 5.042395 7.819912 .006658 14.05118
var3 | 3 17.31049 26.84568 .0228569 48.23757
Paired t test
------------------------------------------------------------------------------
Variable | Obs Mean Std. Err. Std. Dev. [95% Conf. Interval]
---------+--------------------------------------------------------------------
var1 | 2 13.99875 1.927289 2.725598 -10.48978 38.48728 var2 | 2 19.01673 4.965552 7.022351 -44.07658 82.11005 ---------+--------------------------------------------------------------------
diff | 2 -5.017983 3.038263 4.296753 -43.62277 33.58681 ------------------------------------------------------------------------------
mean(diff) = mean(var1 - var2) t = -1.6516 Ho: mean(diff) = 0 degrees of freedom = 1
Ha: mean(diff) < 0 Ha: mean(diff) != 0 Ha: mean(diff) > 0
Pr(T < t) = 0.1733 Pr(|T| > |t|) = 0.3466 Pr(T > t) = 0.8267
. ttest var1=var2
Paired t test
------------------------------------------------------------------------------
Variable | Obs Mean Std. Err. Std. Dev. [95% Conf. Interval]
---------+--------------------------------------------------------------------
var1 | 2 7.640597 6.55989 9.277086 -75.71071 90.9919 var2 | 2 13.48633 11.57879 16.37488 -133.6361 160.6088 ---------+--------------------------------------------------------------------
diff | 2 -5.845735 5.018898 7.097794 -69.61689 57.92542 ------------------------------------------------------------------------------
mean(diff) = mean(var1 - var2) t = -1.1647 Ho: mean(diff) = 0 degrees of freedom = 1
Ha: mean(diff) < 0 Ha: mean(diff) != 0 Ha: mean(diff) > 0
Pr(T < t) = 0.2258 Pr(|T| > |t|) = 0.4516 Pr(T > t) = 0.7742
ttest var1=var2
Paired t test
------------------------------------------------------------------------------
Variable | Obs Mean Std. Err. Std. Dev. [95% Conf. Interval]
---------+--------------------------------------------------------------------
var1 | 2 3.000956 2.963818 4.191472 -34.65792 40.65984 var2 | 2 4.328982 4.275408 6.046341 -49.99523 58.6532 ---------+--------------------------------------------------------------------
diff | 2 -1.328025 1.31159 1.854869 -17.99336 15.33731 ------------------------------------------------------------------------------
mean(diff) = mean(var1 - var2) t = -1.0125 Ho: mean(diff) = 0 degrees of freedom = 1
Ha: mean(diff) < 0 Ha: mean(diff) != 0 Ha: mean(diff) > 0
Pr(T < t) = 0.2480 Pr(|T| > |t|) = 0.4960 Pr(T > t) = 0.7520
五、实验小结
此次的实验的主要内容是对基因表达谱进行对比分析，再对得到的数据进行图表比较，以便直观的得到结果，学习使用了stata软件，掌握常规统计分析的方法。

在经过老师的指导过后，可以自己解决问题。

在老师演示过后，轻松的解决了问题。

此次实验让我第一次接触基因表达谱，了解到利用她可以做很多事，例如分析病人与正常人的差异。

参考文献
1《生物信息学》，李霞著，人民卫生出版社，2010.
2《生物信息学》，David WM著，钟扬等译，高等教育出版社，2003.
3《生物信息学基础》，孙啸、陆祖宏等编著，清华大学出版社, 2005.。