CHIP染色质免疫共沉淀实验方法简介教程

概述
原理
方法 比较 举例
比较：
蛋白质-DNA相互作用常用方法
凝胶电泳迁移率改变分析 （EMSA）
体 外
体 内
DNaseⅠ足迹法（foot printing）
染色质免疫沉淀实验(CHIP)
概述
原理
方法 比较 举例
EMSA
CHIP
由于许多转录调控蛋 能真实完整地反映结 白有相似或相同的DNA 合在DNA序列上的调控 结合位点，EMSA获取 蛋白，是目前确定与 的结果不一定能真实 特定蛋白结合的基因 地反映体内转录调控 组区域或确定与特定 蛋白和DNA结合的状况。基因组区域结合的蛋 白质的最好方法。
Ago----argonaute蛋白
谢 谢！
Baidu Nhomakorabea
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扩展应用举例
CHIP-on-chip
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crosslinking immunoprecipitation (CLIP) For microRNA–mRNA interaction Chi SW, Zang JB, Mele A, Darnell RB. Argonaute HITS-CLIP decodes microRNAmRNA interaction maps. Nature. 2009 Jul 23;460(7254):479-486.
概述
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应用举例
Mantovani F, Tocco F, Girardini J, et al. The prolyl isomerase Pin1 orchestrates p53 acetylation and dissociation from the apoptosis inhibitor iASPP. Nat Struct Mol Biol. 2007 Oct;14(10):912-920.
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染色质免疫沉淀实验(CHIP)
研究体内DNA－蛋白质相互作用的重要 工具。 它不仅可以灵敏地检测目标蛋 白与特异DNA 片段的结合情况，还可以 用来研究组蛋白与基因表达的关系。
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CHIP原理
在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物 将其随机切断为一定长度范围内的染色质 小片段 通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地 富集目的蛋白结合的DNA片段 对目的片断的纯化与检测
概述
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方法 比较 举例
概述
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方法
操作步骤
比较 一、固定 在活细胞状态下，用甲醛固定蛋白质－ DNA复合物，然后用化学（微球菌酶）或者机械（超声 举例 波）的手段将其随机切断为一定长度范围内的染色质 小片段。
二、免疫沉淀 利用目的蛋白质的特异抗体通过抗原
-抗体反应形成DNA-蛋白质-抗体复合体，然后沉淀此 复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。
三、纯化与检测 经蛋白质与DNA 解偶联，DNA片段
纯化等处理后，用PCR等方法检测DNA与蛋白质的结合 情况.
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注意事项
条 件 选 择 超声波破碎条件的选择 抗体量的选择 PCR反应条件的选择 对 照 设 置 Input对照 阳性对照：如组蛋白抗体 阴性对照：阴性引物
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Saleh A, Alvarez-Venegas R, Avramova Z. An efficient chromatin immunoprecipitation (ChIP) protocol for studying histone modifications in Arabidopsis plants. Nat Protoc. 2008;3(6):1018-1025.
Chromatin Immunoprecipitation Assay
(ChIP)
染色质免疫沉淀实验
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功能基因组学 基因表达调控
基因表达:反式因子和顺式作用元件之 间相互作用。
真核生物的基因组DNA以染色质的形式 存在。 研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相 互作用是阐明真核基因表达机制的基 本途径。