转录调控网络

特点： 对于协调某 一生物功能 中各个分离 单元的协同 表达是非常 有用的。
特点： 可以协调 在许多生 长条件下 的基因表 达。
特点： 酵母的调节因子大多是以这种方式发生作 用的，多见于细胞周期调控因子。它可以使 得顺序的转录事件在时间上前后继起。
3．网络组件组装成为转录网络 （1）方法：将全基因组位点分析数据与基因表达 结果结合起来。 （2）实例：细胞周期的调控网络。 目的：Our goal was to determine whether the computational approach would construct the regulatory logic of the cell cycle from the location and expression data whithout previous knowledge of the regulators involved.
②转录调控区 转录激活区： 转录抑制区: ③核定位信号区：转录因子中富含精氨酸和赖氨酸残基 的核定位区域，转录因子进入细胞核的过程受该区段 控制； ④寡聚化位点：不同转录因子借以发生相互作用的功能 域。 （三）转录因子的表达、活性及调控作用： 1．编码转录因子的表达受细胞发育、外界环境等因素 的调节； 2．转录因子的活性受转译后修饰、在细胞中的位置、 以及与其他蛋白之间的相互作用等因素的影响；


图4：转录调节因子在整个基因组的分布

2．网络组件
特点： 1. 真核生物中仅占较少的比例（酵 母中约为 10% ，且在较低的 P 值下其 比例也不会发生明显的改变。而在 原核生物中，这种形式的调节方式 占到多数（如大肠杆菌中可占到 52%～74%）。 2．该种调节方式具有如下一些优势， 包括可以减少对环境刺激发生响应 的时间，减少生物合成过程中在调 节上的“花费”，增加基因表达的 稳定性。


常见的DNA结合区及其结构特征：
DNA结合区 结构特征

碱性区-亮氨酸拉链 由60～80个氨基酸残基组成，包括一个由25个氨基酸残基的富含碱 性氨基酸的区域和一个亮氨酸拉链区 锌指结构 由30个氨基酸残基组成，含两个保守的半胱氨酸残基和/或两个组氨 酸残基，它们在四级结构上与锌离子结合 MADS 约56个氨基酸残基组成，含有1个长的α-螺旋和两个β-链 碱性-螺旋-环-螺旋 含有两个相连的基本亚区，其中碱性氨基酸区与DNA结合有关，螺 旋-环-螺旋区参与二聚体形成 homeo结构域 约60个氨基酸残基组成的折叠成球形的结构域，含有3或4个α-螺旋 AP2/EREBP 约60个氨基酸残基组成，含有3个平行的β-折叠和1个双亲性α-螺旋 MYB结构域 含有1～3个有51～53个氨基酸组成的呈螺旋-转折-螺旋构象的不完 全重复序列，每个重复都含3个保守的Trp残基 AT-钩基序 含有1个R(G/P)RGRP共有核心序列，通过RGR区与富含A/T的区域 小沟结合 三螺旋 富含碱性、酸性以及脯氨酸/谷氨酸，呈螺旋-环-螺旋-环-螺旋构象 HMG盒 由3个α-螺旋组成的“L”形区，两臂张开约呈80° B3 VP1和AB13A C-末端含120个氨基酸残基的保守序列 ARF结构域 由350个氨基酸残基组成的类似B3的序列

图1：酵母全基因组位点分析方法
2．结果处理：single-array error model. 对杂交结果进行光密度扫描→得到相对结合比率，用 single-array error model去除噪声，计算其置信值→ 三次独立试验结果经加权平均处理得到该蛋白与微阵列 上的每一序列的结合能力。
转录调控网络
张年辉 卿人韦 吴俊 2002年10月 21日
一．转录与转录因子
（一）．转录所需的结构组件 顺式 反式 （二）．转录因子： 1．概念：又称为反式作用因子，是能够与真核基 因启动子区域中顺式作用元件发生特异性相互作 用的 DNA 结合蛋白，通过它们之间以及与其他相 关蛋白之间的相互作用，激活或抑制转录。 2．结构：一般由DNA结合区、转录调控区、寡聚 化位点以及核定位信号四个功能区域组成。 ① DNA 结合区：指转录因子识别 DNA 顺式作用元 件并与之结合的一段氨基酸序列。
特点： 1.真核生物中所占比例较小， 而在原核生物中尚未发现。 2．使得反馈控制成为可能， 而且能够产生生物稳定系统， 该系统可以在两种相互变化的 状态间进行转换。

特点： 1．该种调节方式在 酵母转录调控网络的 进化中是非常有用的。 2．作为一种对持续 输入而非暂时输入敏 感性的开关。它可以 作为一种时间机制对 某一过程进行控制。 它可能还提供了一种 多步骤的超敏感性的 形式。

3．在生长发育过程中，植物对各种环境、组织和发育 信号作出反应，这就要求对各种功能基因的表达进 行精确的调控。而转录因子在基因的表达调控中起 关键作用。 二．酿酒酵母中的转录调控网络 （一）研究方法： 全基因组位点分析，又称为全基因组结合分析 （genome-wide location analysis or genome-wide binding analysis）。 1．步骤：甲醛固定细胞，收集，超声裂解细胞→用特 异的抗体进行免疫沉淀以富集与某一蛋白交 联的DNA片段→去除交联，用连接介导的多 聚酶链式反应



图2：全基因组位点分布鉴别方法

3．确定P值的阈值范围：

图3：P值对调控因子-启动子相互作用频率的影响
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特点：可以鉴别由一个细胞的基因组编码的每一个转录 因子在体内结合的一系列的目标基因。但需要获得一个 物种的全基因序列，特别是调控序列。
（二）结果 1．转录调节因子与启动子的相互作用方式


（ligation-mediated-polymerase chain reaction， LM-PCR）扩增富集的DNA并用荧光染料（Cy5，红色） 标记，未被免疫沉淀富集的DNA在另一荧光染料（Cy3， 绿色）存在的情况下进行LM-PCR→与含所有酵母基因 间序列的单个DNA微阵列杂交。（For details, please find at the following two web sites: www.sciencemag.org/cgi/content/full/290/5500/230 9/DC1; http://web.wi.mit.edu/young/location.）