SNP标记

（三）分子信标技术 与Taqman技术相似， 分子信标技术也是在PCR反应体系种加入 荧光标记的探针与靶序列杂交，通过仪器 检测荧光值的变化，进行基因分型。 （四）焦磷酸测序法 焦磷酸测序法是 一种不依赖平板胶或毛细管电泳，不依赖 DNA的荧光标记/激发/检测体系的序列分 析技术，适用于已知SNP的序列验证及基因 分型。
SNP的检测方法分成四大类: （一）基因芯片技术 基因芯片技术： 是在固相支持介质上进行分子杂交和原位 荧光检测的一种高通量SNP分析方法。 （二）Taqman技术 在PCR反应系统中 加入2种不同荧光标记的探针，他们分别与 两个等位基因完全配对。探针运用了荧光 共振能量转换技术，探针的5’端和3’端 分别用特殊染料标记，称为供体-受体染料 对或爆-猝灭燃料对。


RFLP遍布低拷贝编码序列，并且非常稳定，但 RFLP实验操作繁琐，检测周期长，成本高昂， 不适于大规模的分子育种。 可以用来测定多态性是由父本还是母本产生的， 也可用来测定由多态性产生的突变类型究竟是 由碱基突变或倒位、 还是由缺失、插入造成的。
1.遗传学图的构建 结合RFLP连锁图， 任何能用RFLP探针检测出的基因及其 DNA片段都可以通过回交，快速有效地 进行转移。 2.基因定位 利用RFLP技术能够准确地标 记定位种质中的目标基因，结合杂交，回 交及组织培养等技术就可以快速有效的将 所需目标基因的DNA片段引入栽培品种 中，实现品种改良。


SNP标记技术，主要包括两个方面：SNP位点的 发现和SNP分型。 发现SNPs方法:包括直接测SNPs。 通常从待测定的基因 或ESTs提供的序列设计引物，扩增出目的片段， 对扩增产物进行双链测序。然后，还要对所得序 列进行排序并仔细鉴别真正的多态性和由于测序 误差而产生的差异。也可以通过生物信息学相关 软件查找预测SNP。

1、人类基因单体型图的绘制 2、SNP与疾病易感基因的相关性分析 3、指导与药物设计 通过研究SNP与个体对药物敏感或耐受的相 关性研究，可能阐明遗传因素对药效的影 响，另外，随着SNP的研究与药物基因组学 的结合，根据特定的基因型来设计药物将 成为可能。

优点：（1）SNP具有共显性，能获得的标 记数量多，易于实现高通量。 （2）SNP是基因组中最简单、最常见的多 态性形式，具有很高的遗传稳定性。 缺点:芯片设计成本高，由于DNA样品的复 杂性，有些SNP不能被捡起。


位于基因组内的SNP可以分为2种形式: 一是基因编码区的突变 ,主要分布于基因编码区内 (coding region) ,故又称其为cSNP; 二是遍布于基因组非编码区的大量单碱基变异 ,又 分为基因周边SNP (peripheral SNP, pSNP)及基因 间SNP ( intronic SNP, iSNP) .研究表明基因周边 SNP频率比基因编码区SNP频率高。

基于DNA芯片技术的分子标记技术 核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是美国学者Lander E 于1996年提出的第三代DNA遗传标记。 由于单个核苷酸改变而导致核酸序列多态， 即基因中的点突变。SNP 标记可帮助区分 两个个体遗传物质的差异。人类基因组大 约每 1250 bp SNP 出现一次，已有2000多 个标记定位于人类染色体，对人类基因组 学研究具有重要意义。检测 SNP 的最佳 方法是 DNA 芯片技术。

不同的 DNA 片段 ,电泳后通过Southern 印迹杂 交,将这些大小不同的 DNA 片段转移到硝酸纤 维膜或尼龙膜上 ,然后用特异的探针进行杂交 , 最后通过放射性自显影或其他显色技术显示杂 交结果 ,从而揭示出 DNA 的多态性。
DNA的分离 （ 可用SDS法） 酶切(依基因组总DNA的复杂性选择限制性内切酶） 琼脂糖凝胶电泳（分离酶切片段） Southern印记转移（碱法） DNA杂交及放射自显影（预杂交，杂交，洗模，检测） X线胶片上RFLP图谱分析

3.遗传多态性分析 运用RFLP技术可以尽 可能多地保存那些在已知位点上有异态的 品系，以求最大程度地保持品种的多样性。 4.细胞质遗传研究 RFLP技术是对DNA 序列自然变异的直接检测，只需选择 适 当的限制性内切酶或DNA探针作分子标 记，因而对植物不同种属或杂种后的的细 胞质遗传变异及基因型的鉴定具有较高的 灵活性和灵敏性。因而能较好地应用于细 胞质遗传的研究。 ←Fra bibliotekback
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——分子标记法


定义：RFLP即DNA限制性片段长度多态性，它 是指应用特定的核酸限制内切酶切割有关的 DNA分子所产生出来的DNA片段在长度上的变 化。对于每一个DNA/限制性内切酶组合来说， 所产生的片段是特异性的，它能作为某一DNA （或含这种DNA的产物）所特有的“指纹” （即片段差异的多态性）。 基本原理：RFLP标记是由于不同基因型之中内 切酶位点的碱基插入、缺失、重组或突变 ,利用 限制内切酶消化基因组DNA 时 , 会产生大小