【实验资源】02 CHIP染色质免疫共沉淀实验方法简介
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Chromatin Immunoprecipitation Assay (ChIP)
染色质免疫沉淀实验
概述
原理 功ห้องสมุดไป่ตู้基因组学 基因表达调控
方法
比较
➢基因表达:反式因子和顺式作用元件之
举例
间相互作用。
➢真核生物的基因组DNA以染色质的形式 存在。
➢研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相 互作用是阐明真核基因表达机制的基 本途径。
体内
概述
原理
方法
EMSA
比较
CHIP
举例 由于许多转录调控蛋 能真实完整地反映结 白有相似或相同的DNA 合在DNA序列上的调控
结合位点，EMSA获取 蛋白，是目前确定与
的结果不一定能真实 特定蛋白结合的基因
地反映体内转录调控 组区域或确定与特定 蛋白和DNA结合的状况。基因组区域结合的蛋
白质的最好方法。
小片段
通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地 富集目的蛋白结合的DNA片段
对目的片断的纯化与检测
概述 原理 方法 比较 举例
概述
原理 操作步骤
方法
比较 一、固定 在活细胞状态下，用甲醛固定蛋白 举例 质－DNA复合物，然后用化学（微球菌酶）或
者机械（超声波）的手段将其随机切断为一定 长度范围内的染色质小片段。
比较
举例
条 超声波破碎条件的选择
件 选
抗体量的选择
择 PCR反应条件的选择
对 Input对照
照 设
阳性对照：如组蛋白抗体
置 阴性对照：阴性引物
概述
原理 比较：
方法
比较 蛋白质-DNA相互作用常用方法
举例
凝胶电泳迁移率改变分析 （EMSA） DNaseⅠ足迹法（foot printing）
体外
染色质免疫沉淀实验(CHIP)
Ago----argonaute蛋白
谢 谢！
本节内容结束
概述 原理 方法 比较 举例
染色质免疫沉淀实验(CHIP)
➢研究体内DNA－蛋白质相互作用的重要工具。 它不仅可以灵 敏地检测目标蛋白与特异DNA 片段的结合情况，还可以用来 研究组蛋白与基因表达的关系。
概述
原理 CHIP原理
方法
比较 在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物
举例
将其随机切断为一定长度范围内的染色质
概述
原理 应用举例
方法
比较
举例
Mantovani F, Tocco F, Girardini J, et al. The prolyl isomerase Pin1 orchestrates p53 acetylation and dissociation from the apoptosis inhibitor iASPP. Nat Struct Mol Biol. 2007 Oct;14(10):912-920.
概述
原理 扩展应用举例
方法
比较 ❖ CHIP-on-chip
举例
概述
原理 ❖crosslinking immunoprecipitation
方法 ❖ (CLIP)
比较
举例
For microRNA–mRNA interaction
Chi SW, Zang JB, Mele A, Darnell RB. Argonaute HITS-CLIP decodes microRNAmRNA interaction maps. Nature. 2009 Jul 23;460(7254):479486.
概述 原理 方法 比较 举例
Saleh A, Alvarez-Venegas R, Avramova Z. An efficient chromatin immunoprecipitation (ChIP) protocol for studying histone modifications in Arabidopsis plants. Nat Protoc. 2008;3(6):1018-1025.
二、免疫沉淀 利用目的蛋白质的特异抗体通 过抗原-抗体反应形成DNA-蛋白质-抗体复合体， 然后沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结 合的DNA片段。
三、纯化与检测 经蛋白质与DNA 解偶联，DNA 片段纯化等处理后，用PCR等方法检测DNA与蛋
概述 原理 方法 比较 举例
概述
原理 注意事项
方法
染色质免疫沉淀实验
概述
原理 功ห้องสมุดไป่ตู้基因组学 基因表达调控
方法
比较
➢基因表达:反式因子和顺式作用元件之
举例
间相互作用。
➢真核生物的基因组DNA以染色质的形式 存在。
➢研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相 互作用是阐明真核基因表达机制的基 本途径。
体内
概述
原理
方法
EMSA
比较
CHIP
举例 由于许多转录调控蛋 能真实完整地反映结 白有相似或相同的DNA 合在DNA序列上的调控
结合位点，EMSA获取 蛋白，是目前确定与
的结果不一定能真实 特定蛋白结合的基因
地反映体内转录调控 组区域或确定与特定 蛋白和DNA结合的状况。基因组区域结合的蛋
白质的最好方法。
小片段
通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地 富集目的蛋白结合的DNA片段
对目的片断的纯化与检测
概述 原理 方法 比较 举例
概述
原理 操作步骤
方法
比较 一、固定 在活细胞状态下，用甲醛固定蛋白 举例 质－DNA复合物，然后用化学（微球菌酶）或
者机械（超声波）的手段将其随机切断为一定 长度范围内的染色质小片段。
比较
举例
条 超声波破碎条件的选择
件 选
抗体量的选择
择 PCR反应条件的选择
对 Input对照
照 设
阳性对照：如组蛋白抗体
置 阴性对照：阴性引物
概述
原理 比较：
方法
比较 蛋白质-DNA相互作用常用方法
举例
凝胶电泳迁移率改变分析 （EMSA） DNaseⅠ足迹法（foot printing）
体外
染色质免疫沉淀实验(CHIP)
Ago----argonaute蛋白
谢 谢！
本节内容结束
概述 原理 方法 比较 举例
染色质免疫沉淀实验(CHIP)
➢研究体内DNA－蛋白质相互作用的重要工具。 它不仅可以灵 敏地检测目标蛋白与特异DNA 片段的结合情况，还可以用来 研究组蛋白与基因表达的关系。
概述
原理 CHIP原理
方法
比较 在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物
举例
将其随机切断为一定长度范围内的染色质
概述
原理 应用举例
方法
比较
举例
Mantovani F, Tocco F, Girardini J, et al. The prolyl isomerase Pin1 orchestrates p53 acetylation and dissociation from the apoptosis inhibitor iASPP. Nat Struct Mol Biol. 2007 Oct;14(10):912-920.
概述
原理 扩展应用举例
方法
比较 ❖ CHIP-on-chip
举例
概述
原理 ❖crosslinking immunoprecipitation
方法 ❖ (CLIP)
比较
举例
For microRNA–mRNA interaction
Chi SW, Zang JB, Mele A, Darnell RB. Argonaute HITS-CLIP decodes microRNAmRNA interaction maps. Nature. 2009 Jul 23;460(7254):479486.
概述 原理 方法 比较 举例
Saleh A, Alvarez-Venegas R, Avramova Z. An efficient chromatin immunoprecipitation (ChIP) protocol for studying histone modifications in Arabidopsis plants. Nat Protoc. 2008;3(6):1018-1025.
二、免疫沉淀 利用目的蛋白质的特异抗体通 过抗原-抗体反应形成DNA-蛋白质-抗体复合体， 然后沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结 合的DNA片段。
三、纯化与检测 经蛋白质与DNA 解偶联，DNA 片段纯化等处理后，用PCR等方法检测DNA与蛋
概述 原理 方法 比较 举例
概述
原理 注意事项
方法