BioEdit及MEGA分析序列同源性简介

利用系统进化分析软件对序列进行同源性分析

1.0目的

1.1为了保持国际上各个耐药性实验室的高检验水准，进行分子进化分

析是有很重要作用的。它不仅可以保证流行病学目的顺利实现，而

且有利于发现检测阶段可能产生的潜在的交叉污染。

1.2利用此软件进行分析所得的信息对于进行艾滋病毒在人群中传播

的流行病学研究具有十分重要的意义。

1.3通过对实验室之前分析的数据与当前数据进行比较，可以发现在此

前实验过程中由于标本处理不当所导致的潜在的实验室污染。

1.4对于确保得到高质量的实验结果并及时发现可能出现在实验室里

的问题具有重要意义。

2.0仪器设备

2.1计算机一台。

2.2Windows 95以上的操作系统。

2.3BioEdit 以及MEGA 4 分析软件。

2.3.1均为免费软件，可以从互联网上下载，在计算机上进行安装。

3.0操作过程

3.1局限及要求

3.1.1经过序列编辑软件拼接处理后的txt文件或fasta文件均可，

例如ChromasPro软件。

3.1.2可以在MEGA上分析的分子序列或距离矩阵数据。

3.1.3Mega 4软件只能将长度相等的序列转换为MEGA输出文

件，因此，任何多序列文件必须通过BioEdit软件进行对齐

修剪，然后才能进入通过Mega软件转换成*.meg格式进行

分析。

3.1.4该数据集的大小受限于计算机上可用的物理（RAM）和虚

拟内存。

3.1.5分析的序列必须包括两个或两个以上长度相同的序列，所有

序列分析之前必须用MEGA软件对齐。

3.1.6核苷酸和氨基酸序列应该用英文字母连续书写，不区分大小

写。一些特殊的特殊符号，例如表示对齐缺口，碱基缺失等

的符号也可以包含在序列中。

3.1.7空格和制表符经常用于数据文件中，因此会被MEGA忽略。

ASCII字符，如（.）（- ）（？），一般都作为特殊符号

来表示序列中的不同碱基，分别表示第一个序列，对齐缺口

及碱基缺失。

3.1.8BioEdit 软件进行序列比对

3.1.9双击BioEdit图标打开BioEdit 序列对比编辑器窗口。

3.1.10从工具栏上，单击new alignment图标打开一个新窗口。

3.1.11点击File菜单, 选择import and sequence alignment file

3.1.12出现一个新窗口, 选择要导入的文件存储地址及文件名, 点

击open. 所有需要的序列都会在导入窗口中呈现。

3.1.13点击Edit并选择Select All Sequences，现在可以准备对所

有的序列进行比对。

3.1.14点击Accessory Application并选择ClustalW Multiple

alignment ，打开一个新窗口。

3.1.15点击窗口下方的Run ClustalW，将打开一个新窗口，点

击下方的OK.

3.1.16序列比对将进行，进行的时间取决于所要比对的序列的长度

及数量。

3.1.17比对结束后，经过比对的序列将呈现在一个新窗口中。

3.1.18将模式（Mode）栏中改为edit，即可对序列进行剪切，使其

长度一致。

3.2 比对及编辑结束后，点击File并选择Save保存比对后的文件.

3.3用MEGA软件分析进行距离和系统进化分析

3.3.1双击MEGA4 图标打开MEGA

4.

3.3.2序列比对格式转换:

3.3.2.1从File菜单中, 选择Convert To Mega Format,

打开Text and Format Converter 窗口。

3.3.2.2选择屏幕中间的Format对话框。

3.3.2.3选择要导入的文件存储地址及文件名，点击OK，

在Text and Format Converter窗口中出现mega

格式的文件。

3.3.2.4保存文件，关掉此页面返回MEGA

4.主界面。

3.3.3打开mega 文件

3.3.3.1从File菜单中打开mega文件, 选择open data, 或

从窗口中打开Click me to active a data file.

3.3.3.2打开文件后, Input Data 对话框将出现. 在左侧一

栏选择Nucleotide Sequences,默认右侧当前选择，点

击OK.

3.3.3.3出现一个Confirm对话框, 点击Yes.

3.3.3.4Select Genetic Code box opens被打开,通常默认所有

选项，点击OK .

3.3.3.5文件名及信息将会出现在窗口下方。

3.3.4打开Mega文件后

3.3.

4.1File 菜单中, 进行编辑, 导出或转换文件。

3.3.5Data菜单中, 可以用不同形式浏览文件，例如转换成氨基

酸形式。

3.3.6距离分析

3.3.6.1Distances菜单中, 选择Compute Pairwise. 出现

Analysis Preferences 窗口。

3.3.6.2在Distance options列表中, 选择Nucleotide:

Kimura 2-parameter for Models, 选择Distances

only for Comput, 并选择d: Transitions +

transversions for Substitutions to include.

3.3.6.3Include Sites list, 选择Complete Deletion for

Handling Gap/Missing Data, 选择1st, 2nd, 3rd for

Codon Positions/Sites Included, 点击OK.

3.3.6.4Pairwise Distances 窗口打开，在文件中将显示每两

个序列距离的矩阵。

3.3.7File菜单中, 选择Export/Print Distances,在Text and

Format Converter 窗口中将出现一个名为Distances 的文

件，它显示了所有的信息及距离矩阵，保存后可以用记事本

或写字板打开。

3.3.8进化分析

3.3.8.1Phylogeny菜单中，选择Neibour-Joining(NJ),

Analysis Preferences 框将打开。

3.3.8.2在Distance options列表中, 选择Nucleotide:

Kimura 2-parameter for Models, 选择Distances

only for Comput, 选择d: Transitions +

transversions for Substitutions to include.