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科技期刊规范编排格式
1国内外科技期刊中几种常见分子生物学名词符号的现行编排格式11问题调查与数据统计方法。
在中国知网《期刊全文数据库》中选取80种近几年刊登分子生物学论文较多的学术性中文科技期刊,其中,生物学期刊20种,农学期刊30种,医学期刊30种;在美国《科学引文数据库》中选取50种近几年刊登分子生物学论文较多的英文科技期刊,其中,生物学期刊10种,农学期刊20种,医学期刊20种。
于2017年6月下旬,分别用分子标记基因位点引物序列基因芯片或其相应的英文为关键词逐刊检索其2016年以来发表的论文,每刊取不同期号发表的2~4篇文章,统计其中基因、基因位点、引物、分子标记符号以及基因芯片型号的编排格式,同时统计了引物序列转行时是否加有连字符的情况。
12调查结果与分析。
121基因符号的现行编排格式。
简单地说,基因是含特定遗传信息的核苷酸序列,是遗传信息的最小功能单位[7]。
具体一点说,基因是基因组序列中与调控、转录和或其他功能序列相关联的有确定位置的区段,对应于一个遗传单位[8]。
基因的命名在不同物种间还没有统一的规则,但各物种内的基因命名已趋于遵循统一的规则,具体可参见有关文献[6-12]。
比如细菌的基因符号由3个小写斜体字母组成,具有相同表型的不同基因座,如今一般被翻译为基因位点突变用斜体大写字母后缀相区别,等位基因用紧随基因座名称后的一系列特定的数字来表示[6],如2表示基因座的2位突变。
因为每一个物种都有一个国际性的基因命名委员会,已经注册的基因都已被命名,并且经过了有关委员会的审批[6-10],作者在撰写论文时,一般都会自觉采用已有的名称;在命名新发现的基因时,一般也都会遵循本物种的基因命名规则。
因此,绝大多数学术期刊中出现的问题都不是基因名称是否正确,而是基因符号的编排格式不规范。
最普遍的问题是基因符号的正斜体格式不规范。
在《遗传命名指南》[6]中,所有基因符号中的字母都被要求为斜体,包括
表示复等位基因的上角标字母如豌豆在内;数字的正斜体虽然没有明确要求,但所有举例中,无论是阿拉伯数字还是罗马数字,也不管它们在基因符号的末尾、中间,还是上标位置,一律都是斜体例如细菌基因1,-23;枯草芽孢杆菌突变体基因0,Ⅱ;斑马鱼基因219,未见一处例外。
而从表1可知,在笔者调查的80种国内学术期刊中,基因符号有多种编排格式,其中,所有字母和数字均为斜体的期刊只占3625,字母为斜体、数字为正体的期刊占3125,还有少量期刊是部分字母为斜体、部分字母比如代表基因座的大写字母和数字为正体比如将大肠杆菌基因写成;最不应该发生的情况是,在不同文章,尤其是不同期号的不同文章中,格式不统一,在这一篇文章中是字母和数字均为斜体,在另一篇文章中是字母斜体、数字正体,这样的期刊还不少,占到了总数的1375。
这正是没有统一标准造成的不良后果。
国外收录期刊的格式统一度要高得多。
在所调查的50种期刊中,基因名称和基因符号的字母和数字均为斜体的期刊占9000;字母为斜体、数字为正体的期刊占1000,多为亚非拉国家主办的期刊;没有字母和数字均为正体的期刊。
122基因位点符号的现行编排格式。
基因在染色体上占有的特定位置叫基因位点,又称为遗传基因座[13]。
一个基因位点上往往存在两个或两个以上的基因,这些基因被称为等位基因或复等位基因[14]。
基因位点符号一般也都由字母和阿拉伯数字组成,有时也会有连字符。
在《遗传命名指南》[6]中,基因位点被翻译为基因座,一般是在基因符号后加上适当的后缀来表示;基因位点符号中的字母和数字也都为斜体,如1染色体上控制小麦株高的位点符号为-1。
国内学术期刊在基因位点符号的编排格式上更为混乱见表1,在笔者调查的80种期刊中,字母和数字均为正体的期刊比例最大3250;字母和数字均为斜体的期刊次之2750;字母为斜体、数字为正体的期刊也占有不小的比例2125;在不同文章中格式不统一的期刊占1875,其中个别期刊在同一篇文章中前后的格式都不一致,有的是字母和数字均为正体,有的是字母斜体、数字正体。
国外收录期刊的格式也不够统一,但与基因符号的情况相似,仍然以字母和数字均为斜体者占绝大多数8200;字母为斜体、数字为正体的期刊只占1000;不同文章中格式不统一的期刊占800。
后两类多为亚非拉国家主办的期刊。
123引物和分子标记符号的现行编排格式。
引物是人工合成的、作为复制起始点的两段寡核苷酸序列[15]。
分子标记有广义和狭义之分。
广义的分子标记是指可遗传并可检测的序列或蛋白质,狭义的分子标记是指标记,也就是能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性片段[16]。
引物和分子标记的符号一般也都由字母和数字组成,应该用正体还是斜体,也没有统一规定,国内学术期刊在其编排格式上也不够统一见表1。
在笔者调查的80种中文期刊中,引物符号中的字母和数字均为正体的期刊占7000,字母和数字均为斜体的期刊占875,在不同文章中正斜体格式不统一的期刊占2125;分子标记符号中的字母和数字均为正体的期刊占4875,字母和数字均为斜体的期刊占1625,字母为斜体、数字为正体的期刊占750,在不同文章中或者同一篇文章的正文与图表中正斜体格式不统一的期刊占2750。
收录的国外期刊中,引物符号的格式比较统一,字母和数字均为正体的期刊占8600,均为斜体的期刊占1200;不同文章中格式不统一的期刊只占200;分子标记符号的格式也比较统一,字母和数表1国内外科技期刊所发表的分子生物学论文中几种常见名词符号的编排格式1--字均为正体的期刊占8200,均为斜体的期刊占1200;不同文章中格式不统一的期刊占600。
需要特别说明的是,有一类-标记,比如检测小麦抗病基因的标记81、154、429等等,其符号开头的代表基因位点,所以这类标记符号一般都被排为斜体,这是应该的。
同一种期刊的不同论文或同一篇论文中,这类标记被排为斜体,其他标记如标记203被排为正体,笔者在调查统计时,未将其视为格式不统一。
124引物序列的现行编排格式。
引物序列即引物的核苷酸序列,也就是或中碱基的排列顺序,如5--3,其中的、、、代表4种碱基。