化学信息学资料
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10
绪论
冉鸣主编
《化学教育工具软件》
化学工业出版社2006年出版
该书主要内容： 化学编辑软件ChemSketch, ChemWindows 晶体结构处理软件Diamond 三维空间结构表示软件MS Viewer 虚拟化学实验室COREL Chemlab
11
绪论
彭智、陈悦编
《化学化工常用软件实例教程》 化学工业出版社2006年出版
25
绪论
化学信息学
•
化学信息学是近几年发展起来的一个新的化学学科， 它利用计算机技术和计算机网络技术，对化学信息进 行表示、管理、分析、模拟和传播，以实现化学信息
的提取、转化与共享 ，揭示化学信息的实质与内在联
系， 促进化学的知识创新和发展。
26
绪论
化学信息学
•
化学信息学研究的内容主要包括：
（1）利用计算机技术和计算机网络技术对化学信息进
24
绪论
化学信息学
•
目前化学领域的知识并非都来自于传统实验室的经验测
量，其中部分是根据已有知识和定理通过计算机推演、
大规模计算预测与模拟得到的。为此，美国化学会在期 刊Journal of Chemical Information and Computer Sciences上增加了副标题“Includes Chemical Computation and Molecular Modeling”。化学信息学正 在设法提供一个以化学结构为框架的通用化学语言，来 组织化学领域的全部知识。
17
绪论
18
绪论
2011年3月
19
绪论
2013年12月7日
20
绪论
2014年11月14日
21
绪论
2016年10月13日
22
绪论
什么是化学信息
•
此外，经过长期积累，堆起了一座各种各样物质的信息
的大山。它是埋藏着大量宝藏的知识资源，而且这座大
山还在以极快的速度增加。可是当我们需要寻找具有某 种功能的化合物时，又去合成各种各样的化合物提供筛 选。因此，我们应该意识到从这座信息大山中可以发现 有用的物质。信息技术包括计算机的智能化给我们带来 从信息大山中快速挖掘功能化合物和基本数据的可能， 这些基本数据是解决问题的基础。
23
什么是化学信息
•
绪论
化学信息主要来源有： （1）传统的文本记录中的化学信息。 （2）因特网中的化学信息。它是指化学信息的网络化， 主要有联机文献检索、数据库资源、化学机构信息等。 （3）计算机模拟获得的化学信息。它是指借助计算机和 一些软件对化学物质的性质、化学反应、化学过程等进 行模拟，以实现某些用实验手段难以完成或无法完成的 任务。如化学波谱模拟、化学反应的动力学模拟、分子 模拟。 （4）用化学计量学方法获得的信息。它是指利用计算机 和应用数学以及统计学方法在化学——尤其是在分析化 学中的应用来确定最合适的分析方法、选择最优的测量 过程以及如何对实验的原始数据进行处理以从中提炼新 的、 更多的有价值的化学信息。
绪论
第五章 化学实验模拟 第1节 ChemLab2.3概述 第六章 虚拟仪器开发工具 LabVIEW6.1 第七章 实验室信息管理系统 第1节 LIMS（实验室信息管理系统） 简介 第八章 基于算法的化学计算软件 第1节 MATLAB软件 第九章 计算机辅助化学教学软件 第十章 化学信息与网络数据库的构建
绪论
第4章 化学信息资源查询 4.1 查询 4.2 导航 4.3 ChIN简介 4.4 商业信息 4.5 化学机构信息 第5章 化学信息的计算机表示与建模 5.1 化合物结构编码 5.2 分子图形学 第6章 计算机辅助结构解析与合成设计 第7章 分子模拟 7.1 量子力学 7.2 分子力学 7.4 波谱模拟 7.4.1 1H-NMR谱的量子化学模拟 7.4.2 13C-NMR谱的计算机模拟 第8章 进化计算与优化算法 第9章 小波分析 第10章 多元校正与因子分析
15
CAS Registry Number /content/counter
绪论
化学信息学的发展概况
CAS is the leading provider of organic, inorganic, and biosequence substance information.
8
其他参考书目
绪论
王荣民、杜正银主编，《化学化工信息及网络资源的检索与利用》（第 三版），化学工业出版社2012年出版 张发爱、赵斌编著，《计算机在材料和化学中的应用》，化学工业出版 社2012年出版 李谦、毛立群、房小敏主编，《计算机在化学化工中的应用》，化学工 业出版社2010年出版 曾炜、孙延辉、李红霞编著，《ChemOffice2008实用教程》，化学工业 出版社2009年出版 张昌松、郭晨洁等编著，《Origin7.5入门与提高》，化学工业出版社 2009年出版 冉鸣主编，《化学教育工具软件》，化学工业出版社2006年出版 王正烈、王元欣编著，《Beilstein有机化学手册使用指南》，化学工业 出版社2006年出版 彭智、陈悦编，《化学化工常用软件实例教程》，化学工业出版社2006 年出版
本书2001年出版第1版，2005年出版 第2版，原为《科学版研究生教学丛 书》之一。
邵学广课题组(南开大学化学信息学实验室)网站链接 /chmm/labintro/labintro.html
3
本书目录（部分）
第1章 联机文献检索 1.1 美国化学文摘 1.1.1 美国化学文摘和SciFinder简介 1.2 Web of Science 1.4 期刊全文数据库 1.4.1 Science Direct 1.4.2 ACS Publications 1.4.3 RSC Publishing 1.4.4 Springer Link 1.4.5 Wiley Online Library 1.5 国内学术期刊数据库 1.5.1 CNKI 1.7 专利文献查询 第2章 网络图书与网络期刊 第3章 数据库资源 3.1 晶体结构数据库 3.2 波谱数据库 3.3 网上化学手册 3.3.1 化学元素周期表 3.3.2 化合物基本性质数据库 3.3.3 物理化学常数
CAS also provides specialized databases of chemical reactions, regulated chemicals,commercially available chemicals and Markush substance information.
4
绪论
选用教材
缪强（南京大学）编著
《化学信息学导论》
高等教育出版社2001年出版
5
主要参考书目
绪论
陈明旦、谭凯编著，《化学信息学》（第二版）， 化学工业出版社2011年出版 李梦龙、文志宁、熊庆编，《化学信息学》，化学 工业出版社2011年出版 ［德］约翰· 加斯泰格尔、托马斯· 恩格编著，梁逸 曾等译，《国外优秀化学著作译丛——化学信息 学教程》，化学工业出版社2005年出版 李梦龙、王智猛、姜林等编著，《化学软件及其应 用》，化学工业出版社2004年出版 李欣、齐晶瑶、韩喜江编著，《基础化学信息学》， 哈尔滨工业大学出版社2003年出版 余向春编著，《化学文献及查阅方法》（第三版）， 科学出版社2003年出版
9
绪论
李谦、毛立群、房小敏主编
《计算机在化学化工中的应用》
化学工业出版社2010年出版 该书主要内容： 计算机文献检索 文献管理软件Endnote Excel在正交试验设计和化工最优化中 的应用 化学编辑软件ChemSketch 数据处理软件Origin 绘制示意图软件Visio 化学化工计算软件Matlab 化工过程模拟软件
•
•
14
绪论
什么是化学信息
•
到了20世纪，人们认为化学是研究分子的科学。在这100 年中，《美国化学文摘》(CA)上登录的天然和人工合成的 分子和化合物的数目已从1900年的55万种，增加到目前的 6513万多种(2013.12)。没有别的科学能像化学那样制造出 如此众多的新分子、新物质。特别是20世纪后期合成化学 的大发展，人们已经收集了大量功能分子的信息。包括它 们的合成、结构、性质等等，现在还在以越来越快的速度 合成出新化合物。许多工作仅为创造新分子或新结构，无 意于它们的实际用途。也有些虽然考察过某种性质，但是 可能当时漏掉另一重要性质。况且，当我们总结结构与功 能的关系时，需要功能表现有差别的一系列有关化合物的 资料，哪怕是没有实际用处的化合物。因此，我们越来越 需要结构－性质－功能的资料。
绪论
化学信息学
胡春
沈阳药科大学 2016年10月13日
1
绪论
化学信息学
• • • • • • •
绪论
化合物的表示法
化学数据库介绍
Internet化学化工信息资源
分子结构信息与计算机推演
化学数据分析处理方法
化工过程计算与仿真
2
选用教材
《化学信息学》（第三版）
绪论
邵学广、蔡文生（南开大学）编著
科学出版社2013年出版
6
绪论
李梦龙、王智猛、姜林等编著 《化学软件及其应用》 化学工业出版社2004年出版
李梦龙课题组(四川大学化学与生物信息学中心)网站链接 /index.html
7
本书目录（部分）
第一章 化学软件概论 第1节 软件概述 第2节 化学软件的分类 第3节 基于互联网的化学软件 第4节 化学软件的网络资源 第5节 化学软件的发展趋势 第二章 ChemOffice的使用 第三章 ChemSketch及其他绘图软件 第8节 其他化学绘图软件 第9节 化学绘图软件比较 第四章 国产化学软件简介 第1节 化学金排 第2节 超级化学助手 第3节 化学品电子手册
16
绪论
化学信息学的发展概况
CAS is the leading provider of organic, inorganic, and biosequence substance information.
Date
08/22/2009 08:31:29 EST
Count
49,436,873 organic and inorganic substances
61,183,936 sequences
CAS RN
1174985-34-2 is the most recent CAS Registry Number
CAS also provides specialized databases of chemical reactions, regulated chemicals,commercially available chemicals and Markush substance information.
该书主要内容： Word和PPT在化学中的应用 化学编辑软件ChemOffice 数据处理软件Origin 绘制示意图软件Visio
12
绪论
第1章 绪论
13
绪论
什么是化学信息学？
•
化学信息学(ChemoInformatics, Chemical informatics)或 称信息化学，是化学科学的一门新的、交叉领域的分支， 它是随着计算机化学和化学信息网络化的不断发展而逐渐 形成的，"化学信息学"一词首次提出于1987年诺贝尔化 学奖获得者J. M. Lehn 教授的获奖报告中。 关于化学信息学的定义及研究领域，目前国内外的学者有 很大的争论，并没有太多的共识。 “化学信息学”一词高频出现在2001年9月在南京召开了 第2届全国化学信息学会议。
Date
Sun Aug 27 04:54:17 EDT 2006
Count
29,775,159 organic and inorganic substances
57,804,253 sequences
CAS RN
904733-65-9 is the most recent CAS Registry Number
行表示和计算机管理； （2）利用计算机技术对复杂的化学信息进行解析， 以
快捷、方便的方式最大限机对化学信息和化学体系进行模拟； （4）利用计算机和计算机网络技术收集、传播和共享 化学信息。
27
绪论
化学信息学课程情况
•
美国化学会化学信息分会和图书馆协会在Indiana大学 成立了化学信息教学资料交换中心（The Clearinghouse for Chemical Information Instructional Materials (CCIIM)），负责收集、发布和分发化学信息资源。
绪论
冉鸣主编
《化学教育工具软件》
化学工业出版社2006年出版
该书主要内容： 化学编辑软件ChemSketch, ChemWindows 晶体结构处理软件Diamond 三维空间结构表示软件MS Viewer 虚拟化学实验室COREL Chemlab
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绪论
彭智、陈悦编
《化学化工常用软件实例教程》 化学工业出版社2006年出版
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绪论
化学信息学
•
化学信息学是近几年发展起来的一个新的化学学科， 它利用计算机技术和计算机网络技术，对化学信息进 行表示、管理、分析、模拟和传播，以实现化学信息
的提取、转化与共享 ，揭示化学信息的实质与内在联
系， 促进化学的知识创新和发展。
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绪论
化学信息学
•
化学信息学研究的内容主要包括：
（1）利用计算机技术和计算机网络技术对化学信息进
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绪论
化学信息学
•
目前化学领域的知识并非都来自于传统实验室的经验测
量，其中部分是根据已有知识和定理通过计算机推演、
大规模计算预测与模拟得到的。为此，美国化学会在期 刊Journal of Chemical Information and Computer Sciences上增加了副标题“Includes Chemical Computation and Molecular Modeling”。化学信息学正 在设法提供一个以化学结构为框架的通用化学语言，来 组织化学领域的全部知识。
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绪论
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绪论
2011年3月
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绪论
2013年12月7日
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绪论
2014年11月14日
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绪论
2016年10月13日
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绪论
什么是化学信息
•
此外，经过长期积累，堆起了一座各种各样物质的信息
的大山。它是埋藏着大量宝藏的知识资源，而且这座大
山还在以极快的速度增加。可是当我们需要寻找具有某 种功能的化合物时，又去合成各种各样的化合物提供筛 选。因此，我们应该意识到从这座信息大山中可以发现 有用的物质。信息技术包括计算机的智能化给我们带来 从信息大山中快速挖掘功能化合物和基本数据的可能， 这些基本数据是解决问题的基础。
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什么是化学信息
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绪论
化学信息主要来源有： （1）传统的文本记录中的化学信息。 （2）因特网中的化学信息。它是指化学信息的网络化， 主要有联机文献检索、数据库资源、化学机构信息等。 （3）计算机模拟获得的化学信息。它是指借助计算机和 一些软件对化学物质的性质、化学反应、化学过程等进 行模拟，以实现某些用实验手段难以完成或无法完成的 任务。如化学波谱模拟、化学反应的动力学模拟、分子 模拟。 （4）用化学计量学方法获得的信息。它是指利用计算机 和应用数学以及统计学方法在化学——尤其是在分析化 学中的应用来确定最合适的分析方法、选择最优的测量 过程以及如何对实验的原始数据进行处理以从中提炼新 的、 更多的有价值的化学信息。
绪论
第五章 化学实验模拟 第1节 ChemLab2.3概述 第六章 虚拟仪器开发工具 LabVIEW6.1 第七章 实验室信息管理系统 第1节 LIMS（实验室信息管理系统） 简介 第八章 基于算法的化学计算软件 第1节 MATLAB软件 第九章 计算机辅助化学教学软件 第十章 化学信息与网络数据库的构建
绪论
第4章 化学信息资源查询 4.1 查询 4.2 导航 4.3 ChIN简介 4.4 商业信息 4.5 化学机构信息 第5章 化学信息的计算机表示与建模 5.1 化合物结构编码 5.2 分子图形学 第6章 计算机辅助结构解析与合成设计 第7章 分子模拟 7.1 量子力学 7.2 分子力学 7.4 波谱模拟 7.4.1 1H-NMR谱的量子化学模拟 7.4.2 13C-NMR谱的计算机模拟 第8章 进化计算与优化算法 第9章 小波分析 第10章 多元校正与因子分析
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CAS Registry Number /content/counter
绪论
化学信息学的发展概况
CAS is the leading provider of organic, inorganic, and biosequence substance information.
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其他参考书目
绪论
王荣民、杜正银主编，《化学化工信息及网络资源的检索与利用》（第 三版），化学工业出版社2012年出版 张发爱、赵斌编著，《计算机在材料和化学中的应用》，化学工业出版 社2012年出版 李谦、毛立群、房小敏主编，《计算机在化学化工中的应用》，化学工 业出版社2010年出版 曾炜、孙延辉、李红霞编著，《ChemOffice2008实用教程》，化学工业 出版社2009年出版 张昌松、郭晨洁等编著，《Origin7.5入门与提高》，化学工业出版社 2009年出版 冉鸣主编，《化学教育工具软件》，化学工业出版社2006年出版 王正烈、王元欣编著，《Beilstein有机化学手册使用指南》，化学工业 出版社2006年出版 彭智、陈悦编，《化学化工常用软件实例教程》，化学工业出版社2006 年出版
本书2001年出版第1版，2005年出版 第2版，原为《科学版研究生教学丛 书》之一。
邵学广课题组(南开大学化学信息学实验室)网站链接 /chmm/labintro/labintro.html
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本书目录（部分）
第1章 联机文献检索 1.1 美国化学文摘 1.1.1 美国化学文摘和SciFinder简介 1.2 Web of Science 1.4 期刊全文数据库 1.4.1 Science Direct 1.4.2 ACS Publications 1.4.3 RSC Publishing 1.4.4 Springer Link 1.4.5 Wiley Online Library 1.5 国内学术期刊数据库 1.5.1 CNKI 1.7 专利文献查询 第2章 网络图书与网络期刊 第3章 数据库资源 3.1 晶体结构数据库 3.2 波谱数据库 3.3 网上化学手册 3.3.1 化学元素周期表 3.3.2 化合物基本性质数据库 3.3.3 物理化学常数
CAS also provides specialized databases of chemical reactions, regulated chemicals,commercially available chemicals and Markush substance information.
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绪论
选用教材
缪强（南京大学）编著
《化学信息学导论》
高等教育出版社2001年出版
5
主要参考书目
绪论
陈明旦、谭凯编著，《化学信息学》（第二版）， 化学工业出版社2011年出版 李梦龙、文志宁、熊庆编，《化学信息学》，化学 工业出版社2011年出版 ［德］约翰· 加斯泰格尔、托马斯· 恩格编著，梁逸 曾等译，《国外优秀化学著作译丛——化学信息 学教程》，化学工业出版社2005年出版 李梦龙、王智猛、姜林等编著，《化学软件及其应 用》，化学工业出版社2004年出版 李欣、齐晶瑶、韩喜江编著，《基础化学信息学》， 哈尔滨工业大学出版社2003年出版 余向春编著，《化学文献及查阅方法》（第三版）， 科学出版社2003年出版
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绪论
李谦、毛立群、房小敏主编
《计算机在化学化工中的应用》
化学工业出版社2010年出版 该书主要内容： 计算机文献检索 文献管理软件Endnote Excel在正交试验设计和化工最优化中 的应用 化学编辑软件ChemSketch 数据处理软件Origin 绘制示意图软件Visio 化学化工计算软件Matlab 化工过程模拟软件
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绪论
什么是化学信息
•
到了20世纪，人们认为化学是研究分子的科学。在这100 年中，《美国化学文摘》(CA)上登录的天然和人工合成的 分子和化合物的数目已从1900年的55万种，增加到目前的 6513万多种(2013.12)。没有别的科学能像化学那样制造出 如此众多的新分子、新物质。特别是20世纪后期合成化学 的大发展，人们已经收集了大量功能分子的信息。包括它 们的合成、结构、性质等等，现在还在以越来越快的速度 合成出新化合物。许多工作仅为创造新分子或新结构，无 意于它们的实际用途。也有些虽然考察过某种性质，但是 可能当时漏掉另一重要性质。况且，当我们总结结构与功 能的关系时，需要功能表现有差别的一系列有关化合物的 资料，哪怕是没有实际用处的化合物。因此，我们越来越 需要结构－性质－功能的资料。
绪论
化学信息学
胡春
沈阳药科大学 2016年10月13日
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绪论
化学信息学
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化合物的表示法
化学数据库介绍
Internet化学化工信息资源
分子结构信息与计算机推演
化学数据分析处理方法
化工过程计算与仿真
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选用教材
《化学信息学》（第三版）
绪论
邵学广、蔡文生（南开大学）编著
科学出版社2013年出版
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绪论
李梦龙、王智猛、姜林等编著 《化学软件及其应用》 化学工业出版社2004年出版
李梦龙课题组(四川大学化学与生物信息学中心)网站链接 /index.html
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本书目录（部分）
第一章 化学软件概论 第1节 软件概述 第2节 化学软件的分类 第3节 基于互联网的化学软件 第4节 化学软件的网络资源 第5节 化学软件的发展趋势 第二章 ChemOffice的使用 第三章 ChemSketch及其他绘图软件 第8节 其他化学绘图软件 第9节 化学绘图软件比较 第四章 国产化学软件简介 第1节 化学金排 第2节 超级化学助手 第3节 化学品电子手册
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绪论
化学信息学的发展概况
CAS is the leading provider of organic, inorganic, and biosequence substance information.
Date
08/22/2009 08:31:29 EST
Count
49,436,873 organic and inorganic substances
61,183,936 sequences
CAS RN
1174985-34-2 is the most recent CAS Registry Number
CAS also provides specialized databases of chemical reactions, regulated chemicals,commercially available chemicals and Markush substance information.
该书主要内容： Word和PPT在化学中的应用 化学编辑软件ChemOffice 数据处理软件Origin 绘制示意图软件Visio
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绪论
第1章 绪论
13
绪论
什么是化学信息学？
•
化学信息学(ChemoInformatics, Chemical informatics)或 称信息化学，是化学科学的一门新的、交叉领域的分支， 它是随着计算机化学和化学信息网络化的不断发展而逐渐 形成的，"化学信息学"一词首次提出于1987年诺贝尔化 学奖获得者J. M. Lehn 教授的获奖报告中。 关于化学信息学的定义及研究领域，目前国内外的学者有 很大的争论，并没有太多的共识。 “化学信息学”一词高频出现在2001年9月在南京召开了 第2届全国化学信息学会议。
Date
Sun Aug 27 04:54:17 EDT 2006
Count
29,775,159 organic and inorganic substances
57,804,253 sequences
CAS RN
904733-65-9 is the most recent CAS Registry Number
行表示和计算机管理； （2）利用计算机技术对复杂的化学信息进行解析， 以
快捷、方便的方式最大限机对化学信息和化学体系进行模拟； （4）利用计算机和计算机网络技术收集、传播和共享 化学信息。
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绪论
化学信息学课程情况
•
美国化学会化学信息分会和图书馆协会在Indiana大学 成立了化学信息教学资料交换中心（The Clearinghouse for Chemical Information Instructional Materials (CCIIM)），负责收集、发布和分发化学信息资源。