系统发生树构建和分析
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实用生物信息技术课程第5次作业
系统发生树构建和分析
姓名________ 学号______________ 分组编号_____ 日期________年___月___日
1.以人珠蛋白基因家族12个成员蛋白质序列，采用MEGA 7邻接法（Neighbor-Joining）
及默认参数，构建系统发生树。
参阅Burmester 和Hardision论文，说明人珠蛋白基因家族12个成员之间的演化关系。
2.以人珠蛋白基因家族12个成员核苷酸编码区序列，采用MEGA 7邻接法及默认参数，
构建系统发生树。
比较蛋白质序列和编码区序列构建的系统发生树的异同。
3.以人珠蛋白基因家族12个成员蛋白质序列，采用MEGA 7邻接法，选择不同氨基酸替
换模型（Substitution Model），分别构建系统发生树，比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值（Bootstrap value），说明不同替换模型对结果的影响。
4.以人珠蛋白基因家族12个成员编码区序列，采用MEGA 7邻接法，选择不同核苷酸替
换模型，分别构建系统发生树，比较所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值（Bootstrap value），说明不同替换模型对结果的影响。
5.从209个不同物种血红蛋白alpha数据表（/tables/209hba.pdf）中
选取若干代表性物种，根据传统分类学知识，描述它们之间的系统发生关系，并用MEGA软件中User Tree/Display Newick trees绘制系统发生树。
从UniProt中提取它们的蛋白质序列，采用MEGA 7，构建系统发生树。
选择适当的方法、模型和参数，以获得稳定性较好的系统发生树。
比较所构建的基于分子数据的系统发生树与基于传统分类学的系统发生树的异同。
6.以人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族37个成员编码区序列，分别采用MEGA7中邻
接法、最大简约法和最大似然法构建系统发育树，选择适当的替换模型和参数，比较采用不同方法、不同模型和不同参数时所构建的系统发生树的拓扑结构和稳定性值。
7.根据上述人、小鼠和大鼠三个物种珠蛋白家族37个成员编码区序列系统发生树，参阅
ABC Example，说明珠蛋白基因家族的起源和演化。
8.将上述珠蛋白家族系统发生树构建的思路、策略和方法用于你自己的课题研究，阅读相
关文献，说明系统发生分析对课题研究的作用。
参考文献
1.Burmester T, Ebner B, Weich B, Hankeln T. Cytoglobin: A Novel Globin Type Ubiquitously
Expressed in Vertebrate Tissues. Mol. Biol. Evol. 2002 Apr; 19(4):416-421.
2.Hardison RC. Evolution of hemoglobin and its genes. Cold Spring Harb Perspect Med. 2012
Dec 1;2(12):a011627
1。